Locus 5927

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 15,612,729 – 15,612,855
Length 126
Max. P 0.955131
window9677 window9678 window9679

overview

Window 7

Location 15,612,729 – 15,612,823
Length 94
Sequences 4
Columns 94
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.06
Mean single sequence MFE -29.93
Consensus MFE -20.66
Energy contribution -22.10
Covariance contribution 1.44
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.35
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 1.45
SVM RNA-class probability 0.955131
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15612729 94 + 27905053
CGAUCGGUGAUCGGUGAUCGGAGAUCGCAGAUCUCAGUUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCUGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUG
.((((.((((((..........)))))).)))).(((((.((((((((((....))))))....))))...((((((......))))))))))) ( -29.80)
>DroSim_CAF1 122747 94 + 1
CGAUCGGUGAUCUGAGAUCGCAGAGCUCAGAUCACAGUUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCUGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUG
......((((((((((.((...)).))))))))))((((.((((((((((....))))))....))))...((((((......)))))))))). ( -31.80)
>DroEre_CAF1 118215 94 + 1
CGAUCGGCGAUUGGAGAUUGGAGAUCACAGAUCUCAGAUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCCGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUG
.((((((((..((((((((.((((((...)))))).)))).(((.(((((....))))))))..))))..))))))))................ ( -32.20)
>DroYak_CAF1 131222 80 + 1
CGAUCG--------------GAGAUCGCAGAUCUCAGAUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCUGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUG
.((((.--------------((((((...)))))).))))((((((((((....))))))....))))...((((((......))))))..... ( -25.90)
>consensus
CGAUCGGUGAUCGGAGAUCGGAGAUCGCAGAUCUCAGAUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCUGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUG
.((((..(((((...)))))..))))((((((...(((((((((........)))).))))).))))))..((((((......))))))..... (-20.66 = -22.10 +   1.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 15,612,729 – 15,612,823
Length 94
Sequences 4
Columns 94
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.06
Mean single sequence MFE -28.20
Consensus MFE -19.19
Energy contribution -19.88
Covariance contribution 0.69
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.799368
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15612729 94 - 27905053
CAGUUGCUAAUGAAUUAAUCAGCGUGCAGAUUAGAUCGCAGAUUUGCGAUUCUGGAACUGAGAUCUGCGAUCUCCGAUCACCGAUCACCGAUCG
....(((...(((.....)))....)))(((((((((((((((((.((.((....)).)))))))))))))))..))))..(((((...))))) ( -27.60)
>DroSim_CAF1 122747 94 - 1
CAGUUGCUAAUGAAUUAAUCAGCGUGCAGAUUAGAUCGCAGAUUUGCGAUUCUGGAACUGUGAUCUGAGCUCUGCGAUCUCAGAUCACCGAUCG
(((((((...(((.....)))....))))....((((((......)))))))))((.(.((((((((((.((...)).)))))))))).).)). ( -29.80)
>DroEre_CAF1 118215 94 - 1
CAGUUGCUAAUGAAUUAAUCAGCGUGCGGAUUAGAUCGCAGAUUUGCGAUUCUGGAUCUGAGAUCUGUGAUCUCCAAUCUCCAAUCGCCGAUCG
.....(((.((......)).))).(((((......)))))((((.((((((..((((..((((((...))))))..))))..)))))).)))). ( -28.90)
>DroYak_CAF1 131222 80 - 1
CAGUUGCUAAUGAAUUAAUCAGCGUGCAGAUUAGAUCGCAGAUUUGCGAUUCUGGAUCUGAGAUCUGCGAUCUC--------------CGAUCG
....(((...(((.....)))....)))(((((((((((((((((..((((...))))..))))))))))))).--------------.)))). ( -26.50)
>consensus
CAGUUGCUAAUGAAUUAAUCAGCGUGCAGAUUAGAUCGCAGAUUUGCGAUUCUGGAACUGAGAUCUGCGAUCUCCGAUCUCCGAUCACCGAUCG
.....(((.((......)).)))..((((((((((((.((((........)))))))))..)))))))((((.................)))). (-19.19 = -19.88 +   0.69)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 15,612,749 – 15,612,855
Length 106
Sequences 6
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.84
Mean single sequence MFE -27.47
Consensus MFE -16.75
Energy contribution -16.53
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.45
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.649492
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15612749 106 + 27905053
GAGAUCGCAGAUCUCAGUUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCUGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUGUCGACCAGUUUGUCAGUUA-CAUGGCAAUAACU
.(((((((((((..(.(((....))).)...)))))))))))....(((..((((((......))))))(((((.(((.....))).))))).-....)))...... ( -30.30)
>DroSim_CAF1 122767 106 + 1
CAGAGCUCAGAUCACAGUUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCUGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUGUCGACCAGUUUGUCAGUUA-CAUGGCAAUAACU
..(((((..(.((((((((.((((((((((....))))))....))))...((((((......)))))))))))).)).))))))((((....-..))))....... ( -26.20)
>DroEre_CAF1 118235 106 + 1
GAGAUCACAGAUCUCAGAUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCCGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUGUCGACCAGUUUGUCAGUUA-CAUGGCAAUAACU
((((((...))))))(((((((((........)))).))))).....((..((((((......))))))(((((.(((.....))).))))).-....))....... ( -29.60)
>DroWil_CAF1 127386 94 + 1
GAAAUCAC-----U-CGAUCAUGGAUUGUUGAUCUGCGAUCUU----UUGCGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUGUCGACCAGUUUGUCAGUUAACAAGUCGA--AC-
........-----(-((((...(((((((......))))))).----(((.((((((......))))))(((((.(((.....))).)))))..))))))))--..- ( -21.50)
>DroYak_CAF1 131228 106 + 1
GAGAUCGCAGAUCUCAGAUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCUGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUGUCGACCAGUUUGUCAGUUA-CAUGGCAAUAACU
.(((((((((((....(((.....)))....)))))))))))....(((..((((((......))))))(((((.(((.....))).))))).-....)))...... ( -32.70)
>DroAna_CAF1 134829 94 + 1
------------CACAGAUCUGCGAUCGCGAAUCUGCGAUCUAAUCUCCGUGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUGUCGACCAGUUUGUCAGUUA-CAUGGCAAUGACU
------------.((((......(((((((....))))))).........(((((((......))))))).)))).....(((((((((....-..)))))..)))) ( -24.50)
>consensus
GAGAUCACAGAUCUCAGAUCCAGAAUCGCAAAUCUGCGAUCUAAUCUGCACGCUGAUUAAUUCAUUAGCAACUGUCGACCAGUUUGUCAGUUA_CAUGGCAAUAACU
........................((((((....))))))...........((((((......))))))(((((.(((.....))).)))))............... (-16.75 = -16.53 +  -0.22)

alignment

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