Locus 590

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,193,089 – 2,193,200
Length 111
Max. P 0.564608
window941

overview

Window 1

Location 2,193,089 – 2,193,200
Length 111
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.34
Mean single sequence MFE -44.52
Consensus MFE -28.26
Energy contribution -28.35
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.33
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.564608
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2193089 111 + 27905053
GCUGUUGCCGUACAUUGGGUGGUGGCUGGGAAAGCAGCGGUGCUGCCGCAUUGGGUGGUGGCUGGCUCAUCAGGUGCGGCGGAGGUUGUGAGGUAAGAUGUGACGACACUG
.((.(((((((((..(((((.(..((((......))))...((..((((.....))))..))).)))))....)))))))))))(((((.(.((...)).).))))).... ( -42.20)
>DroVir_CAF1 12842 111 + 1
GUUGCUGUCGCACAUUCGGAGGCGGCUGGCUAAGCAGCGGCGCCGCAGCAUUGGGCGGUGGUUGGUUCAAUAGAUGCGGCGGUGGUUGCGAGGUCAAAUGUGAAUGGCCAG
((((((..((......))..))))))((((((.(((((.((((((((..(((((((.(....).)))))))...)))))).)).)))))....(((....))).)))))). ( -46.20)
>DroPse_CAF1 16330 108 + 1
GCUGUUGUCGCACAUUGGGCGGAGGCUGCGACAGCAGCGGACCGGCUGCAUUCGGAGGGGGUUGGCUCAUCAGAUGAGGCGGUGGCUGCGAUGUCAGAUGGG---GUACUG
((((((((((((......((....))))))))))))))...((((((.(........).))))))((((((.((((..((((...))))..)))).))))))---...... ( -41.50)
>DroGri_CAF1 13387 111 + 1
GCUGUUGUCGCACAUUCGGUGGCGGCUGACUGAGCAGCGGUGCCGCUGCAUUCGGCGGUGGUUGAUUCAAUAGAUGCGGCGGUGGCUGCGACGUCAAAUGCGAAUGUCCUG
(((((..(((......)))..)))))((((...(((((...(((((((((((((((....)))))........)))))))))).)))))...))))............... ( -44.70)
>DroYak_CAF1 11728 111 + 1
GCUGUUGGCGCACAUUUGGUGGCGGCUGGGAAAGCAACGGCGCUGCCGCAUUUGGUGGAGGCUGGCUCAUCAGAUGCGGCGGCGGUUGCGAAGUAAGAUGUGAUGACACAG
.((((...(((((((((..(.((((((......((....))((((((((((((((((.((.....)))))))))))))))))))))))).)....))))))).))..)))) ( -50.00)
>DroPer_CAF1 12289 108 + 1
GCUGUUGUCGUACAUUGGGCGGAGGCUGCGACAGCAGCGGACCGGCUGCAUUCGGCGGGGGUUGGCUCAUCAGAUGAGGCGGUGGCUGCGAUGUCAGAUGGG---GUACUG
(((((((((((......(((....))))))))))))))...((.((((....)))).))(((.(.((((((.((((..((((...))))..)))).))))))---.)))). ( -42.50)
>consensus
GCUGUUGUCGCACAUUGGGUGGCGGCUGGGAAAGCAGCGGAGCCGCUGCAUUCGGCGGUGGUUGGCUCAUCAGAUGCGGCGGUGGCUGCGAGGUCAGAUGUGA__GUACUG
(((((((((........))))))))).......(((((.(..((((((((((.((.((........)).)).))))))))))).)))))...................... (-28.26 = -28.35 +   0.09) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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