Locus 5854

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 15,345,955 – 15,346,071
Length 116
Max. P 0.999953
window9579

overview

Window 9

Location 15,345,955 – 15,346,071
Length 116
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.84
Mean single sequence MFE -41.00
Consensus MFE -38.47
Energy contribution -38.72
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -3.64
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 4.82
SVM RNA-class probability 0.999953
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15345955 116 + 27905053
UCAUUUCUCACUUGGCUGCGUAUUUGCUAGGUGUUUGCAUGGUUAUAUAUCUAUGGAUGUCG-GUGCCGUCCAUGGGUUUGUUAGUAUUAGCCAUGUUGGCCAUGUCUAUUGGCCAG
........((((((((.........))))))))...(((((((((((((((((((((((...-....)))))))))))......))).)))))))))((((((.......)))))). ( -42.40)
>DroSec_CAF1 98770 115 + 1
UCAUUUCUCACUUGGCUGCGUAUUUGCUAGGUGUUUGCAUGGUUAUAUAUCUAUGGAUGUCG-GUGC-GUCCAUGGGUUUGUUAGUAUUAGCCAUGUUGGCCAUGUCUAUUGGCCAG
........((((((((.........))))))))...((((((((((((((((((((((((..-..))-))))))))))......))).)))))))))((((((.......)))))). ( -44.20)
>DroSim_CAF1 102322 116 + 1
UCAUUUCUCACUUGGCUGCGUAUUUGCUAGGUGUUUGCAUGGUUAUAUAUCUAUGGAUGUCG-GUGCCGUCCAUGGGUUUGUUAGUAUUAGCCAUGUUGGCCAUGUCUAUUGGCCAG
........((((((((.........))))))))...(((((((((((((((((((((((...-....)))))))))))......))).)))))))))((((((.......)))))). ( -42.40)
>DroEre_CAF1 94124 116 + 1
UCAUUUCUCACUUGGCUGCGUAUUUGCUAGGUGUUUGCAUGGUUAUAUAUCUAUGGAUGUCG-GUGCCGUCCAUGGGUUUGUUAGUAUCAGCCAUGUUGGCUAUGUCUAUUGGCCAG
........((((((((.........))))))))...(((((((((((((((((((((((...-....)))))))))))......)))).))))))))((((((.......)))))). ( -40.10)
>DroYak_CAF1 124906 116 + 1
UCAUUUCUCACUUGGCUGCGUAUUUGCUAGGUGUUUGCAUGGUUUUAUAUCUAUGGAUGUCG-GUGCCGUCCAUGGGUUUGUUAGUAUUAGCCAUGUUGGCUAUGUCUAUUGGCCAG
........((((((((.........))))))))...((((((((.((((((((((((((...-....)))))))))))......)))..))))))))((((((.......)))))). ( -38.80)
>DroAna_CAF1 91396 113 + 1
UCAUUUCUCACUCGGUUGCGUAUUUGCAAGGUGUUUGCAUGGCUA----UCCCAGGAUAUCCCAGGCUGUCCGGGGGUUUGUUGGUAUUAGCCAUGUUGGCAAUGUCUAUUGGCCAG
.............(((((((....)))....(((..(((((((((----..((((.(.(((((.((....)).))))).).))))...)))))))))..))).........)))).. ( -38.10)
>consensus
UCAUUUCUCACUUGGCUGCGUAUUUGCUAGGUGUUUGCAUGGUUAUAUAUCUAUGGAUGUCG_GUGCCGUCCAUGGGUUUGUUAGUAUUAGCCAUGUUGGCCAUGUCUAUUGGCCAG
........((((((((.........))))))))...(((((((((...(((((((((((.(....).)))))))))))..........)))))))))((((((.......)))))). (-38.47 = -38.72 +   0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:06:18 2006