Locus 5953

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 15,708,798 – 15,708,918
Length 120
Max. P 0.903949
window9711 window9712

overview

Window 1

Location 15,708,798 – 15,708,918
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.17
Mean single sequence MFE -43.95
Consensus MFE -32.06
Energy contribution -32.23
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.03
SVM RNA-class probability 0.548718
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15708798 120 + 27905053
AAGAUCUUCAUGGAGCAGGUGCCGGGAGGAUCGCUUUCCGACCUCUUAGAGACCAAAUGGGGUCCGCUCAAGGACAACGAGUCCACCAUGGCCUUCUACUCCAAGCAGAUCCUCGAGGGG
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>DroVir_CAF1 3234 120 + 1
AAGAUCUUCAUGGAGCAGGUGCCCGGUGGUUCGCUAUCCGAUUUGCUAAAGACCAAAUGGGGUCCGCUCAAGGAUAACGAGUCCACCAUGGCCUUCUACUCCAAGCAGAUACUGCAGGGU
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>DroGri_CAF1 4309 120 + 1
AAGAUCUUCAUGGAGCAGGUGCCCGGUGGCUCGUUAUCCGAUCUGCUAAAGACCAAAUGGGGUCCACUCAAGGAUAGCGAGUCCACCAUGGCCUUCUACUCCAAGCAGAUACUACAGGGC
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>DroWil_CAF1 8910 120 + 1
AAAAUCUUUAUGGAACAAGUGCCUGGUGGUUCGCUCUCGGAUCUAUUGGAAACGAAGUGGGGUCCAUUGAAGGAUAAUGAGUCAACUAUGGCUUUUUAUUCGAAGCAAAUACUCGAAGGA
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>DroMoj_CAF1 3153 120 + 1
AAGAUCUUCAUGGAGCAGGUGCCCGGUGGUUCGCUAUCCGAUUUGCUAAAGACCAAGUGGGGUCCGCUCAAGGAUAACGAGUCCACCAUGGCCUUCUACUCCAAGCAGAUACUGCAGGGU
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>DroAna_CAF1 4954 120 + 1
AAGAUCUUCAUGGAGCAGGUGCCGGGAGGCUCGCUGUCCGACCUGCUGGAGACCAAGUGGGGUCCGCUCAAGGACAACGAGUCUACUAUGGCCUUCUACUCCAAGCAGAUCCUUGAGGGG
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>consensus
AAGAUCUUCAUGGAGCAGGUGCCCGGUGGUUCGCUAUCCGAUCUGCUAAAGACCAAAUGGGGUCCGCUCAAGGAUAACGAGUCCACCAUGGCCUUCUACUCCAAGCAGAUACUCCAGGGG
...((((.(.(((((.(((.(((.(((((((((.(((((.....((....((((......)))).))....))))).)))).)))))..)))..))).))))).).)))).......... (-32.06 = -32.23 +   0.17)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 15,708,798 – 15,708,918
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.17
Mean single sequence MFE -46.20
Consensus MFE -36.26
Energy contribution -37.65
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -3.13
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 1.03
SVM RNA-class probability 0.903949
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15708798 120 - 27905053
CCCCUCGAGGAUCUGCUUGGAGUAGAAGGCCAUGGUGGACUCGUUGUCCUUGAGCGGACCCCAUUUGGUCUCUAAGAGGUCGGAAAGCGAUCCUCCCGGCACCUGCUCCAUGAAGAUCUU
.......(((((((...((((((((...(((..((.(((.(((((((((......))))....((((..(((...)))..)))).)))))))).)).)))..))))))))...))))))) ( -49.60)
>DroVir_CAF1 3234 120 - 1
ACCCUGCAGUAUCUGCUUGGAGUAGAAGGCCAUGGUGGACUCGUUAUCCUUGAGCGGACCCCAUUUGGUCUUUAGCAAAUCGGAUAGCGAACCACCGGGCACCUGCUCCAUGAAGAUCUU
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>DroGri_CAF1 4309 120 - 1
GCCCUGUAGUAUCUGCUUGGAGUAGAAGGCCAUGGUGGACUCGCUAUCCUUGAGUGGACCCCAUUUGGUCUUUAGCAGAUCGGAUAACGAGCCACCGGGCACCUGCUCCAUGAAGAUCUU
.......((.((((...((((((((...(((.((((((.((((.(((((..((((((...))))))(((((.....)))))))))).)))))))))))))..))))))))...)))))). ( -53.50)
>DroWil_CAF1 8910 120 - 1
UCCUUCGAGUAUUUGCUUCGAAUAAAAAGCCAUAGUUGACUCAUUAUCCUUCAAUGGACCCCACUUCGUUUCCAAUAGAUCCGAGAGCGAACCACCAGGCACUUGUUCCAUAAAGAUUUU
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>DroMoj_CAF1 3153 120 - 1
ACCCUGCAGUAUCUGCUUGGAGUAGAAGGCCAUGGUGGACUCGUUAUCCUUGAGCGGACCCCACUUGGUCUUUAGCAAAUCGGAUAGCGAACCACCGGGCACCUGCUCCAUGAAGAUCUU
.......((.((((...((((((((...(((.((((((..((((((((((((...(((((......)))))....)))...))))))))).)))))))))..))))))))...)))))). ( -51.60)
>DroAna_CAF1 4954 120 - 1
CCCCUCAAGGAUCUGCUUGGAGUAGAAGGCCAUAGUAGACUCGUUGUCCUUGAGCGGACCCCACUUGGUCUCCAGCAGGUCGGACAGCGAGCCUCCCGGCACCUGCUCCAUGAAGAUCUU
.......(((((((...((((((((...(((...(.((.((((((((((....(((((..((....))..))).)).....)))))))))).)))..)))..))))))))...))))))) ( -51.60)
>consensus
ACCCUCCAGUAUCUGCUUGGAGUAGAAGGCCAUGGUGGACUCGUUAUCCUUGAGCGGACCCCACUUGGUCUCUAGCAGAUCGGAUAGCGAACCACCGGGCACCUGCUCCAUGAAGAUCUU
.......((.((((...((((((((...(((.((((((..((((((((((((...(((((......)))))....)))...))))))))).)))))))))..))))))))...)))))). (-36.26 = -37.65 +   1.39)

alignment

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secondary structure

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