Locus 5706

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,932,044 – 14,932,149
Length 105
Max. P 0.849357
window9337

overview

Window 7

Location 14,932,044 – 14,932,149
Length 105
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.73
Mean single sequence MFE -23.34
Consensus MFE -20.74
Energy contribution -21.14
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.54
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.849357
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14932044 105 + 27905053
GUCAUU--UCUGGAAUUUCACAAUAU-------------CAUAAAUAUGCAUAUGUUCAUCUGAUCUGUGCUGAAGAUUGUAAUCAUUACGAUGAUCAGCCAAUGACCGAACGAACACAC
((((((--....((((......((((-------------.....))))......)))).........(.(((((..((((((.....))))))..))))))))))))............. ( -18.10)
>DroSec_CAF1 61963 105 + 1
GUCAUU--UGUGGAAUUUCACAAUAU-------------CAUGAAUAUGCAUAUGUUCAUCUGAUCUGUGCUGAAGAUUGUAAUCAUUACGAUGAUCAGCCAAUGACCGAACUAACACAC
((((((--(((((....)))))).((-------------(((((((((....)))))))..)))).((.(((((..((((((.....))))))..))))))))))))............. ( -24.30)
>DroSim_CAF1 60652 105 + 1
GUCAUU--UGUGGAAUUUCACAAUAU-------------CAUGAAUAUGCAUAUGUUCAUCUGAUCUGUGCUGAAGAUUGUAAUCAUUACGAUGAUCAGCCAAUGACCGAACGAACACAC
((((((--(((((....)))))).((-------------(((((((((....)))))))..)))).((.(((((..((((((.....))))))..))))))))))))............. ( -24.30)
>DroEre_CAF1 58509 114 + 1
GUCAUU--UGUGGAAUUUCACAAUAUCUCAAACCCCCCUCAUGAAUAUGCAUAUGUUCAUCUGAUCUGUGCUGAAGAUUGUAAUCACUACGAUGAUCAGCCAAUGACCGA----ACACAC
((((((--(((((....))))))..............(..((((((((....))))))))..)...((.(((((..((((((.....))))))..))))))))))))...----...... ( -24.20)
>DroYak_CAF1 65503 116 + 1
GUCAUUCUUGUGGAAUUUCACAAUAUCUCCAACCCCCCUCAUGAAUAUGCAUAUGUUCAUCGGAUCUGUGCUGAAGAUUGUAAUCAUUACGAUGAUCAGCCAAUGACCGA----ACACAC
((((((.((((((....)))))).............((..((((((((....)))))))).))....(.(((((..((((((.....))))))..))))))))))))...----...... ( -25.80)
>consensus
GUCAUU__UGUGGAAUUUCACAAUAU_____________CAUGAAUAUGCAUAUGUUCAUCUGAUCUGUGCUGAAGAUUGUAAUCAUUACGAUGAUCAGCCAAUGACCGAAC_AACACAC
((((((..(((((....)))))..................((((((((....)))))))).......(.(((((..((((((.....))))))..))))))))))))............. (-20.74 = -21.14 +   0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:02:24 2006