Locus 5814

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 15,198,988 – 15,199,113
Length 125
Max. P 0.970450
window9524 window9525

overview

Window 4

Location 15,198,988 – 15,199,099
Length 111
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.74
Mean single sequence MFE -23.33
Consensus MFE -14.96
Energy contribution -14.68
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.814649
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15198988 111 + 27905053
CUCAGCAGCAGACGGCGAAUAAG-AAUC--CG-GCGAGCAUAAUCGGAUUUCACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---A
.......((.....))((.((((-((((--((-(.........)))))))(((((((((((.((.((((..(((.....))))))).)))))))...))))))..)))).))..---. ( -22.20)
>DroVir_CAF1 141870 98 + 1
--CUG----------UGUGUAAGGAA----GA-GCGCAUAUAAUCGGAUUUUACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---A
--.((----------(((((......----..-))))))).....((((((((((((((((.((.((((..(((.....))))))).)))))))...)))))).....))))).---. ( -21.10)
>DroGri_CAF1 165306 102 + 1
--CUU----------CGUAUAAGGAACAUGGU-GCACACAUAAUCGGAUUUUACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGGUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---A
--...----------......((((.((.(((-.((((.((.((((.......)..((((.(((.((((((....))))))..))).))))))).)).)))).))).)).))))---. ( -23.40)
>DroEre_CAF1 120580 108 + 1
CUCAG---CAGACGGGGAACGAG-AAUC--CG-CCGAGCAUAAUCGGAUUUCACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGACCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---A
.....---......((((.((((-....--..-((((......))))..((((((((((((.((.((((..(((.....))))))).))))))...)))))))).)))).))))---. ( -27.60)
>DroWil_CAF1 146930 101 + 1
C--------------UUAAGCAG-AAGC--UGACCGAAUAUAAUCGGAUUUAACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAUCUUUGAUCUUCAUA
.--------------.......(-(((.--...((((......))))......(((((((.(((.((((((....))))))..))).))))(((((....))))).)))..))))... ( -21.00)
>DroMoj_CAF1 142403 98 + 1
--GUG----------UGUGUGAGGAA----GA-GCGCACAUAAUCGGAUUUUACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---A
--(((----------(((((......----..-))))))))....((((((((((((((((.((.((((..(((.....))))))).)))))))...)))))).....))))).---. ( -24.70)
>consensus
__CUG__________UGAAUAAG_AA_C__GG_GCGAACAUAAUCGGAUUUUACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU___A
.............................................((((((((((((((((.((.((((..(((.....))))))).))))))...))))))).....)))))..... (-14.96 = -14.68 +  -0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 15,199,022 – 15,199,113
Length 91
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.48
Mean single sequence MFE -22.00
Consensus MFE -14.92
Energy contribution -14.78
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 1.66
SVM RNA-class probability 0.970450
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15199022 91 + 27905053
CAUAAUCGGAUUUCACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---AGC---------------------U-CCCUGGGCC----CG
....(((((..((((((((((((.((.((((..(((.....))))))).)))))))...)))))))..)))))(((---((.---------------------.-..)))))..----.. ( -20.70)
>DroPse_CAF1 137156 117 + 1
CAUAAUCGGAUUUUACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---AGAGGAUCCACAGUCUGCGCAAUCUGCCUCGGGUCUCUCUG
.......((((((((((((((((.((.((((..(((.....))))))).)))))))...)))))).....)))))(---(((((((((...(....)((.....))...))))).))))) ( -27.00)
>DroEre_CAF1 120611 95 + 1
CAUAAUCGGAUUUCACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGACCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---AGC---------------------U-CCUUGGGCCAAAGCG
.......((((((((((((((((.((.((((..(((.....))))))).))))))...))))))).....))))).---.((---------------------(-.....)))....... ( -19.70)
>DroWil_CAF1 146951 107 + 1
UAUAAUCGGAUUUAACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAUCUUUGAUCUUCAUAGAGGUCCCA--------GCCAACU-CCUCGUUCU-U---U
....((((((........((((.(((.((((((....))))))..))).))))(((((....))))))))))).......((((.....--------.......-)))).....-.---. ( -19.40)
>DroMoj_CAF1 142424 86 + 1
CAUAAUCGGAUUUUACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---AGC---------------------C-G----AGCC----A-
.....((((.........((((.(((.((((((....))))))..))).))))(((((...(....)..)))))..---..)---------------------)-)----)...----.- ( -18.20)
>DroPer_CAF1 132554 117 + 1
CAUAAUCGGAUUUUACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU---AGAGGAUCCACAGUCUGCGCAAUCUGCCUCGGGUCUCUCUG
.......((((((((((((((((.((.((((..(((.....))))))).)))))))...)))))).....)))))(---(((((((((...(....)((.....))...))))).))))) ( -27.00)
>consensus
CAUAAUCGGAUUUUACAAAUCAUUCAUUCAAUUAUCUAAUUGAUUUGACUGAUGAUCAUUUGUGAACCUUGAUCCU___AGA_____________________U_CCUCGGGCC____CG
.......((((((((((((((((.((.((((..(((.....))))))).))))))...))))))).....)))))............................................. (-14.92 = -14.78 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:05:26 2006