| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,418,631 – 15,418,748 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.506455 |
| Location | 15,418,631 – 15,418,748 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.91 |
| Mean single sequence MFE | -53.20 |
| Consensus MFE | -37.19 |
| Energy contribution | -37.22 |
| Covariance contribution | 0.03 |
| Combinations/Pair | 1.37 |
| Mean z-score | -1.04 |
| Structure conservation index | 0.70 |
| SVM decision value | -0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.506455 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 15418631 117 - 27905053 GGGUUUGGAGUUCAAUGCGGAACCGGGAGCGCUGGGUAGACCGCUGCUGGUGGCGCUACUG---CCGCCGCCAUUGGGUUCAUCGAGAAGUUGGCGUAGUCGCUGCAACUGAGCUUCCAG .(((((.(.........).)))))((((((.((.(((..(((.(...(((((((((....)---.))))))))..))))..))).)).((((((((....)))..)))))..)))))).. ( -47.30) >DroVir_CAF1 205144 120 - 1 UGGCUUGGAAUUGAGCGCUGAGCCGGGAGCGCUGGGCAGUCCGCUGCUGUUGGCGCUGCUGCAGCCGCCGCCGUUGGGCUCGUCGAGCAGCUGGCGUAGACGCUGCAGCUGCGCCUCCAG .....((((....((((((........)))))).(((((....)))))...(((((.((((((((((((((.(((.((....)).))).)).)))).....)))))))).))))))))). ( -59.80) >DroGri_CAF1 217875 114 - 1 UGGCUUGGAGUUGAGCGCUGAACCCGGUGCGCUGGGUAGUCCGCUGCUGGUGGCACUG------CCGCCGCCGUUGGGCUCGUCGAGCAGCUGACGCAGACGCUGCAGUUGCGCUUCGAG ...((((((((..(((((((.((((((....)))))).(((.((((((((((((...)------)))))(((....)))......)))))).))).))).))))((....)))))))))) ( -56.70) >DroWil_CAF1 221760 117 - 1 UGGCUUUGAGUUUAAUGCGGAACCAGGAGCACUUGGCAGUCCACUGCUUGUGGCACUGCUA---CCACCACCAUUUGGUUCAUCCAAUAGCUGACGUAGUCGCUGCAAUUGAGCUUCCAA (((....(((((((((((.((((((((.(....(((((((((((.....)))).)))))))---....).))...)))))).......(((.(((...)))))))).)))))))))))). ( -38.90) >DroAna_CAF1 163865 117 - 1 CGGCUUGGAGUUGAGGGCCGAGCCGGGGGCGCUGGGCAGGCCGCUGCUGGUAGCGCUGCUG---CCGCCGCCGUUGGGCUCGUCGAGCAGCUGGCGCAGUCGUUGCAGUUGCGCCUCCAG .(((((((.........)))))))((((((((...((((.(.(((((.((((((...))))---))(((((.(((.((....)).))).)).)))))))).)))))....)))))))).. ( -63.00) >DroPer_CAF1 226684 114 - 1 CGGCUUCGAGUUGAGUGCAGAGCCCGGGGCACUGGGCAGGCCGCUGCUGGUGGCACUGCU------GCCGCCAUUCGGCUCGUCCAAGAGCUGUCGCAGACGCUGCAACUGUGCCUCCAG .(((((...((.....)).))))).(((((((...((((..((((((((((((((....)------)))))))..((((((......))))))..)))).))))))....))))).)).. ( -53.50) >consensus UGGCUUGGAGUUGAGUGCGGAACCGGGAGCGCUGGGCAGUCCGCUGCUGGUGGCACUGCUG___CCGCCGCCAUUGGGCUCGUCGAGCAGCUGGCGCAGACGCUGCAACUGCGCCUCCAG .(((((((.........)))))))((((((((...((((.(..(((((((((((............)))))))...((((........))))...))))..)))))....)))))))).. (-37.19 = -37.22 + 0.03)
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