Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,193,089 – 2,193,200 |
Length | 111 |
Max. P | 0.564608 |
Location | 2,193,089 – 2,193,200 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.34 |
Mean single sequence MFE | -44.52 |
Consensus MFE | -28.26 |
Energy contribution | -28.35 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.45 |
Mean z-score | -1.33 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.564608 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2193089 111 + 27905053 GCUGUUGCCGUACAUUGGGUGGUGGCUGGGAAAGCAGCGGUGCUGCCGCAUUGGGUGGUGGCUGGCUCAUCAGGUGCGGCGGAGGUUGUGAGGUAAGAUGUGACGACACUG .((.(((((((((..(((((.(..((((......))))...((..((((.....))))..))).)))))....)))))))))))(((((.(.((...)).).))))).... ( -42.20) >DroVir_CAF1 12842 111 + 1 GUUGCUGUCGCACAUUCGGAGGCGGCUGGCUAAGCAGCGGCGCCGCAGCAUUGGGCGGUGGUUGGUUCAAUAGAUGCGGCGGUGGUUGCGAGGUCAAAUGUGAAUGGCCAG ((((((..((......))..))))))((((((.(((((.((((((((..(((((((.(....).)))))))...)))))).)).)))))....(((....))).)))))). ( -46.20) >DroPse_CAF1 16330 108 + 1 GCUGUUGUCGCACAUUGGGCGGAGGCUGCGACAGCAGCGGACCGGCUGCAUUCGGAGGGGGUUGGCUCAUCAGAUGAGGCGGUGGCUGCGAUGUCAGAUGGG---GUACUG ((((((((((((......((....))))))))))))))...((((((.(........).))))))((((((.((((..((((...))))..)))).))))))---...... ( -41.50) >DroGri_CAF1 13387 111 + 1 GCUGUUGUCGCACAUUCGGUGGCGGCUGACUGAGCAGCGGUGCCGCUGCAUUCGGCGGUGGUUGAUUCAAUAGAUGCGGCGGUGGCUGCGACGUCAAAUGCGAAUGUCCUG (((((..(((......)))..)))))((((...(((((...(((((((((((((((....)))))........)))))))))).)))))...))))............... ( -44.70) >DroYak_CAF1 11728 111 + 1 GCUGUUGGCGCACAUUUGGUGGCGGCUGGGAAAGCAACGGCGCUGCCGCAUUUGGUGGAGGCUGGCUCAUCAGAUGCGGCGGCGGUUGCGAAGUAAGAUGUGAUGACACAG .((((...(((((((((..(.((((((......((....))((((((((((((((((.((.....)))))))))))))))))))))))).)....))))))).))..)))) ( -50.00) >DroPer_CAF1 12289 108 + 1 GCUGUUGUCGUACAUUGGGCGGAGGCUGCGACAGCAGCGGACCGGCUGCAUUCGGCGGGGGUUGGCUCAUCAGAUGAGGCGGUGGCUGCGAUGUCAGAUGGG---GUACUG (((((((((((......(((....))))))))))))))...((.((((....)))).))(((.(.((((((.((((..((((...))))..)))).))))))---.)))). ( -42.50) >consensus GCUGUUGUCGCACAUUGGGUGGCGGCUGGGAAAGCAGCGGAGCCGCUGCAUUCGGCGGUGGUUGGCUCAUCAGAUGCGGCGGUGGCUGCGAGGUCAGAUGUGA__GUACUG (((((((((........))))))))).......(((((.(..((((((((((.((.((........)).)).))))))))))).)))))...................... (-28.26 = -28.35 + 0.09)
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