Locus 577

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,156,986 – 2,157,122
Length 136
Max. P 0.577763
window921 window922

overview

Window 1

Location 2,156,986 – 2,157,100
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.12
Mean single sequence MFE -38.58
Consensus MFE -30.59
Energy contribution -30.73
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.79
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.522055
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2156986 114 + 27905053
AGAUUGUCAACUACGAGGUGGUGCACUAUCCCCAUCACGUGGAUCAUGUGGUGCCGCAUCACAUUGAGCACGUGGUGCCCCACCACAUCGAGCACGUGGUGCCCCACCACAUCG
.............(((.((((((.........(((((((((..((((((((((..(((((((.........)))))))..)))))))).)).)))))))))...)))))).))) ( -47.10)
>DroGri_CAF1 309774 111 + 1
AGAUUGUCAACUACGAGGUGGUGCAUUAUCCCC---AUGUGGAUCAUGUGGUGCCACAUCAUAUUGAACAUGUGGUUCCCCAUCACAUUGAGCACAUUGUGCCCCAUCACAUUG
................(((((.((((.......---(((((..((((((((((((((((..........)))))).....))))))).))).))))).)))).)))))...... ( -30.10)
>DroSec_CAF1 299609 114 + 1
AGAUCGUCAACUACGAGGUGGUGCACUAUCCCCAUCACGUGGAUCACGUGGUGCCGCAUCACAUUGAGCACGUGGUGCCCCAUCACAUCGAGCACGUGGUGCCCCACCACAUCG
.((((((.....))))(((((.(((((((......((((((...))))))(((((((.((.....))))..((((((...))))))...).))))))))))).)))))...)). ( -42.80)
>DroEre_CAF1 303532 114 + 1
AGAUCGUCAACUACGAGGUGGUGCACUAUCCCCACCACGUGGACCAUGUGGUGCCGCAUCACAUUGAGCACGUGGUGCCCCAUCACAUCGAGCAUGUGGUGCCCCACCACAUCG
.((((((.....))))(((((.((((......(((((((((..(.((((((((...)))))))).)..)))))))))......(((((.....))))))))).)))))...)). ( -46.00)
>DroYak_CAF1 304403 114 + 1
AGAUUGUCAACUACGAGGUGGUGCACUAUCCCCACCAUGUGGACCAUGUGGUGCCCCAUCACAUUGAGCAUGUGGUGCCACAUCACAUCGAGCAUGUGGUGCCCCAUCACAUUG
..........(((((.(((((.(......).))))).)))))...((((((((...((((((((.(..(((((((((...)))))))).)..)))))))))...)))))))).. ( -40.30)
>DroAna_CAF1 271495 114 + 1
AGAUUGUCAACUACGAAGUGGUGCACUAUCCCCACCAUGUAGACCACGUUGCGCCCCACCACAUUGAGCAUGUAGUGCCCCAUCACAUCGAACAUGUGGUUCCCCACCACAUUG
.............(((.((((((((((((.........((((......))))((..((......)).))..)))))))...))))).)))...(((((((.....))))))).. ( -25.20)
>consensus
AGAUUGUCAACUACGAGGUGGUGCACUAUCCCCACCACGUGGACCAUGUGGUGCCGCAUCACAUUGAGCACGUGGUGCCCCAUCACAUCGAGCACGUGGUGCCCCACCACAUCG
.............(((.((((((.........(((((((((....((((((((...((((((.........))))))...))))))))....)))))))))...)))))).))) (-30.59 = -30.73 +   0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 2,157,020 – 2,157,122
Length 102
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.86
Mean single sequence MFE -33.43
Consensus MFE -24.89
Energy contribution -26.28
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.66
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.577763
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2157020 102 + 27905053
UCACGUGGAUCAUGUGGUGCCGCAUCACAUUGAGCACGUGGUGCCCCACCACAUCGAGCACGUGGUGCCCCACCACAUCGAGCACAUAGUGCCGCAUCACAU
....((((.((((((((((..(((((((.........)))))))..)))))))).))((..((((((...))))))...(.((((...))))))).)))).. ( -41.10)
>DroSec_CAF1 299643 102 + 1
UCACGUGGAUCACGUGGUGCCGCAUCACAUUGAGCACGUGGUGCCCCAUCACAUCGAGCACGUGGUGCCCCACCACAUCGAGCACAUAGUGCCGCAUCACAU
.((((((...))))))((((..((......)).))))(((((((.........((((....((((((...)))))).))))((((...)))).))))))).. ( -37.60)
>DroEre_CAF1 303566 102 + 1
CCACGUGGACCAUGUGGUGCCGCAUCACAUUGAGCACGUGGUGCCCCAUCACAUCGAGCAUGUGGUGCCCCACCACAUCGAGCACAUUGUGCCACACCACAU
....((((.(.((((((((..(((((((((.(..(..((((((...))))))...)..))))))))))..)))))))).).((((...))))....)))).. ( -40.70)
>DroYak_CAF1 304437 102 + 1
CCAUGUGGACCAUGUGGUGCCCCAUCACAUUGAGCAUGUGGUGCCACAUCACAUCGAGCAUGUGGUGCCCCAUCACAUUGAGCACAUUGUGCCGCAUCACAU
((....))...(((((((((.....((((.((.((((((((((...((((((((.....))))))))...))))))))...)).)).))))..))))))))) ( -36.70)
>DroAna_CAF1 271529 102 + 1
CCAUGUAGACCACGUUGCGCCCCACCACAUUGAGCAUGUAGUGCCCCAUCACAUCGAACAUGUGGUUCCCCACCACAUUGAACACAUCGUGCCGCACCACAU
.............((.((((..(((.((((.....)))).)))..........((((...((((((.....)))))))))).......)))).))....... ( -18.90)
>DroPer_CAF1 272258 102 + 1
CCAUGUCGAACAUGUGGUUCCCCACCACAUUGAGCAUGUGGUACCACACCAUAUCGAACAUGUGGUUCCACAUCACAUUGAGCACAUUGUACCCCAUCACAU
..((((.((..(((((((.....)))))))...(.((((((.((((((............)))))).)))))))(((.((....)).)))......)))))) ( -25.60)
>consensus
CCACGUGGACCAUGUGGUGCCCCAUCACAUUGAGCACGUGGUGCCCCAUCACAUCGAGCAUGUGGUGCCCCACCACAUCGAGCACAUUGUGCCGCAUCACAU
....((((((.(((((((((..((......)).))))((((((...((((((((.....))))))))...))))))......))))).)).))))....... (-24.89 = -26.28 +   1.39)

alignment

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secondary structure

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