Locus 5779

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 15,064,560 – 15,064,680
Length 120
Max. P 0.519690
window9466

overview

Window 6

Location 15,064,560 – 15,064,680
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.22
Mean single sequence MFE -47.20
Consensus MFE -28.55
Energy contribution -29.22
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.89
Structure conservation index 0.60
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.519690
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 15064560 120 + 27905053
CCGUUCUCACCCAUGACCGAGGCCUUGGUCACGCUGACAUUGGCGCUGCCCACGUCCGCGUCGGAAAGGGUUAUAGAGCGGGCUAUGGCCCGGUCUGUGGGCAGGAUGGAGGCCAGGUCG
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>DroVir_CAF1 1438 120 + 1
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>DroGri_CAF1 2172 120 + 1
CCAUUCUCACCCAUCACGGAUGCCUUGGUCACGCUGACAUUAGCACUUCCCACAUCCGCAUCUGAUAGUGUUAUGGAGCGUGCUAUGGCCCUGUCCGUGGGUAGGAUAGAGGCCAGAUCC
..(((((.((((...(((((((((.(((.((((((..(((.((((((...((.((....)).))..))))))))).))))))))).)))...)))))))))))))))............. ( -39.90)
>DroWil_CAF1 1161 120 + 1
CCAUUCUCACCCAUUACCGAAGCUUUGGUGACACUAACAUUGGCACUGCCCACAUCCGCAUCAGACAGGGUUAUAGAUCGGGCGAUGGCUCGAUCUGUUGGCAAAAUUGAAGCCAAAUCA
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>DroMoj_CAF1 1281 120 + 1
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>DroPer_CAF1 1169 120 + 1
CCGUUCUCACCCAUAACCGACGCCUUGGUGACGCUGACAUUAGCGCUCCCGACAUCCGCAUCGGAGAGGGUUAUAGAACGGGCUAUGGCCCUAUCUGUGGGCAGAAUGGAGGCCAGAUCG
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>consensus
CCAUUCUCACCCAUAACCGACGCCUUGGUGACGCUGACAUUGGCGCUGCCCACAUCCGCAUCGGACAGGGUUAUAGACCGGGCUAUGGCCCUGUCCGUGGGCAGAAUGGAGGCCAAAUCC
.................(((...((((((..(((((....)))))((((((((.((((...)))).........(((..((((....))))..))))))))))).......))))))))) (-28.55 = -29.22 +   0.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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