Locus 5756

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,984,803 – 14,984,963
Length 160
Max. P 0.726184
window9432 window9433 window9434

overview

Window 2

Location 14,984,803 – 14,984,923
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.89
Mean single sequence MFE -41.58
Consensus MFE -24.42
Energy contribution -25.32
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.616207
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14984803 120 + 27905053
UGAGAAUAACAACGAACCAGAGGCGGUUAUCAAUAGCCACUCAGUGCGAGAUAACUUUAACCGAGUGCUGUGCCCCAAACUACGCACCUACGUGUGCCCCAUCUGCGGGGCAUCUGGGGA
................(((((((.(((.....(((((.((((.((..(((....)))..)).)))))))))))))).......((((....))))(((((......))))).)))))... ( -37.40)
>DroVir_CAF1 3897 120 + 1
UGAAAACAAUAACGAACCCGAAGCUGUGGUCAACAGCCAUACAGUGCGCGACGCGUACGGACGUGUGUUGUGUCCCAAGCUUCGCACUUAUGUGUGCCCCAUAUGCGGAGCAUCCGGCGA
(((..(((....((....))....)))..)))...(((((((((..((((.((....))..))))..)))))).....((((((((..((((.......))))))))))))....))).. ( -37.70)
>DroGri_CAF1 3634 120 + 1
UGAAAACAAUAAUGAACCCGAGGCUGUGGUCAACAGCCAUUCCGUGCGCGACACUUUCGGACGUGUAUUGUGUCCCAAAUUGCGCACCUAUGUGUGCCCCAUAUGUGGAGCAUCGGGAGA
................(((((((((((.....)))))).((((((((((((...(((.(((((.......))))).))))))))))).((((((.....)))))).))))..)))))... ( -43.30)
>DroWil_CAF1 12004 120 + 1
UGAGAACAACAAUGAACCCGAGGCAGUGAUCUACAGUCAUACUGUGCGCGAUAGUUUUAAUCGUGUGCUAUGCCCCAAAUUGCGCACAUACGUGUGCCCCAUAUGUGGGGCAUCAGGUGA
...............(((.(((((........((((.....))))(((((((.......)))))))))).(((((((....((((((....))))))........))))))))).))).. ( -38.60)
>DroMoj_CAF1 3497 120 + 1
UGAAAACAACAAUGAACCGGAAGCUGUGGUCAACAGCCAUUCGGUGCGUGACUCCUACGGACGAGUGCUGUGCCCCAAGCUGCGCACCUAUGUAUGCCCCAUUUGUGGGGCAUCCGGCGA
................(((((.(((((.....)))))(((..(((((((.(((((....)..))))(((........))).))))))).)))..(((((((....))))))))))))... ( -46.40)
>DroAna_CAF1 10159 120 + 1
CGAGAACAACAGCGAACCGGAGGCAGUGGUUAACAGCCACACGGUUCGCGACAACUUCAAUCGUGUUCUUUGCCCCAAGCUACGCACUUAUGUGUGCCCCAUUUGUGGAGCAUCUGGGGA
.(((((((...(((((((((.(((.((.....)).))).).))))))))((.....)).....)))))))..(((((.(((.(((((....)))))..(((....))))))...))))). ( -46.10)
>consensus
UGAAAACAACAACGAACCCGAGGCUGUGGUCAACAGCCAUACAGUGCGCGACACCUUCAAACGUGUGCUGUGCCCCAAACUGCGCACCUAUGUGUGCCCCAUAUGUGGAGCAUCCGGCGA
................(((((.((.(((((.....))))).(((((((((...........)))))))))..(((((......((((......))))......)).))))).)))))... (-24.42 = -25.32 +   0.89)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 14,984,803 – 14,984,923
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.89
Mean single sequence MFE -42.23
Consensus MFE -24.20
Energy contribution -23.01
Covariance contribution -1.19
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.57
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.510887
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14984803 120 - 27905053
UCCCCAGAUGCCCCGCAGAUGGGGCACACGUAGGUGCGUAGUUUGGGGCACAGCACUCGGUUAAAGUUAUCUCGCACUGAGUGGCUAUUGAUAACCGCCUCUGGUUCGUUGUUAUUCUCA
.((((((((((((((....))))))..((((....)))).))))))))...((((((((((...((....))...))))))).)))..(((((((.(((...)))..)))))))...... ( -41.90)
>DroVir_CAF1 3897 120 - 1
UCGCCGGAUGCUCCGCAUAUGGGGCACACAUAAGUGCGAAGCUUGGGACACAACACACGUCCGUACGCGUCGCGCACUGUAUGGCUGUUGACCACAGCUUCGGGUUCGUUAUUGUUUUCA
...((((((((((((....)))))))..((((((((((..((.((((((.........)))).)).))....)))))).))))(((((.....))))))))))................. ( -38.70)
>DroGri_CAF1 3634 120 - 1
UCUCCCGAUGCUCCACAUAUGGGGCACACAUAGGUGCGCAAUUUGGGACACAAUACACGUCCGAAAGUGUCGCGCACGGAAUGGCUGUUGACCACAGCCUCGGGUUCAUUAUUGUUUUCA
...((((((((((((....))))))).......((((((..(((.((((.........)))).))).....)))))).....((((((.....)))))))))))................ ( -43.10)
>DroWil_CAF1 12004 120 - 1
UCACCUGAUGCCCCACAUAUGGGGCACACGUAUGUGCGCAAUUUGGGGCAUAGCACACGAUUAAAACUAUCGCGCACAGUAUGACUGUAGAUCACUGCCUCGGGUUCAUUGUUGUUCUCA
..(((((((((((((....)))))))..(((((((((((....((..((...)).)).(((.......)))))))))).))))...((((....)))).))))))............... ( -36.70)
>DroMoj_CAF1 3497 120 - 1
UCGCCGGAUGCCCCACAAAUGGGGCAUACAUAGGUGCGCAGCUUGGGGCACAGCACUCGUCCGUAGGAGUCACGCACCGAAUGGCUGUUGACCACAGCUUCCGGUUCAUUGUUGUUUUCA
..(((((((((((((....)))))))..(((.((((((..((((.((((.........))))....))))..))))))..)))(((((.....))))).))))))............... ( -46.50)
>DroAna_CAF1 10159 120 - 1
UCCCCAGAUGCUCCACAAAUGGGGCACACAUAAGUGCGUAGCUUGGGGCAAAGAACACGAUUGAAGUUGUCGCGAACCGUGUGGCUGUUAACCACUGCCUCCGGUUCGCUGUUGUUCUCG
.((((((.(((((((....)))))))(((....)))......))))))...((((((.(((.......)))((((((((.(.(((.((.....)).))).)))))))))...)))))).. ( -46.50)
>consensus
UCCCCAGAUGCCCCACAUAUGGGGCACACAUAGGUGCGCAGCUUGGGGCACAGCACACGUCCGAAGGUGUCGCGCACCGAAUGGCUGUUGACCACAGCCUCGGGUUCAUUGUUGUUCUCA
...((((((((((((....)))))))......((((((..((((((..............))))....))..))))))....(((.((.....)).))))))))................ (-24.20 = -23.01 +  -1.19)

