Locus 5699

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,928,291 – 14,928,489
Length 198
Max. P 0.998470
window9323 window9324

overview

Window 3

Location 14,928,291 – 14,928,411
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.82
Mean single sequence MFE -40.00
Consensus MFE -35.88
Energy contribution -36.16
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.17
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 3.11
SVM RNA-class probability 0.998470
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14928291 120 - 27905053
AAGGGGCAGUGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGUGACUUACUGUUCUUCUUGAUUGACAUGCUUAGCACUCCAGAUGCUAUCGGUAUCUGUAUCUAGCAUCCAACAAUCUGUGGCCCCA
..(((((((((((((((.(((((((((..(((((((...)))))))..)))))).))))).))..))))))...(((((((..((((....)))))))))))............))))). ( -42.30)
>DroSec_CAF1 58287 120 - 1
AAGGGGCAGCGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUUACUGUUCUUCUUGAUUGACAUGCUUAGCACUCCAGAUGCUAUCUGUAUCUGUAUCUGGCAUUCAACAAUCUGUGGCCACA
.((((((((((((((((..(.....)..)))))))).....)))))))).(((.((((.(((((.((.....(((((((.....)))))))...))))))))))))))............ ( -37.00)
>DroSim_CAF1 56980 120 - 1
AAGGGGCAGUGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUUACUGUUCUUCUUGAUUGACAUGCUUAGCACUCCAGAUGCUAUCUGUAUCUGUAUCUGGCAUCCAACAAUCUGUGGCCCCA
..(((((((((((((((..(.....)..))))))).))).............(((((..(((((.((.....(((((((.....)))))))...)))))))....)))))....))))). ( -42.00)
>DroEre_CAF1 54834 114 - 1
AAGGGGCAGAGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUUACUGUUCUUCUUGAUUGACAUGCUUAGCACUCCAGAU------GCUAUCUGUAUCUGGCAUCCAACUAUCUGUGGCCCCA
..(((((((((((((((..(.....)..)))))))(((.....)))..))).......((((..(((....((((((------((.....)))))))).......)))..))))))))). ( -39.00)
>DroYak_CAF1 61655 118 - 1
AAGGGGCAGAGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUUACUGUUCUUCUUGAUUGACAUGCUUAGCACUGUAUAUGG--GCGCUAUCUGUAUCUGGCAUCCAACAAUCUGUGGCCCCA
..(((((((((((((((..(.....)..)))))))(((.....)))..))).(((((((((((...))).)))...(((--..((((........))))..))).)))))....))))). ( -39.70)
>consensus
AAGGGGCAGAGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUUACUGUUCUUCUUGAUUGACAUGCUUAGCACUCCAGAUGCUAUCGGUAUCUGUAUCUGGCAUCCAACAAUCUGUGGCCCCA
..(((((...(((((((..(.....)..))))))).................(((((..(((((.((.....(((((((.....)))))))...)))))))....)))))....))))). (-35.88 = -36.16 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 14,928,371 – 14,928,489
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.23
Mean single sequence MFE -48.04
Consensus MFE -36.72
Energy contribution -38.80
Covariance contribution 2.08
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.86
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.99
SVM RNA-class probability 0.985033
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14928371 118 - 27905053
UCGGCCAUUAGGUGGCAAUUAAAGCUGGCCAAGAUCGA--GAUUGCGAUUGGGAUGCCGAUUGAGAUCGUGCUGGGCCCCAAGGGGCAGUGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGUGACUU
...(((((...))))).......(((((((..(((((.--(((..(((((((....)))))))..)))(..((..((((....))))))..)...))))).....)))))))........ ( -48.30)
>DroSec_CAF1 58367 120 - 1
UCGGCCAUUAGGUGGCAAUUAAAGCUGGCCAAGAUCGAGAGAUUGCGAUUGGGAUUCCGAUUGAGAUCGUGCUGGGCCCCAAGGGGCAGCGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUU
((((((((...))))).......(((((((..(((((...(((..(((((((....)))))))..)))(((((..((((....)))))))))...))))).....)))))))..)))... ( -52.20)
>DroSim_CAF1 57060 120 - 1
UCGGCCAUUAGGUGGCAAUUAAAGCUGGCCAAGAUCGAGAGAUUGCGAUUGGGAUUCCGAUUGAGAUCGUGCUGGGCCCCAAGGGGCAGUGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUU
((((((((...))))).......(((((((..(((((...(((..(((((((....)))))))..)))(..((..((((....))))))..)...))))).....)))))))..)))... ( -49.80)
>DroEre_CAF1 54908 120 - 1
UCAGCCAUUAGGUGGCAAUUAAAGCUGGCCAAGAUUUGGAUUCCGAGACAGGGAUUCCGAUUGAGAUCGUGCUGGGCCCCAAGGGGCAGAGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUU
...(((((...))))).......(((((((..((((.(((((((......))))))).))))..(((((.(((..((((....))))..)))...))))).....)))))))........ ( -49.00)
>DroYak_CAF1 61733 106 - 1
UCGGCCAUUAGGUGGCAAUUAAUGCUGGCCAAGAUU--------------GGCAUUCAGAUUGAGAUCGUGCUGGACCCCAAGGGGCAGAGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUU
((((((((...)))))......((((((((..(((.--------------.(((....(((....)))..(((.(.(((....))))..))))))..))).....)))))))).)))... ( -40.90)
>consensus
UCGGCCAUUAGGUGGCAAUUAAAGCUGGCCAAGAUCGAGAGAUUGCGAUUGGGAUUCCGAUUGAGAUCGUGCUGGGCCCCAAGGGGCAGAGCUGCUGAUCGUUAGGGCUAGCAGCGACUU
((((((((...))))).......(((((((...............(((((((....))))))).(((((.((...((((....))))...))...))))).....)))))))..)))... (-36.72 = -38.80 +   2.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:02:11 2006