Locus 5754

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,983,499 – 14,983,632
Length 133
Max. P 0.996805
window9426 window9427 window9428 window9429

overview

Window 6

Location 14,983,499 – 14,983,598
Length 99
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.04
Mean single sequence MFE -36.42
Consensus MFE -22.61
Energy contribution -23.90
Covariance contribution 1.29
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -3.43
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 2.51
SVM RNA-class probability 0.994762
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14983499 99 + 27905053
------------CCACCGCCAAUUCGCUCCUUAUGCAGCGACAGUACCACUACCACUUGCUGCUCCAGCAGCAGC---AGCAACUGGCCAUGGCGCAGCACCAAUUGGCGCUGG
------------(((.((((((((((((.(....).)))))..(..(((...(((.((((((((.(....).)))---))))).)))...)))..).......))))))).))) ( -39.70)
>DroVir_CAF1 2946 114 + 1
UGAAUGCCUCUACUGCGGCCAGUACACUACUGAUGCAGCGCCAGUAUCAAUAUCACCUGCUGCUGCAGCAGCAGCAGCAACAACUUGCUUUUGCGCAACAUCAGUUGGCAUUGG
..((((((..(((((....)))))....(((((((..((((.((((...........(((((((((....)))))))))......))))...))))..))))))).)))))).. ( -43.33)
>DroGri_CAF1 2684 99 + 1
---------------CGGCCAAUGCAUUGCUGCUGCAGCGACAGUAUCAAUACCAUCUGCUGAUCCAACAUCACCAGCAGCAAAUUGCCUUGGCGCAGCAUCAGUUGGCUUUGG
---------------..(((((.((((((((((((((((((..(((....)))..)).))))............)))))))))..))).))))).((((....))))....... ( -32.80)
>DroEre_CAF1 3017 102 + 1
------------CCGCCGCCAAUACGCUCCUGCUUCAGCGACAGUACCACUACCACUUGCUGCUCCAGCAGCAGCAGCAACAACUGGCUCUGGCGCAGCACCAAUUGGCGCUGG
------------(((.(((((((.((((........)))).................((((((.((((.(((..(((......)))))))))).))))))...))))))).))) ( -38.70)
>DroYak_CAF1 2653 102 + 1
------------CCGCCGCCAAUACACUCCUGCUACAACGACAGUACCACUACCACUUGCUGCUCCAGCAGCAGCAACAACAACUGGCCCUGGCGCAGCACCAAUUGGCGCUGG
------------(((.(((((((.......((((....((.(((..(((.......((((((((.....)))))))).......)))..))).)).))))...))))))).))) ( -32.44)
>DroAna_CAF1 8682 102 + 1
------------CCGCAGCCAAUACGCUGCUCCUGCAACGCCAAUACCAUUACCACUUGCUGCUCCACCAGCAACAACAACAAUUGGCCUUGGCGCAACAUCAAUUGGCUUUGG
------------(((.(((((((....(((....))).((((((..(((.......((((((......))))))..........)))..))))))........))))))).))) ( -31.53)
>consensus
____________CCGCCGCCAAUACACUCCUGCUGCAGCGACAGUACCACUACCACUUGCUGCUCCAGCAGCAGCAGCAACAACUGGCCUUGGCGCAGCACCAAUUGGCGCUGG
............(((.(((((((.......((.(((.(((.(((..(((.......((((((((.....)))))))).......)))..))).))).))).))))))))).))) (-22.61 = -23.90 +   1.29)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 14,983,499 – 14,983,598
Length 99
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.04
Mean single sequence MFE -47.40
Consensus MFE -26.99
Energy contribution -27.99
Covariance contribution 1.01
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -3.90
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 2.75
SVM RNA-class probability 0.996805
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14983499 99 - 27905053
CCAGCGCCAAUUGGUGCUGCGCCAUGGCCAGUUGCU---GCUGCUGCUGGAGCAGCAAGUGGUAGUGGUACUGUCGCUGCAUAAGGAGCGAAUUGGCGGUGG------------
(((.(((((((.(((((..(......((((.(((((---(((.(....).)))))))).)))).)..))))).(((((.(....).)))))))))))).)))------------ ( -53.80)
>DroVir_CAF1 2946 114 - 1
CCAAUGCCAACUGAUGUUGCGCAAAAGCAAGUUGUUGCUGCUGCUGCUGCAGCAGCAGGUGAUAUUGAUACUGGCGCUGCAUCAGUAGUGUACUGGCCGCAGUAGAGGCAUUCA
..((((((.((((((((.((((.....(((((..((((((((((....))))))))).)..)).)))......)))).))))))))..(.(((((....))))).))))))).. ( -52.20)
>DroGri_CAF1 2684 99 - 1
CCAAAGCCAACUGAUGCUGCGCCAAGGCAAUUUGCUGCUGGUGAUGUUGGAUCAGCAGAUGGUAUUGAUACUGUCGCUGCAGCAGCAAUGCAUUGGCCG---------------
