Locus 5966

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	15,746,443 – 15,746,561
Length	118
Max. P	0.995898

overview

Window 2

Location	15,746,443 – 15,746,561
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.46
Mean single sequence MFE	-55.62
Consensus MFE	-47.82
Energy contribution	-48.70
Covariance contribution	0.88
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-6.37
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	2.63
SVM RNA-class probability	0.995898
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15746443 118 + 27905053
UGUAUAAAUCGUUCCCUGACUGGUGGCUUCUCCGACACCCGCUAACACAAAGUAUACAC--CAUAGGCAGUGUAUAAUCUGUUCUAGCGGGAGUCGGUGAAGGCACCUGUCAGGGAAACG
.........(((((((((((.((((.((((.(((((.(((((((..(((...(((((((--........)))))))...)))..))))))).))))).)))).)))).))))))).)))) ( -65.30)
>DroSec_CAF1 3632 118 + 1
UGUAGAAAUCGUUCCCUGACUGGUGGCUUCUCCGAGACCCGCUAACACAAAGUAUACAC--CAUAGGCUGUGUAUAAUCUGUUCUAGCGGGAGUCGGUGAAGGCACCUGUCAGGGAAACG
.........(((((((((((.((((.((((.((((..(((((((..(((...(((((((--........)))))))...)))..)))))))..)))).)))).)))).))))))).)))) ( -61.90)
>DroSim_CAF1 3635 120 + 1
UGUAGAAAUCGUUCCCUGACUGGUGGCUUCUCCGACAACCGCUAACACAAAGUAUACACCCCAUAGGAUGUGCAUAAUCUGUUCUAGCGGGAGUCGGUGAAGGCACCUGUCAGGGAAACG
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>DroEre_CAF1 4724 118 + 1
UGUACAAAUCGUUCCCUGACUGGUGACUUCUCCGACACCCACAAAAACAAAGUAUACAC--CAUGGGCUGUGCAUAAUCCGUUCUUGUGGGAGUCGUGGAAGGCACCCGCCUAGGAAACG
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>DroYak_CAF1 3623 118 + 1
UGUACAAAUCGUUCCCUGGCUGAAGUCUUCUCCGACACCCACAAAAACAAAGUAUCCAC--CCUAGGCUGUGCAUAAUCCGUUUUUGUGGGAGUGGGUGAAGGCAUCCGCCUAGGAAACG
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>consensus
UGUACAAAUCGUUCCCUGACUGGUGGCUUCUCCGACACCCGCUAACACAAAGUAUACAC__CAUAGGCUGUGCAUAAUCUGUUCUAGCGGGAGUCGGUGAAGGCACCUGUCAGGGAAACG
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	15,746,443 – 15,746,561
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.46
Mean single sequence MFE	-63.24
Consensus MFE	-59.32
Energy contribution	-58.44
Covariance contribution	-0.88
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-8.24
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.07
SVM RNA-class probability	0.910195
Prediction	RNA
WARNING	Mean z-score out of range.

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15746443 118 - 27905053
CGUUUCCCUGACAGGUGCCUUCACCGACUCCCGCUAGAACAGAUUAUACACUGCCUAUG--GUGUAUACUUUGUGUUAGCGGGUGUCGGAGAAGCCACCAGUCAGGGAACGAUUUAUACA
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>DroSec_CAF1 3632 118 - 1
CGUUUCCCUGACAGGUGCCUUCACCGACUCCCGCUAGAACAGAUUAUACACAGCCUAUG--GUGUAUACUUUGUGUUAGCGGGUCUCGGAGAAGCCACCAGUCAGGGAACGAUUUCUACA
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>DroSim_CAF1 3635 120 - 1
CGUUUCCCUGACAGGUGCCUUCACCGACUCCCGCUAGAACAGAUUAUGCACAUCCUAUGGGGUGUAUACUUUGUGUUAGCGGUUGUCGGAGAAGCCACCAGUCAGGGAACGAUUUCUACA
((((.(((((((.((((.((((.(((((..(((((((.(((((.(((((((.(((...)))))))))).))))).)))))))..))))).)))).)))).)))))))))))......... ( -65.40)
>DroEre_CAF1 4724 118 - 1
CGUUUCCUAGGCGGGUGCCUUCCACGACUCCCACAAGAACGGAUUAUGCACAGCCCAUG--GUGUAUACUUUGUUUUUGUGGGUGUCGGAGAAGUCACCAGUCAGGGAACGAUUUGUACA
((((((((.(((.((((.((((..((((.((((((((((((((.(((((((........--))))))).)))))))))))))).))))..)))).)))).)))))))))))......... ( -63.70)
>DroYak_CAF1 3623 118 - 1
CGUUUCCUAGGCGGAUGCCUUCACCCACUCCCACAAAAACGGAUUAUGCACAGCCUAGG--GUGGAUACUUUGUUUUUGUGGGUGUCGGAGAAGACUUCAGCCAGGGAACGAUUUGUACA
((((((((.(((.((.(.((((.((.((.((((((((((((((.(((.(((........--))).))).)))))))))))))).)).)).)))).).)).)))))))))))......... ( -53.80)
>consensus
CGUUUCCCUGACAGGUGCCUUCACCGACUCCCGCUAGAACAGAUUAUGCACAGCCUAUG__GUGUAUACUUUGUGUUAGCGGGUGUCGGAGAAGCCACCAGUCAGGGAACGAUUUCUACA
((((.(((((((.((((.((((.(((((.((((((((.(((((.(((((((..........))))))).))))).)))))))).))))).)))).)))).)))))))))))......... (-59.32 = -58.44 +  -0.88)

alignment

secondary structure

dotplot

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