Locus 586

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	2,178,012 – 2,178,124
Length	112
Max. P	0.999660

overview

Window 6

Location	2,178,012 – 2,178,124
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.97
Mean single sequence MFE	-42.16
Consensus MFE	-35.36
Energy contribution	-35.68
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.52
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	3.85
SVM RNA-class probability	0.999660
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2178012 112 + 27905053
UCACAAACUUUGGCUCCGCGUAAACGUGGCGAAGAAGUAUGCAUA--------UGUUUGUGGCUUCUUUCAGCUCUUGGAGCGAGCGCCACGUUUGCGUCGCUGUUGUUGCAACAUGCAC
.....(((..((((...(((((((((((((((((((((.((((..--------....))))))))))))..((((.......))))))))))))))))).))))..)))((.....)).. ( -43.90)
>DroSec_CAF1 3113 112 + 1
UCACAAACUUUAGCUCCGCAUAAACGUGGCGAAGAAGUAUGCAUA--------UGUUUGUGGCUUCUUUCAGCUCUUGGAGCAAGCGCCACGUUUGCGUCGCUGUUGUUGCAACAUGCAC
.....(((..((((..((((..((((((((((((((((.((((..--------....)))))))))))...((((...))))...)))))))))))))..))))..)))((.....)).. ( -42.50)
>DroSim_CAF1 3218 112 + 1
UCACAAACUUUAGCUCCGCAUAAACGUGGCGAAGAAGUAUGCAUA--------UGUUUGUGGCUUCUUUCAGCUCUUGGAGCAAGCGCCACGUUUGCGUCGCUGUUGUUGCAACAUGCAC
.....(((..((((..((((..((((((((((((((((.((((..--------....)))))))))))...((((...))))...)))))))))))))..))))..)))((.....)).. ( -42.50)
>DroEre_CAF1 4977 120 + 1
UUGCAAGCUUUAGCUCCGCAUAAACGUGGCGAAGAAGUAUACAUACAUAUGUUUGUUUGUGGCUUCUAUCAGCUCUUGGAGCAAGCGCCACGUUUGCUUCGCUGUUGUUGCAACAUGCAC
((((((.(..((((...(((..(((((((((.((((((.((((.(((......))).))))))))))....((((...))))...))))))))))))...))))..)))))))....... ( -44.60)
>DroYak_CAF1 3482 110 + 1
UCGCAAAC--UAGCUCCGCAUAAACGUGGCGAACAAGUAUACAUA--------UGCUUGUGGCUUCUUUCAGCUCUUGGAGCAAGCGCCACGUUCACGUCGCUGUUGUUACAACGUGCAC
..(((...--.(((..((....(((((((((.((((((((....)--------))))))).(((((...........)))))...)))))))))..))..)))((((...)))).))).. ( -37.30)
>consensus
UCACAAACUUUAGCUCCGCAUAAACGUGGCGAAGAAGUAUGCAUA________UGUUUGUGGCUUCUUUCAGCUCUUGGAGCAAGCGCCACGUUUGCGUCGCUGUUGUUGCAACAUGCAC
.....(((..((((..((((..((((((((((((((((.((((..............)))))))))))...((((...))))...)))))))))))))..))))..)))........... (-35.36 = -35.68 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	2,178,012 – 2,178,124
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.97
Mean single sequence MFE	-35.74
Consensus MFE	-30.99
Energy contribution	-30.71
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.08
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	2.35
SVM RNA-class probability	0.992793
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2178012 112 - 27905053
GUGCAUGUUGCAACAACAGCGACGCAAACGUGGCGCUCGCUCCAAGAGCUGAAAGAAGCCACAAACA--------UAUGCAUACUUCUUCGCCACGUUUACGCGGAGCCAAAGUUUGUGA
..((((((((...)))))((..((((((((((((((((.......)))).(((.((((...((....--------..))....))))))))))))))))..)))..)).......))).. ( -35.00)
>DroSec_CAF1 3113 112 - 1
GUGCAUGUUGCAACAACAGCGACGCAAACGUGGCGCUUGCUCCAAGAGCUGAAAGAAGCCACAAACA--------UAUGCAUACUUCUUCGCCACGUUUAUGCGGAGCUAAAGUUUGUGA
.(((.....))).....(((..(((((((((((((...((((...))))...((((((...((....--------..))....)))))))))))))))..))))..)))........... ( -34.80)
>DroSim_CAF1 3218 112 - 1
GUGCAUGUUGCAACAACAGCGACGCAAACGUGGCGCUUGCUCCAAGAGCUGAAAGAAGCCACAAACA--------UAUGCAUACUUCUUCGCCACGUUUAUGCGGAGCUAAAGUUUGUGA
.(((.....))).....(((..(((((((((((((...((((...))))...((((((...((....--------..))....)))))))))))))))..))))..)))........... ( -34.80)
>DroEre_CAF1 4977 120 - 1
GUGCAUGUUGCAACAACAGCGAAGCAAACGUGGCGCUUGCUCCAAGAGCUGAUAGAAGCCACAAACAAACAUAUGUAUGUAUACUUCUUCGCCACGUUUAUGCGGAGCUAAAGCUUGCAA
.(((.(((((...))))))))....(((((((((....((((...)))).((.(((((..(((.(((......))).)))...)))))))))))))))).((((.(((....))))))). ( -38.00)
>DroYak_CAF1 3482 110 - 1
GUGCACGUUGUAACAACAGCGACGUGAACGUGGCGCUUGCUCCAAGAGCUGAAAGAAGCCACAAGCA--------UAUGUAUACUUGUUCGCCACGUUUAUGCGGAGCUA--GUUUGCGA
.((((((((((....)))))).((((((((((((((((((((...))))......)))).(((((.(--------(....)).)))))..))))))))))))........--...)))). ( -36.10)
>consensus
GUGCAUGUUGCAACAACAGCGACGCAAACGUGGCGCUUGCUCCAAGAGCUGAAAGAAGCCACAAACA________UAUGCAUACUUCUUCGCCACGUUUAUGCGGAGCUAAAGUUUGUGA
.((((.((((...))))(((..((((((((((((((((.......)))).((.(((((.........................))))))))))))))))..)))..)))......)))). (-30.99 = -30.71 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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