Locus 5661

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,873,002 – 14,873,188
Length 186
Max. P 0.977140
window9252 window9253 window9254

overview

Window 2

Location 14,873,002 – 14,873,110
Length 108
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.27
Mean single sequence MFE -42.88
Consensus MFE -26.05
Energy contribution -24.58
Covariance contribution -1.47
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.775310
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14873002 108 + 27905053
ACAGCGGGAUCAUUGUCGAUCAGCAGCACCGACGAUGAGGUCGAGGACGUAUCGUUGAGCAAGUGGCUCUGCUGUUGUUGCUGGGCCGCAGCAGCGGCUGCAGUUACG
...((..((((......)))).)).((..((((((((..(((...))).)))))))).))..(((((((.(((((((((((......))))))))))).).)))))). ( -44.20)
>DroPse_CAF1 680 99 + 1
ACUGCCGGAUCGUUGUCGAUCAGCAGCACCGACGAUGAGGUCGAGGAGGUGUCAUUGAGC---------UGCUGCUGCUGUUGGGCAGCGGCGGCUGUAGCGGCCACA
...(((.(((((....))))).((.((.....((((((..((.....))..))))))(((---------((((((((((....))))))))))))))).))))).... ( -46.20)
>DroSec_CAF1 665 108 + 1
ACAGCGGGAUCAUUGUCGAUCAGCAGCACCGACGAGGAUGUCGAGGACGUAUCGUUGAGCAAGUGGCUCUGCUGUUGUUGCUGGGCCGCUGCAGCGGUUGCAGUUACU
..(((..((((......)))).(((((..((((((..(((((...))))).)))))).(((.(((((((.((.......)).))))))))))....))))).)))... ( -42.10)
>DroYak_CAF1 667 108 + 1
GCAGCGGGAUCAUUGUCGAUCAGUAGCACCGACGAGGAUGUCGAGGACGUGUCGUUGAGCAAGUGGCUCUGCUGUUGUUGUUGGACUGCAGCAGCGGCUGCAGUUACG
(((((((..(((((.....((((..((((((((......)))).....))))..))))...)))))..)))))))........(((((((((....)))))))))... ( -43.00)
>DroAna_CAF1 707 108 + 1
ACGCAGGGAUCGUUGUCUAUUAGCAGCACAGACGAAGACGUUGAAGAGGUGUCGUUAAGAAGCUGGUUUUGGUGUUGCUGCUGAGCAGCAGCAGCUGCCGCAGUUACU
..((.(((((((...(((..((((.((((.((((....))))......)))).)))))))...)))))))((((((((((((....))))))))).)))))....... ( -35.60)
>DroPer_CAF1 680 99 + 1
ACUGCCGGAUCGUUGUCGAUCAGCAGCACCGACGAUGAGGUCGAGGAGGUGUCAUUGAGC---------UGCUGCUGCUGUUGGGCAGCGGCGGCUGUAGCGGCCACA
...(((.(((((....))))).((.((.....((((((..((.....))..))))))(((---------((((((((((....))))))))))))))).))))).... ( -46.20)
>consensus
ACAGCGGGAUCAUUGUCGAUCAGCAGCACCGACGAUGAGGUCGAGGACGUGUCGUUGAGCAAGUGGCUCUGCUGUUGCUGCUGGGCAGCAGCAGCGGCUGCAGUUACA
...........(((((...(((((((((.((((......))))..............((((........))))..)))))))))(((((....))))).))))).... (-26.05 = -24.58 +  -1.47)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 14,873,036 – 14,873,150
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.48
Mean single sequence MFE -47.40
Consensus MFE -33.25
Energy contribution -32.00
Covariance contribution -1.25
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.67
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.79
SVM RNA-class probability 0.977140
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14873036 114 + 27905053
AUGAGGUCGAGGACGUAUCGUUGAGCAAGUGGCUCUGCUGUUGUUGCUGGGCCGCAGCAGCGGCUGCAGUUACGGCGGCAUUCGAUGUCGAGGUGGCGUAGUAGCAGCAGCGAC
.....(((...((((...))))((((.....)))).(((((((((((((.(((((....((.((((......)))).)).((((....))))))))).)))))))))))))))) ( -52.00)
>DroPse_CAF1 714 105 + 1
AUGAGGUCGAGGAGGUGUCAUUGAGC---------UGCUGCUGCUGUUGGGCAGCGGCGGCUGUAGCGGCCACAGCAGCAUUCGAUGUGGAAGUCGCAUAGUAGCAGCAUCGAC
.....(((((...(.((..(((((((---------((((((((((....)))))))))))))(..((..(((((...........)))))..))..).))))..)).).))))) ( -44.90)
>DroSec_CAF1 699 114 + 1
AGGAUGUCGAGGACGUAUCGUUGAGCAAGUGGCUCUGCUGUUGUUGCUGGGCCGCUGCAGCGGUUGCAGUUACUGCGGCAUUCGAUGUCGAGGUGGCGUAGUAGCAGCAGCGAC
...(((((...)))))..(((((....((((((((.((.......)).)))))))).)))))(((((.(((((((((.((((((....))).))).))))))))).)))))... ( -52.40)