.....(((((.((.((((((((....))....((((((((((........)))))))(((((((....)))))))...)))))))))...)))))))..--------------- ( -37.30)
>DroEre_CAF1 3017 102 - 1
CCAGCGCCAAUUGGUGCUGCGCCAGAGCCAGUUGUUGCUGCUGCUGCUGGAGCAGCAAGUGGUAGUGGUACUGUCGCUGAAGCAGGAGCGUAUUGGCGGCGG------------
.(((((((....)))))))((((...((((((((((.((((((((((....))))).((((..((.....))..))))..))))).)))).)))))))))).------------ ( -54.40)
>DroYak_CAF1 2653 102 - 1
CCAGCGCCAAUUGGUGCUGCGCCAGGGCCAGUUGUUGUUGCUGCUGCUGGAGCAGCAAGUGGUAGUGGUACUGUCGUUGUAGCAGGAGUGUAUUGGCGGCGG------------
.(((((((....))))))).((((..((((.((((((((.(.......).)))))))).))))..)))).(((((((((..(((....)))..)))))))))------------ ( -45.40)
>DroAna_CAF1 8682 102 - 1
CCAAAGCCAAUUGAUGUUGCGCCAAGGCCAAUUGUUGUUGUUGCUGGUGGAGCAGCAAGUGGUAAUGGUAUUGGCGUUGCAGGAGCAGCGUAUUGGCUGCGG------------
((..(((((((..((((((((((((.((((.(((..(((((((((.....)))))))).)..))))))).))))))).((....))))))))))))))..))------------ ( -41.30)
>consensus
CCAACGCCAAUUGAUGCUGCGCCAAGGCCAGUUGUUGCUGCUGCUGCUGGAGCAGCAAGUGGUAGUGGUACUGUCGCUGCAGCAGGAGCGUAUUGGCGGCGG____________
....(((((((((.(((.(((.((..((((.((((((((((((((.....)))))))).))))))))))..)).))).))).))).......))))))................ (-26.99 = -27.99 +   1.01)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 14,983,521 – 14,983,632
Length 111
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.61
Mean single sequence MFE -42.08
Consensus MFE -25.75
Energy contribution -24.95
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.93
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.91
SVM RNA-class probability 0.982267
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14983521 111 + 27905053
GCAGCGACAGUACCACUACCACUUGCUGCUCCAGCAGCAGC---AGCAACUGGCCAUGGCGCAGCACCAAUUGGCGCUGGCUGCAUCAGCGGCAGCGGCUAGUGCGAGUCACCA
.....(((...............(((((((.....))))))---)(((.((((((......((((.((....)).))))(((((.......))))))))))))))..))).... ( -46.40)
>DroVir_CAF1 2980 108 + 1
GCAGCGCCAGUAUCAAUAUCACCUGCUGCUGCAGCAGCAGCAGCAACAACUUGCUUUUGCGCAACAUCAGUUGGCAUUGGCCGCCUCAGCGGCUGC------UGCGAAUCAUCA
((((((((((.............(((((((((....))))))))).....((((......))))......)))))...((((((....))))))))------)))......... ( -46.80)
>DroGri_CAF1 2703 108 + 1
GCAGCGACAGUAUCAAUACCAUCUGCUGAUCCAACAUCACCAGCAGCAAAUUGCCUUGGCGCAGCAUCAGUUGGCUUUGGCCGCUUCAGCGGCUGC------UGCGAAUCAUCA
.((((((..(((....)))..)).))))...........((((((((.....(((..(((.((((....)))))))..)))(((....))))))))------)).)........ ( -36.60)
>DroEre_CAF1 3039 114 + 1
UCAGCGACAGUACCACUACCACUUGCUGCUCCAGCAGCAGCAGCAACAACUGGCUCUGGCGCAGCACCAAUUGGCGCUGGCUGCAUCAGCGGCAGCGGCUAGUGCGAAUCACCA
((.(((.(((..(((.......((((((((.....)))))))).......)))..))).))).((((.....(.(((((.((((....))))))))).)..))))))....... ( -43.94)
>DroMoj_CAF1 2650 108 + 1
GCAGCGCCAGUACCAAUAUCACUUACUGCUGCAACAGCAGCAGCAGCAGUUGGCUUUGGCGAAACAUCAGUUGGCUUUGGCUGCGUCUGCGGCCGC------UGCGAAUCACCA
((((((((((..(((((....((..(((((((....))))))).))..)))))..)))))..................((((((....))))))))------)))......... ( -45.40)
>DroAna_CAF1 8704 114 + 1
GCAACGCCAAUACCAUUACCACUUGCUGCUCCACCAGCAACAACAACAAUUGGCCUUGGCGCAACAUCAAUUGGCUUUGGCUGCAUCGGCGGCCGCGGUAAAUGUUAAUAAUCA
....((((((..(((.......((((((......))))))..........)))..)))))).(((((......(((.(((((((....))))))).)))..)))))........ ( -33.33)
>consensus
GCAGCGACAGUACCAAUACCACUUGCUGCUCCAGCAGCAGCAGCAACAACUGGCCUUGGCGCAACAUCAAUUGGCUUUGGCUGCAUCAGCGGCAGC______UGCGAAUCACCA
...((..(((..(((.......((((((((.....)))))))).........((....))...........)))..)))(((((....)))))..........))......... (-25.75 = -24.95 +  -0.80)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 9

