Locus 5815

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 15,201,165 – 15,201,316
Length 151
Max. P 0.997916
window9526 window9527 window9528

overview

Window 6

Location 15,201,165 – 15,201,279
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.67
Mean single sequence MFE -54.58
Consensus MFE -50.48
Energy contribution -49.77
Covariance contribution -0.71
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -3.21
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.96
SVM RNA-class probability 0.997916
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15201165 114 + 27905053
UUUGAAGGGUCGACCGGGAUCGCGAUGCGGUGGCUUGCCCCAAGAGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGCGGUAGGUCAGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGCUUUGC
......(((((.((((.(.......).)))))))))(((((.(((((((((((((((((((((((((.....)))).)))).....))))))))))))))))).)))))..... ( -55.20)
>DroSec_CAF1 124478 114 + 1
UUUGAAUGGUCGACCGGGAUCGCGAUGCGGUGGCUUGCCCCAAGAGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGUGGUAGGUCAGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGCUUUGC
.......((((.((((.(.......).)))))))).(((((.((((((((((((((((((((((.(........).))))).....))))))))))))))))).)))))..... ( -50.50)
>DroSim_CAF1 127159 114 + 1
UUUGAAUGGUCGACCGGGAUCGCGAUGCGGUGGCUUGCCCCAAGAGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGCGGUAGGUCAGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGCUUUGC
.......((((.((((.(.......).)))))))).(((((.(((((((((((((((((((((((((.....)))).)))).....))))))))))))))))).)))))..... ( -54.00)
>DroEre_CAF1 122656 114 + 1
CUGGAAGGGUCGACCGGGAUCGCGAUGCGGUGGCCUGCCCCAAAAGAUCGCCGGGGAGUACGCCGGCGGUCGGUCCGGCGUAUUGUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGUUUGGC
((((.........)))).(((((...))))).(((.(((((.((((((((((((((((((((.((.(((.....))).))...)))))))))))))))))))).)))))..))) ( -60.10)
>DroYak_CAF1 130386 114 + 1
AUUGAAGGGUCGACCGGGAUCGCGAUGCGGUGGCUUGCCCCAAGGGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGCGGUUGGUCUGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUCCGGGGCUUGGC
......(((((.((((.(.......).)))))))))(((((..((((((((((((((((((((..((.....).)..)))).....))))))))))))))))..)))))..... ( -52.40)
>DroAna_CAF1 120324 114 + 1
CUUGAAAGGCCUUCCAGGAUCGCGGUGAGGCGGUCUACCCCACACAAUCGCCGGGGAGUAGGCUGGCGGAUCGUAGAUCUUAGUAUACUUCUCGGUGAUAGUGCGGGGCAUGGA
............(((((((((((......))))))).((((.(((.((((((((((((((.((((..(((((...))))))))).)))))))))))))).))).))))..)))) ( -55.30)
>consensus
UUUGAAGGGUCGACCGGGAUCGCGAUGCGGUGGCUUGCCCCAAGAGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGCGGUAGGUCAGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGCUUGGC
......(((((.((((...........)))))))))(((((.(((((((((((((((((((((((((.....))).))))).....))))))))))))))))).)))))..... (-50.48 = -49.77 +  -0.71)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 7