>DroYak_CAF1 701 114 + 1
AGGAUGUCGAGGACGUGUCGUUGAGCAAGUGGCUCUGCUGUUGUUGUUGGACUGCAGCAGCGGCUGCAGUUACGGCGGCGUUCGAUGUCGAGGUGGCAUAGUAGCAGCAGCGAC
...(((((...)))))(((...((((.....)))).((((((((((((((((((((((....)))))))))...((.((.((((....)))))).)).)))))))))))))))) ( -48.00)
>DroAna_CAF1 741 114 + 1
AAGACGUUGAAGAGGUGUCGUUAAGAAGCUGGUUUUGGUGUUGCUGCUGAGCAGCAGCAGCUGCCGCAGUUACUGCUGCAUUGGAUGUUGAGGUAGCGUAGUAACAGCAUCGGC
.............(((((.((((....((((.(((.((((((((((((....))))))))).)))(((((....)))))..........))).))))....)))).)))))... ( -42.20)
>DroPer_CAF1 714 105 + 1
AUGAGGUCGAGGAGGUGUCAUUGAGC---------UGCUGCUGCUGUUGGGCAGCGGCGGCUGUAGCGGCCACAGCAGCAUUCGAUGUGGAAGUCGCAUAGUAGCAGCAUCGAC
.....(((((...(.((..(((((((---------((((((((((....)))))))))))))(..((..(((((...........)))))..))..).))))..)).).))))) ( -44.90)
>consensus
AUGAGGUCGAGGACGUGUCGUUGAGCAAGUGGCUCUGCUGUUGCUGCUGGGCAGCAGCAGCGGCUGCAGUUACAGCGGCAUUCGAUGUCGAGGUGGCAUAGUAGCAGCAGCGAC
......((((.((....)).))))...........((((((((((((((.(((((....)))))....(((((..(.((((...)))).)..))))).)))))))))))))).. (-33.25 = -32.00 +  -1.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 14,873,070 – 14,873,188
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.05
Mean single sequence MFE -43.45
Consensus MFE -32.25
Energy contribution -30.83
Covariance contribution -1.41
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.92
SVM RNA-class probability 0.882429
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14873070 118 + 27905053
CUGCUGUUGUUGCUGGGCCGCAGCAGCGGCUGCAGUUACGGCGGCAUUCGAUGUCGAGGUGGCGUAGUAGCAGCAGCGACACAAACUCGCCAGUUUAUCGCUAGAAGAUAAAAUCAUA
.((((((((((((((.(((((....((.((((......)))).)).((((....))))))))).))))))))))))))...............((((((.......))))))...... ( -48.20)
>DroPse_CAF1 740 117 + 1
-UGCUGCUGCUGUUGGGCAGCGGCGGCUGUAGCGGCCACAGCAGCAUUCGAUGUGGAAGUCGCAUAGUAGCAGCAUCGACACAGGCUCGCCAGUUUAUCGCUGAAAUUGAAACCUCUG
-.(((((((((....)))))))))(((((...))))).((((.....(((((((.(....)((......)).)))))))....((....))........))))............... ( -40.20)
>DroSec_CAF1 733 118 + 1
CUGCUGUUGUUGCUGGGCCGCUGCAGCGGUUGCAGUUACUGCGGCAUUCGAUGUCGAGGUGGCGUAGUAGCAGCAGCGACACAAACUCGCCAGUUUAUCGCUAAAAGAUAAAAAUAUA
.((((((((((((((.((((((((.(((((.......))))).))..(((....))))))))).))))))))))))))...............((((((.......))))))...... ( -47.80)
>DroEre_CAF1 735 118 + 1
CGGCUGUUGUUGUUGGACCGCAGCAGCGGCUGCAGUUACGGCGGCGUUCGAUGUCGAGGUGGCAUAGUAGCAGCAGCGACACAAGCUCGCUAGUUUAUCGCUAAAAGACAAAAAUAUA
.((((((((((((......))))))))))))((.(((((.((.((.((((....)))))).))...))))).))(((((...(((((....))))).)))))................ ( -41.50)
>DroAna_CAF1 775 117 + 1
UUGGUGUUGCUGCUGAGCAGCAGCAGCUGCCGCAGUUACUGCUGCAUUGGAUGUUGAGGUAGCGUAGUAACAGCAUCGGCACAGACUCGCCAGUUUAUCGCUGAAAUAAG-AAAUAUG
..((((((((((((....))))))))).)))((.(((((((((((.(..(...)..).)))))..)))))).)).(((((..(((((....)))))...)))))......-....... ( -40.90)
>DroPer_CAF1 740 117 + 1
-UGCUGCUGCUGUUGGGCAGCGGCGGCUGUAGCGGCCACAGCAGCAUUCGAUGUGGAAGUCGCAUAGUAGCAGCAUCGACACAGGCUCGCCAGUUUAUCGCUGAAAUCGAAACCGUUG
-(((((((((((.....))))(((.((....)).)))..)))))))((((((((.((.((.((......)).)).)).))..........((((.....))))..))))))....... ( -42.10)
>consensus
CUGCUGUUGCUGCUGGGCAGCAGCAGCGGCUGCAGUUACAGCGGCAUUCGAUGUCGAGGUGGCAUAGUAGCAGCAGCGACACAAACUCGCCAGUUUAUCGCUAAAAGAGAAAAAUAUA
..(((((((((((((.(((((....)))))....(((((..(.((((...)))).)..))))).))))))))))))).....(((((....)))))...................... (-32.25 = -30.83 +  -1.41)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:01:04 2006