Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,070,259 – 15,070,365 |
Length | 106 |
Max. P | 0.605714 |
Location | 15,070,259 – 15,070,365 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.60 |
Mean single sequence MFE | -37.03 |
Consensus MFE | -20.10 |
Energy contribution | -19.13 |
Covariance contribution | -0.97 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.81 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | 0.15 |
SVM RNA-class probability | 0.605714 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 15070259 106 + 27905053 CUAAUGCUGUGGUCGUAGCACACCUUUGCUGCCUCCGCAUUCCCGGAGUUCGGACAGUGCUCCCGUUGGCAGGUGAAGGGCACUAGGUCAUCUAUUCGGGAUUAGA ((((...(((((..((((((......))))))..))))).(((((((.....((((((((((((.......))....)))))))..))).....))))))))))). ( -40.90) >DroPse_CAF1 6950 98 + 1 CUGAUGCUAUGAUCAUAGCAGACCUUGGCUGCCUCGGCAUUCCCAGCAUUCGGGCAAUGCUCGCGCUGGCAGGUGAAGGGCACAAGGUCGUCUAUAAA-------- ....((((((....))))))(((((((..(((((...((((.(((((...(((((...))))).)))))..))))..)))))))))))).........-------- ( -39.70) >DroGri_CAF1 8772 102 + 1 CUGAUGCUAUGAUCAUAGCACACCUUGGCCGCCUCAGCGUUUCCGGCAUUGGGGCAAUGUUCACGCUGACAGGUGAAUGGAACUAGAUCAUCUGUUCAAU----AG .(((.((.((((((.(((....((((.(((...(((((((....(((((((...))))))).)))))))..))).)).))..)))))))))..)))))..----.. ( -30.10) >DroMoj_CAF1 7646 104 + 1 CUAAUGCUGUGAUCAUAGCAAACUUUGGCCGCCUCAGCAUUGCCAGCAUUGGGGCAAUGCUCGCGUUGACAGGUGAAUGGAACUAGGUCAUCUGCACAAU--UGGA ((((((((((....))))))....(((..(((...(((((((((........))))))))).))).((.(((((((.((....))..)))))))))))))--))). ( -33.20) >DroAna_CAF1 7219 102 + 1 CUUAUGCUGUGAUCGUAGCAGACCUUGGCCGCCUCCGCGUUGCCGGCAUUGGGACAGUGCUCCCGUUGGCAAGUGAAGGGCACCAGGUCAUCUGAAAAGCA----A ....(((((......)))))(((((.((..((((.(((.((((((((...((((......)))))))))))))))..)))).)))))))............----. ( -38.60) >DroPer_CAF1 6962 98 + 1 CUGAUGCUAUGAUCAUAGCAGACCUUGGCUGCCUCGGCAUUCCCAGCAUUCGGGCAAUGCUCGCGCUGGCAGGUGAAGGGCACAAGGUCGUCUAUAAA-------- ....((((((....))))))(((((((..(((((...((((.(((((...(((((...))))).)))))..))))..)))))))))))).........-------- ( -39.70) >consensus CUGAUGCUAUGAUCAUAGCAGACCUUGGCCGCCUCAGCAUUCCCAGCAUUCGGGCAAUGCUCGCGCUGGCAGGUGAAGGGCACUAGGUCAUCUAUAAA_______A ....((((((....))))))..((((.(((...(((((......((((((.....))))))...)))))..))).))))........................... (-20.10 = -19.13 + -0.97)
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