Locus 5909

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 15,553,786 – 15,553,882
Length 96
Max. P 0.587801
window9651

overview

Window 1

Location 15,553,786 – 15,553,882
Length 96
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.20
Mean single sequence MFE -38.44
Consensus MFE -22.11
Energy contribution -22.73
Covariance contribution 0.62
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.51
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.587801
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15553786 96 + 27905053
UUUCCACGUUGCUGCUGU-------UGUUGCUUUUCCCUAUGAGCAGCGGGGGGAA-------AACGCGAUUGAGUGGGGUGGUUUGGGG--GGCUGCUCCAAUUGCCACCC
(((((.(.((((((((..-------.................)))))))).)))))-------).(((......)))(((((((((((((--.....))))))..))))))) ( -37.91)
>DroSec_CAF1 78939 98 + 1
UUUCCACGUUGCUGCUGU-------UGUUGCUUUUCCCCAUGACCAGCGGGGGGAA-------AACGCGAUUGAGUGGGGUGGUUUCGGGGUGGCUGCUCCAAUUGCCACCC
...((((.(..((.(...-------.(((((((((((((.((.....)).))))))-------)).))))).)))..).)))).....(((((((..........))))))) ( -41.20)
>DroSim_CAF1 72938 98 + 1
UUUCCACGUUGCUGCUGU-------UGUUGCUUUUCCCCAUGACCAGCGGGGGGAA-------AUCGCGAUUGAGUGGGGUGGUUUCGGGGUGGCUGCUCCAAUUGCCACCC
...((((.(..((.(...-------.(((((.(((((((.((.....)).))))))-------)..))))).)))..).)))).....(((((((..........))))))) ( -39.50)
>DroEre_CAF1 69148 85 + 1
UUUCCACGCUC----------------UUCCUGCUCCCCCUGACCAGCGGGGGGAA-------AACGCGAUUGAGUGGAGUGGCUUGGGG----CAGCUCCAAUUGCCACCC
..(((((((..----------------.....))((((((((.....)))))))).-------...........)))))(((((((((((----...))))))..))))).. ( -36.90)
>DroYak_CAF1 77440 94 + 1
UUUCCACGUUGCUGCUGU-------UGUUGCUUCUCCCUAUGACCAGCGGGGGGA--------AACGCGAUUGAGUGGGGUGGUUUGGGG---ACUGCUCCAAUUGCCACCC
...(((((((((.((...-------....))(((((((..(.....)..))))))--------)..)))))...))))((((((((((((---....))))))..)))))). ( -36.40)
>DroAna_CAF1 78993 103 + 1
UUUCUAUGCGCCAGCUGCCAGUUCGUGGUCCUAUUUUGUAUGACCCGCGGGGGGAGGGGUGGCAGCGCC----GGUGGGGUGGGCUGG-----ACGAUUCCAAUUGCCACCC
........((((.(((((((.((((..(.......)..)....(((....)))..))).)))))))...----))))((((((..(((-----(....))))....)))))) ( -38.70)
>consensus
UUUCCACGUUGCUGCUGU_______UGUUGCUUUUCCCCAUGACCAGCGGGGGGAA_______AACGCGAUUGAGUGGGGUGGUUUGGGG___GCUGCUCCAAUUGCCACCC
(..((.(((((.................................))))).))..)..........(((......)))(((((((((((((.......))))))..))))))) (-22.11 = -22.73 +   0.62)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:07:31 2006