Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,593,946 – 15,594,050 |
Length | 104 |
Max. P | 0.999585 |
Location | 15,593,946 – 15,594,050 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.03 |
Mean single sequence MFE | -25.45 |
Consensus MFE | -24.24 |
Energy contribution | -24.19 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -2.68 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 3.75 |
SVM RNA-class probability | 0.999585 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 15593946 104 + 27905053 AAUUGUUACAAAUUGAUUAAUUAUUUUAGCUGGUUAUCGA---CGAUAACCGAGUUUUGUUCCGGACUCUAGAUU------AGUUCUAAACGAAAUUGCAAUUGAUUUGUACU ......(((((((..(((............((((((((..---.))))))))(((((((((..(((((.......------)))))..)))))))))..)))..))))))).. ( -26.60) >DroSec_CAF1 113655 104 + 1 AAUUGUUACAAAUUGAUUAAUUAUUUUAGCUGGUUAUCGA---CGAUAACCGAGUUUUGUUCCGGACUCUAGCUU------AGUUCUAAACGAAAUUGCAAUUGAUUUGUACU ......(((((((..(((............((((((((..---.))))))))(((((((((..(((((.......------)))))..)))))))))..)))..))))))).. ( -26.60) >DroSim_CAF1 107869 104 + 1 AAUUGUUACAAAUUGAUUAAUUAUUUUAGCUGGUUAUCGA---CGAUAACCGAGUUUUGUUCCGGACUCUAGCUU------AGUUCUAAACGAAAUUGCAAUUGAUUUGUACU ......(((((((..(((............((((((((..---.))))))))(((((((((..(((((.......------)))))..)))))))))..)))..))))))).. ( -26.60) >DroEre_CAF1 102366 107 + 1 AAUUGUUACAAAUUGAUGAAUUAUUUUAGCUGGUUAUCGACGACGAUAAUCAGGUCUUGUUCCGGACUCUAGCUU------AGUUCUAAACAAAAUUGCAAUUGAUUUGUACU ......(((((((..((((((((..((((((((((((((....))))))))))((((......)))).))))..)------)))))....((....))..))..))))))).. ( -27.40) >DroYak_CAF1 114603 104 + 1 AAUUGUUACAAAUUGAUUAAUUAUUUUAGCUGGUUAUCGA---CGAUAAUCGAGUUUUGUUCCGGACUCUAGCUU------AGUUUUAAACGAAAUUCCAAUUGAUUUGUACU ......(((((((..(((.............(((((((..---.)))))))((((((((((..(((((.......------)))))..)))))))))).)))..))))))).. ( -25.10) >DroAna_CAF1 114494 108 + 1 AAUUGUUACAAAUUGAUUAAUCAUUUUAGCUGGUUACCGA---UUUUAAUCAAAUUUUGUUCCGGACCCCAGCUUAUUGUUAGUUCUA--UAAAUUUGCAAUUGAUUUGUACU ......(((((((..(((.........((((((...(((.---...(((.......)))...)))...))))))....((.((((...--..)))).)))))..))))))).. ( -20.40) >consensus AAUUGUUACAAAUUGAUUAAUUAUUUUAGCUGGUUAUCGA___CGAUAACCGAGUUUUGUUCCGGACUCUAGCUU______AGUUCUAAACGAAAUUGCAAUUGAUUUGUACU ......(((((((..(((............(((((((((....)))))))))(((((((((..(((((.............)))))..)))))))))..)))..))))))).. (-24.24 = -24.19 + -0.05)
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