alignment

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Window 4

Location 14,984,843 – 14,984,963
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.39
Mean single sequence MFE -43.03
Consensus MFE -28.77
Energy contribution -27.97
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.51
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.726184
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14984843 120 - 27905053
GAUCGGCUUCUUGGGGCAGUACUUAAUCGUGUGCGCCGAGUCCCCAGAUGCCCCGCAGAUGGGGCACACGUAGGUGCGUAGUUUGGGGCACAGCACUCGGUUAAAGUUAUCUCGCACUGA
..........(..(.((((.(((((((((.((((.....((((((((((((((((....))))))..((((....)))).)))))))).)).)))).))))).))))...)).)).)..) ( -43.90)
>DroVir_CAF1 3937 120 - 1
AAUGGGUUUCUUGGGACAGUAUUUAAUGGUGUGCGCCGAGUCGCCGGAUGCUCCGCAUAUGGGGCACACAUAAGUGCGAAGCUUGGGACACAACACACGUCCGUACGCGUCGCGCACUGU
...............(((((........((((((.(((.((.((.((.....)))))).))).))))))....((((((.((.((((((.........)))).)).)).))))))))))) ( -41.80)
>DroGri_CAF1 3674 120 - 1
UAUGGGUUUCUUGGGGCAAUACUUAAUGGUGUGUGCCGAGUCUCCCGAUGCUCCACAUAUGGGGCACACAUAGGUGCGCAAUUUGGGACACAAUACACGUCCGAAAGUGUCGCGCACGGA
..((((...(((((.(((.((((....))))))).)))))...)))).(((((((....))))))).......((((((..(((.((((.........)))).))).....))))))... ( -46.80)
>DroWil_CAF1 12044 120 - 1
AAUAGGUUUCUUUGGGCAGUAUUUAAUGGUAUGCGCAGAAUCACCUGAUGCCCCACAUAUGGGGCACACGUAUGUGCGCAAUUUGGGGCAUAGCACACGAUUAAAACUAUCGCGCACAGU
.........((.((.((.(((((((((.((.(((.(((......)))((((((((.((...(.(((((....))))).).)).)))))))).))).)).))))))..))).)).)).)). ( -39.40)
>DroMoj_CAF1 3537 120 - 1
AAUAGGUUUCUUAGGACAGUACUUGAUGGUGUGCGCCGAGUCGCCGGAUGCCCCACAAAUGGGGCAUACAUAGGUGCGCAGCUUGGGGCACAGCACUCGUCCGUAGGAGUCACGCACCGA
....((((((((((((((((.......(.(((((.((((((((((.(((((((((....)))))))).)...))))....)))))).))))).)))).)))).))))))......))).. ( -50.11)
>DroAna_CAF1 10199 120 - 1
GAUUGGCUUCUUGGGGCAAUAUUUAAUAGUGUGCGCCGAAUCCCCAGAUGCUCCACAAAUGGGGCACACAUAAGUGCGUAGCUUGGGGCAAAGAACACGAUUGAAGUUGUCGCGAACCGU
....((.(((..(.((((((.((((((.((((.........((((((.(((((((....)))))))(((....)))......))))))......)))).)))))))))))).)))))).. ( -36.16)
>consensus
AAUAGGUUUCUUGGGGCAGUACUUAAUGGUGUGCGCCGAGUCCCCAGAUGCCCCACAUAUGGGGCACACAUAGGUGCGCAGCUUGGGGCACAGCACACGUCCGAAGGUGUCGCGCACCGA
..((((...(((((.(((.((((....))))))).)))))...)))).(((((((....)))))))......((((((..((((((..............))))....))..)))))).. (-28.77 = -27.97 +  -0.80)

alignment

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