Location 14,983,521 – 14,983,632
Length 111
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.61
Mean single sequence MFE -48.02
Consensus MFE -23.59
Energy contribution -25.12
Covariance contribution 1.53
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -2.86
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 1.53
SVM RNA-class probability 0.961409
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14983521 111 - 27905053
UGGUGACUCGCACUAGCCGCUGCCGCUGAUGCAGCCAGCGCCAAUUGGUGCUGCGCCAUGGCCAGUUGCU---GCUGCUGCUGGAGCAGCAAGUGGUAGUGGUACUGUCGCUGC
.((((((........((((((((((((...((((((((((((....))))))).((....)).....)))---))((((((....))))))))))))))))))...)))))).. ( -57.90)
>DroVir_CAF1 2980 108 - 1
UGAUGAUUCGCA------GCAGCCGCUGAGGCGGCCAAUGCCAACUGAUGUUGCGCAAAAGCAAGUUGUUGCUGCUGCUGCUGCAGCAGCAGGUGAUAUUGAUACUGGCGCUGC
.........(((------((.(((((....)))))....((((..((((((..(((....))......((((((((((....)))))))))))..))))))....))))))))) ( -49.50)
>DroGri_CAF1 2703 108 - 1
UGAUGAUUCGCA------GCAGCCGCUGAAGCGGCCAAAGCCAACUGAUGCUGCGCCAAGGCAAUUUGCUGCUGGUGAUGUUGGAUCAGCAGAUGGUAUUGAUACUGUCGCUGC
....((((((((------((((((((....)))))((........)).))))))((((.(((.....)))..))))......)))))(((.(((((((....)))))))))).. ( -40.60)
>DroEre_CAF1 3039 114 - 1
UGGUGAUUCGCACUAGCCGCUGCCGCUGAUGCAGCCAGCGCCAAUUGGUGCUGCGCCAGAGCCAGUUGUUGCUGCUGCUGCUGGAGCAGCAAGUGGUAGUGGUACUGUCGCUGA
.((((((........((((((((((((...(((((.((((.((((((((.(((...))).)))))))).)))))))))(((((...)))))))))))))))))...)))))).. ( -55.90)
>DroMoj_CAF1 2650 108 - 1
UGGUGAUUCGCA------GCGGCCGCAGACGCAGCCAAAGCCAACUGAUGUUUCGCCAAAGCCAACUGCUGCUGCUGCUGUUGCAGCAGUAAGUGAUAUUGGUACUGGCGCUGC
.........(((------(((((.((....)).)))...((((((..(((((.(.....(((.....)))((((((((....))))))))..).)))))..))..))))))))) ( -45.60)
>DroAna_CAF1 8704 114 - 1
UGAUUAUUAACAUUUACCGCGGCCGCCGAUGCAGCCAAAGCCAAUUGAUGUUGCGCCAAGGCCAAUUGUUGUUGUUGCUGGUGGAGCAGCAAGUGGUAAUGGUAUUGGCGUUGC
..................(((((.((((((...((((..((((.(((.((((.(((((..((((((....))))..))))))).)))).))).))))..))))))))))))))) ( -38.60)
>consensus
UGAUGAUUCGCA______GCAGCCGCUGAUGCAGCCAAAGCCAACUGAUGCUGCGCCAAAGCCAGUUGCUGCUGCUGCUGCUGGAGCAGCAAGUGGUAUUGGUACUGGCGCUGC
..................(((((.......(((((..............)))))(((((.((((.((((((((.(.......).)))))))).)))).)))))......))))) (-23.59 = -25.12 +   1.53)

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