Location 15,201,165 – 15,201,279
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.67
Mean single sequence MFE -38.22
Consensus MFE -29.65
Energy contribution -29.37
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.78
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.513047
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15201165 114 - 27905053
GCAAAGCCCCGAAAGAUCACCGAGAAGUAUAAUACGCCUGACCUACCGCCAGCGUACUCCCCGGCGAUCUCUUGGGGCAAGCCACCGCAUCGCGAUCCCGGUCGACCCUUCAAA
((...(((((((.(((((.(((.(.(((.....((((.((.........))))))))).).))).))))).)))))))..((....))...))(((....)))........... ( -36.70)
>DroSec_CAF1 124478 114 - 1
GCAAAGCCCCGAAAGAUCACCGAGAAGUAUAAUACGCCUGACCUACCACCAGCGUACUCCCCGGCGAUCUCUUGGGGCAAGCCACCGCAUCGCGAUCCCGGUCGACCAUUCAAA
((...(((((((.(((((.(((.(.(((.....((((.((.........))))))))).).))).))))).)))))))..((....))...))(((....)))........... ( -36.70)
>DroSim_CAF1 127159 114 - 1
GCAAAGCCCCGAAAGAUCACCGAGAAGUAUAAUACGCCUGACCUACCGCCAGCGUACUCCCCGGCGAUCUCUUGGGGCAAGCCACCGCAUCGCGAUCCCGGUCGACCAUUCAAA
((...(((((((.(((((.(((.(.(((.....((((.((.........))))))))).).))).))))).)))))))..((....))...))(((....)))........... ( -36.70)
>DroEre_CAF1 122656 114 - 1
GCCAAACCCCGAAAGAUCACCGAGAAGUACAAUACGCCGGACCGACCGCCGGCGUACUCCCCGGCGAUCUUUUGGGGCAGGCCACCGCAUCGCGAUCCCGGUCGACCCUUCCAG
(((...((((((((((((.(((.(.(((.....(((((((........)))))))))).).))).))))))))))))..)))..........((((....)))).......... ( -47.90)
>DroYak_CAF1 130386 114 - 1
GCCAAGCCCCGGAAGAUCACCGAGAAGUAUAAUACGCCAGACCAACCGCCAGCGUACUCCCCGGCGAUCCCUUGGGGCAAGCCACCGCAUCGCGAUCCCGGUCGACCCUUCAAU
(((..(((((((..((((.(((.(.(((.....((((..(........)..))))))).).))).))))..))))))).......(((...))).....)))............ ( -32.10)
>DroAna_CAF1 120324 114 - 1
UCCAUGCCCCGCACUAUCACCGAGAAGUAUACUAAGAUCUACGAUCCGCCAGCCUACUCCCCGGCGAUUGUGUGGGGUAGACCGCCUCACCGCGAUCCUGGAAGGCCUUUCAAG
((((((((((((((.(((.(((.(.((((..((..((((...))))....))..)))).).))).))).))))))))))((.(((......))).)).))))............ ( -39.20)
>consensus
GCAAAGCCCCGAAAGAUCACCGAGAAGUAUAAUACGCCUGACCUACCGCCAGCGUACUCCCCGGCGAUCUCUUGGGGCAAGCCACCGCAUCGCGAUCCCGGUCGACCCUUCAAA
.....(((((((.(((((.(((.(.(((.....((((..............))))))).).))).))))).))))))).......((.((((......)))))).......... (-29.65 = -29.37 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 15,201,205 – 15,201,316
Length 111
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.81
Mean single sequence MFE -39.99
Consensus MFE -34.87
Energy contribution -34.01
Covariance contribution -0.86
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.58
SVM RNA-class probability 0.788355
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15201205 111 + 27905053
CAAGAGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGCGGUAGGUCAGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGCUUUGCCAACA---UCAACAUCCUUUCCCGCAACUCAUCCUCGUCC
..(((((((((((((((((((((((((.....)))).)))).....)))))))))))))))))(((((..((((.....---...............)))).....)))))... ( -39.15)
>DroSec_CAF1 124518 111 + 1
CAAGAGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGUGGUAGGUCAGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGCUUUGCCAACA---UCAACAUUCUUUCCCGCAACUCAUCCUCGUCC
..((((((((((((((((((((((.(........).))))).....)))))))))))))))))(((((..((((.....---...............)))).....)))))... ( -35.65)
>DroSim_CAF1 127199 111 + 1
CAAGAGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGCGGUAGGUCAGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGCUUUGCCAACA---UCAACAUUCUUUCCCGCAACUCAUCCUCGUCC
..(((((((((((((((((((((((((.....)))).)))).....)))))))))))))))))(((((..((((.....---...............)))).....)))))... ( -39.15)
>DroEre_CAF1 122696 111 + 1
CAAAAGAUCGCCGGGGAGUACGCCGGCGGUCGGUCCGGCGUAUUGUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGUUUGGCCAGCA---GCAACAUCCUUUCCCGCAACUCAUCCUCCUCC
..((((((((((((((((((((.((.(((.....))).))...)))))))))))))))))))).((((..(((...((.---...............))...)))..))))... ( -44.99)
>DroYak_CAF1 130426 111 + 1
CAAGGGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGCGGUUGGUCUGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUCCGGGGCUUGGCCAACA---UUAAGAUCCUUUCCCGCAACUCUUCCUCGUCC
.(((((((((((((.(....).))))).(((((((.((((((...)))..(((((.......)))))))).))))))).---....)))))))).................... ( -40.20)
>DroAna_CAF1 120364 111 + 1
CACACAAUCGCCGGGGAGUAGGCUGGCGGAUCGUAGAUCUUAGUAUACUUCUCGGUGAUAGUGCGGGGCAUGGAAAGCGCUUCCAACUUCUCUUCCCG---UUCAUCCGGAUCU
..(((.((((((((((((((.((((..(((((...))))))))).)))))))))))))).))).((((..(((((.....)))))...))))...(((---......))).... ( -40.80)
>consensus
CAAGAGAUCGCCGGGGAGUACGCUGGCGGUAGGUCAGGCGUAUUAUACUUCUCGGUGAUCUUUCGGGGCUUGGCCAACA___UCAACAUCCUUUCCCGCAACUCAUCCUCGUCC
..(((((((((((((((((((((((((.....))).))))).....)))))))))))))))))(((((.........................)))))................ (-34.87 = -34.01 +  -0.86)

alignment

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