Locus 5845

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 15,305,274 – 15,305,394
Length 120
Max. P 0.539474
window9564

overview

Window 4

Location 15,305,274 – 15,305,394
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.83
Mean single sequence MFE -44.35
Consensus MFE -20.50
Energy contribution -23.00
Covariance contribution 2.50
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.539474
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15305274 120 - 27905053
CUAAAACUAAUUUAAAUCCUGUCAGACUAUUGUAAUACUUUUCUUUGGCCAACAGCGUAUGGCUUUCGCUCUGUUGGCUCGAUAGUUUUUGAGACAAGUUCGCAUAUCGUUGCUCCAGCU
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>DroVir_CAF1 72483 120 - 1
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>DroGri_CAF1 67996 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 64850 120 - 1
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>DroAna_CAF1 54466 120 - 1
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>DroPer_CAF1 73195 120 - 1
CCAAAACGAGCUUGAAACCCGUCAAACUGUUGUAGUACCGCUCUUUGGCGAACAGGGUCUGGCUCUCGCUCUGCUGUGUGGCCAGACGCUGUGUGAGGAGGCCAUAGCGCUGCUCCAGCU
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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