Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,884,611 – 14,884,705 |
Length | 94 |
Max. P | 0.846896 |
Location | 14,884,611 – 14,884,705 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 94 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.33 |
Mean single sequence MFE | -33.50 |
Consensus MFE | -26.30 |
Energy contribution | -26.88 |
Covariance contribution | 0.59 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.99 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.77 |
SVM RNA-class probability | 0.846896 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14884611 94 - 27905053 AACGUGCAACGAAUCGCGGUCGGGGUAUUAAAUGCAACGGAUUCUGUUGAUUAAAUGCCCUGGCUGGCCAACUUAUUUCGCUGUGUGCGCCGGG ..((..((.((((...(((((((((((((.(((.((((((...))))))))).)))))))))))))..........))))...))..))..... ( -32.92) >DroSec_CAF1 12235 87 - 1 AACGUGCGGCGAAUCGCAGUCGGGGCAUUAAAUGCAACGGAUUCUGUUGAUUAAAUGCCCUGGCUGGCCAACUUAUUUCGCUGUGCG------- ..((..(((((((...(((((((((((((.(((.((((((...))))))))).)))))))))))))..........)))))))..))------- ( -42.32) >DroSim_CAF1 12123 87 - 1 UACGUGAGGCGAAUUGCAGUCGGGGCAUUAAAUGCAACGGAUUCUGUUGAUUAAAUGCCCUGGCUGGCCAACUUAUUUCGCUGUGUG------- (((((((((..(.((((((((((((((((.(((.((((((...))))))))).)))))))))))))..))).)..)))))).)))..------- ( -35.80) >DroEre_CAF1 12212 88 - 1 AACGUGCGGCGAAUCGCAGUCAGGGAAUUAAAUGCAACGGAUUCUGUUGAUUAAAUGCCCUG----GCCAACUUAUUUCGCUGUGUG--CCGUG ..((..(((((((.....(((((((.(((.(((.((((((...))))))))).))).)))))----))........)))))))..))--..... ( -31.72) >DroYak_CAF1 15109 88 - 1 AACGUGCGGCGAAUCGCAGUCAGGGAAUUAAAUGCAACGGAUUCUGUUGAUUAAAUGCCCUG----GCCAACUUAUUUCGCUGUGUG--CCGGG ..((..(((((((.....(((((((.(((.(((.((((((...))))))))).))).)))))----))........)))))))..))--..... ( -31.72) >DroAna_CAF1 12308 88 - 1 AACGUGCGGCGAAUCACAGCCGGAGUAUUAAAUGCAACGGAUUCUGGCGAUUAAAUGCCCUG----GCCAACUUAUUUCGCUGUGUG--CCUAG ..((..(((((((.....(((((.(((((.(((((..(((...))))).))).))))).)))----))........)))))))..))--..... ( -26.52) >consensus AACGUGCGGCGAAUCGCAGUCGGGGAAUUAAAUGCAACGGAUUCUGUUGAUUAAAUGCCCUG____GCCAACUUAUUUCGCUGUGUG__CCG_G ..((..(((((((....((((((((((((.(((.((((((...))))))))).)))))))))........)))...)))))))..))....... (-26.30 = -26.88 + 0.59)
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