Locus 5973

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	15,763,435 – 15,763,555
Length	120
Max. P	0.972863

overview

Window 2

Location	15,763,435 – 15,763,555
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.42
Mean single sequence MFE	-60.08
Consensus MFE	-55.26
Energy contribution	-55.58
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.70
SVM RNA-class probability	0.972863
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15763435 120 + 27905053
UGCCCUUGUAGCAAGCGGGCAGCUCGGCGGCGGUGGCCUGGCGGCCCAGGCACCAAUGGCGUGAUCCCUUCCAGGUGGCGCCCCGCCGCACAUGCCGAUACUCGGACAUGUAGCGAGCAA
(((((((......)).)))))((((((((((((..((((((....))))))......(((((.(((.......))).))))))))))))((((((((.....))).)))))..))))).. ( -64.20)
>DroSec_CAF1 20634 120 + 1
UGCCCUUGUAGCAAGCGGGCAGCUCGGCGGCGGUGGCCUGGCGGCCCAGGCACCAGUGGCGUGAUCCCUUCCAGGUGGCGCCCCGCCGUACAUGCCGAUACUCGGACAUGUAGCGGGCAA
(((((((......)).)))))((((((((((((((.(((((....))))))))).(.(((((.(((.......))).))))).))))))((((((((.....))).)))))..))))).. ( -61.30)
>DroSim_CAF1 20613 120 + 1
UGCCCUUGUAACAAGCAGGCAGCUCGGCGGCGGUGGCCUGGCGGCCCAGGCACCAAUGGCGUGAUCCCUUCCAGGUGGCGCCCCGCCGCACAUGCCUAUACUCGGACAUGUAGCGGGCAA
((((((((...))))..))))((((((((((((..((((((....))))))......(((((.(((.......))).))))))))))))(((((((.......)).)))))..))))).. ( -58.30)
>DroEre_CAF1 22819 120 + 1
UGCCCUUGUAGCAGGCGGGCAGCUCGGCGGCGGUGGCCUGGCGGCCCAGGCACCAGUGGCGUGAUCCCUUCCAGGUGGCGCCCCGCCGCACGUGCCGAUACUCGGACAUGUAGCGGGCAA
(((((...........)))))((((((((((((((.(((((....))))))))).(.(((((.(((.......))).))))).))))))((((((((.....))).)))))..))))).. ( -62.90)
>DroPer_CAF1 21106 120 + 1
UGCCCUUGUAGCAGGCUGGCAGCUCAGCGGCGGAGGCCUGUCGCCCCAGGCACCAGUGGCGCGAUCCCUUCCAGGUGGCGCCGCGCCGCACAUGGCGGUACUCGGACAUGUAGCGGGAGA
..(((.....((......)).(((..(((((((..(((((......))))).)).(((((((.(((.......))).))))))))))))(((((.((.....))..)))))))))))... ( -53.70)
>consensus
UGCCCUUGUAGCAAGCGGGCAGCUCGGCGGCGGUGGCCUGGCGGCCCAGGCACCAGUGGCGUGAUCCCUUCCAGGUGGCGCCCCGCCGCACAUGCCGAUACUCGGACAUGUAGCGGGCAA
((((((((...))))..))))((((((((((((..((((((....))))))......(((((.(((.......))).))))))))))))((((((((.....))).)))))..))))).. (-55.26 = -55.58 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	15,763,435 – 15,763,555
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.42
Mean single sequence MFE	-57.96
Consensus MFE	-50.40
Energy contribution	-51.48
Covariance contribution	1.08
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.30
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.37
SVM RNA-class probability	0.707119
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15763435 120 - 27905053
UUGCUCGCUACAUGUCCGAGUAUCGGCAUGUGCGGCGGGGCGCCACCUGGAAGGGAUCACGCCAUUGGUGCCUGGGCCGCCAGGCCACCGCCGCCGAGCUGCCCGCUUGCUACAAGGGCA
..(((((..(((((.(((.....))))))))((((((((((((((..(((..(......).))).)))))))..((((....)))).)))))))))))).((((...........)))). ( -63.30)
>DroSec_CAF1 20634 120 - 1
UUGCCCGCUACAUGUCCGAGUAUCGGCAUGUACGGCGGGGCGCCACCUGGAAGGGAUCACGCCACUGGUGCCUGGGCCGCCAGGCCACCGCCGCCGAGCUGCCCGCUUGCUACAAGGGCA
.(((((((((((((.(((.....))))))))).((((((((((((..(((..(......).))).)))))))..((((....)))).)))))))(((((.....)))))......))))) ( -59.70)
>DroSim_CAF1 20613 120 - 1
UUGCCCGCUACAUGUCCGAGUAUAGGCAUGUGCGGCGGGGCGCCACCUGGAAGGGAUCACGCCAUUGGUGCCUGGGCCGCCAGGCCACCGCCGCCGAGCUGCCUGCUUGUUACAAGGGCA
.(((((...(((((((........)))))))((((((((((((((..(((..(......).))).)))))))..((((....)))).)))))))(((((.....)))))......))))) ( -60.20)
>DroEre_CAF1 22819 120 - 1
UUGCCCGCUACAUGUCCGAGUAUCGGCACGUGCGGCGGGGCGCCACCUGGAAGGGAUCACGCCACUGGUGCCUGGGCCGCCAGGCCACCGCCGCCGAGCUGCCCGCCUGCUACAAGGGCA
.((((((((.((((((((.....))).)))))((((((((((...(((....)))....))))...(((((((((....))))).)))).))))))))).((......)).....))))) ( -58.10)
>DroPer_CAF1 21106 120 - 1
UCUCCCGCUACAUGUCCGAGUACCGCCAUGUGCGGCGCGGCGCCACCUGGAAGGGAUCGCGCCACUGGUGCCUGGGGCGACAGGCCUCCGCCGCUGAGCUGCCAGCCUGCUACAAGGGCA
......((((((((..((.....)).)))))(((((..(((((..(((....)))...)))))...((.(((((......)))))..)))))))..))).....((((.......)))). ( -48.50)
>consensus
UUGCCCGCUACAUGUCCGAGUAUCGGCAUGUGCGGCGGGGCGCCACCUGGAAGGGAUCACGCCACUGGUGCCUGGGCCGCCAGGCCACCGCCGCCGAGCUGCCCGCUUGCUACAAGGGCA
..((((((((((((.(((.....))))))))((((((((((((((..(((..(......).))).)))))))..((((....)))).)))))))..))).((......)).....)))). (-50.40 = -51.48 +   1.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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