Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,082,777 – 15,082,871 |
Length | 94 |
Max. P | 0.913434 |
Location | 15,082,777 – 15,082,871 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.15 |
Mean single sequence MFE | -25.36 |
Consensus MFE | -13.06 |
Energy contribution | -14.48 |
Covariance contribution | 1.42 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.07 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 1.09 |
SVM RNA-class probability | 0.913434 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 15082777 94 + 27905053 -CGCAAUUAAAUCGAUUUCAGUUU--------CGAUGC---AUUCCG-----------UGUUUGCAAUUUGCGAGACAUCAUCGACCUCAAUUUGCAUAAUCGAUUGGUGAUUGCAG--- -.(((((((((((((((.(((..(--------(((((.---.....(-----------(((((((.....)).)))))))))))).......)))...))))))))..)))))))..--- ( -24.60) >DroSec_CAF1 7647 94 + 1 -CGCAAUUAAAUCGAUUUCAGUUU--------CGAUGC---AUUCCG-----------UGUUUGCAAAUUGCGAGACAUCAUCGACCUCAAUUUGCAUAAUCGAUUGGUGAUUGCGG--- -((((((((((((((((.......--------.(((((---.....)-----------))))((((((((((((.......)))....))))))))).))))))))..)))))))).--- ( -27.00) >DroSim_CAF1 5585 94 + 1 -CGCAAUUAAAUCGAUUUCAGUUU--------CGAUGC---AUUCCG-----------UGUUUGCAAAUUGCGAGACAUCAUCGACCUCAAUUUGCAUAAUCGAUUGGUGAUUGCAG--- -.(((((((((((((((.......--------.(((((---.....)-----------))))((((((((((((.......)))....))))))))).))))))))..)))))))..--- ( -25.30) >DroEre_CAF1 7376 93 + 1 -CGCAAUUAAAUCGAUUUCAGUUU--------CGAAGC---AUUCCG-----------UGUUUGCAAA-UGCGAGACAUCAUCGACCCCAAUUUGCAUAAUCGAUGGCUGAUUGCAG--- -.((((((...((((........)--------)))(((---.....(-----------(((((((...-.)).))))))((((((...............)))))))))))))))..--- ( -23.36) >DroAna_CAF1 5710 101 + 1 UCGCAAUUAAAACGAUUUUAAUUUGAAGUGUUCGCUGCGAAAAUCCA-----------CGCUU-CAA-CUGC--GACAUCAUCGACCGCA-UUUGCAUAAUCGAUUGGUGAUUGCAA--- (((((((((((.....))))))((((((((((((...)))......)-----------)))))-)))-.)))--))(((((((((..((.-...))....)))).))))).......--- ( -23.30) >DroPer_CAF1 1536 102 + 1 -UGCAAUUGAAAUGAUUUCGCGUU--------UGAAGA---UUUCGAUAUCAUAUUGAUGCUU-CGUAUUGC--AAA---AUGCAUUUCCAUUUGCAUAAUCGAUGGCUGAUUGCCGAUU -(((((..((((((((((.(((..--------(((((.---..((((((...))))))..)))-))...)))--.))---)).))))))...))))).......((((.....))))... ( -28.60) >consensus _CGCAAUUAAAUCGAUUUCAGUUU________CGAUGC___AUUCCG___________UGUUUGCAAAUUGCGAGACAUCAUCGACCUCAAUUUGCAUAAUCGAUUGGUGAUUGCAG___ ..(((((((.(((((((................((........)).................(((((((((.................))))))))).)))))))...)))))))..... (-13.06 = -14.48 + 1.42)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:04:45 2006