Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,237,425 – 15,237,584 |
Length | 159 |
Max. P | 0.986867 |
Location | 15,237,425 – 15,237,545 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.10 |
Mean single sequence MFE | -33.60 |
Consensus MFE | -27.54 |
Energy contribution | -27.46 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.33 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | -0.00 |
SVM RNA-class probability | 0.532337 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 15237425 120 + 27905053 ACUGUUGCGCUUGGCCAUUUACACAUUGGUUUUGGCCCUGUUUCACUGCUAAGACCAUGGCCAGGCGGAUGCUGUUGGCGCUAAUUAGUAUUUGUUGCUUCAGUUAUUGGCUAAAUUACG ((((..(((((((((((.........((((((((((..((...))..)))))))))))))))))))(((((((((((....))).))))))))...))..))))................ ( -38.90) >DroSec_CAF1 4692 117 + 1 -CUGUUG--CUUGGCCAUUUACACAUUGGUUUUGGCCCUGUUUCACUGCUAAGACCACGGCCAGGCGGAUGCUGUUGGCGCUAAUUAGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCUAAAUUACG -...(((--(((((((..........((((((((((..((...))..)))))))))).))))))))))..((.....))((((((.((((.....))))......))))))......... ( -33.50) >DroSim_CAF1 4720 118 + 1 ACUGUUG--CUUGGCCAUUUACACAUUGGUUUUGGCCCUGUUUCACUGCUAAGACCACGGCCAGGCGGAUGCUGUUGGCGCUAAUUAGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCUAAAUUACG ....(((--(((((((..........((((((((((..((...))..)))))))))).))))))))))..((.....))((((((.((((.....))))......))))))......... ( -33.50) >DroEre_CAF1 2546 118 + 1 ACUGUUG--CUUGGCCAUUUCUACAUCGGUUUUGGCCCUGUUUCACUGCUAAGAGUACGGCCAGGCGGAUUCUGUUGCCGCUAAUUGGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCUAAAGUACG ..((..(--(..(((((...((.....))...)))))..))..)).........((((((((((((((.........)))))....((((.....))))........)))))...)))). ( -29.70) >DroYak_CAF1 2515 118 + 1 ACUGUUG--CUUGGCCAUUUCUACAUCGGUUUUGGCCCUGUUUUACUGCUAAGACCACGGCCAGGCGAAUUCUGUUGGCGCUAAUUGGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCCACAUUACG ....(((--(((((((((......)).(((((((((...(.....).)))))))))..))))))))))....(((.(((..(((..((((.....))))....)))...))))))..... ( -32.40) >consensus ACUGUUG__CUUGGCCAUUUACACAUUGGUUUUGGCCCUGUUUCACUGCUAAGACCACGGCCAGGCGGAUGCUGUUGGCGCUAAUUAGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCUAAAUUACG ..........(((((((..........(((((((((..((...))..)))))))))..(((..((((((((((((((....))).))))))))))))))........)))))))...... (-27.54 = -27.46 + -0.08)
Location | 15,237,465 – 15,237,584 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.46 |
Mean single sequence MFE | -37.62 |
Consensus MFE | -34.14 |
Energy contribution | -33.98 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.73 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 2.06 |
SVM RNA-class probability | 0.986867 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 15237465 119 + 27905053 UUUCACUGCUAAGACCAUGGCCAGGCGGAUGCUGUUGGCGCUAAUUAGUAUUUGUUGCUUCAGUUAUUGGCUAAAUUACGAGUAGAUGAGCUUCAGCUUGGCUAG-UCUUAAGUGGGCAA .((((((..((((((..((((((((((((((((((((....))).))))))))...(((.((.(((((.(........).))))).)))))....))))))))))-)))))))))))... ( -36.80) >DroSec_CAF1 4729 119 + 1 UUUCACUGCUAAGACCACGGCCAGGCGGAUGCUGUUGGCGCUAAUUAGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCUAAAUUACGAGUGGAUGAGCUUCGGCUUGGCUAG-UCUUAAGUGGGCAA .((((((..((((((...((((((((.((.((....((((.(((.......))).))))(((((((((.(........).))))))))))).)).)))))))).)-)))))))))))... ( -39.70) >DroSim_CAF1 4758 119 + 1 UUUCACUGCUAAGACCACGGCCAGGCGGAUGCUGUUGGCGCUAAUUAGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCUAAAUUACGAGUGGAUGAGCUUCGGCUUGGCUAG-UCUUAAGUGGGCAA .((((((..((((((...((((((((.((.((....((((.(((.......))).))))(((((((((.(........).))))))))))).)).)))))))).)-)))))))))))... ( -39.70) >DroEre_CAF1 2584 119 + 1 UUUCACUGCUAAGAGUACGGCCAGGCGGAUUCUGUUGCCGCUAAUUGGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCUAAAGUACGAGUAGAUGAGCUUCGGCUUGGCUUG-UCUUAAGUGGGGAA (..((((..(((((....((((((((.((......(((((.....)))))......(((.((((((((.(........).))))))))))).)).))))))))..-)))))))))..).. ( -38.50) >DroYak_CAF1 2553 120 + 1 UUUUACUGCUAAGACCACGGCCAGGCGAAUUCUGUUGGCGCUAAUUGGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCCACAUUACGAGUAGAUGAGCUUCGGCUUGGCUUAAGCUUAAGUGGAGAA (((((((((((((.(((.((((.(((((((((.((((....)))).)).)))))))(((.((((((((.(........).)))))))))))...)))))))))).)))...))))))).. ( -33.40) >consensus UUUCACUGCUAAGACCACGGCCAGGCGGAUGCUGUUGGCGCUAAUUAGUAUUUGUUGCUUCAUUUAUUGGCUAAAUUACGAGUAGAUGAGCUUCGGCUUGGCUAG_UCUUAAGUGGGCAA .((((((..(((((....(((((((((((((((((((....))).))))))))...(((.((((((((.(........).)))))))))))....))))))))...)))))))))))... (-34.14 = -33.98 + -0.16)
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