Locus 5644

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,831,475 – 14,831,823
Length 348
Max. P 0.980837
window9203 window9204 window9205 window9206 window9207 window9208 window9209

overview

Window 3

Location 14,831,475 – 14,831,583
Length 108
Sequences 3
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.22
Mean single sequence MFE -35.77
Consensus MFE -31.49
Energy contribution -31.27
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.592403
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14831475 108 + 27905053
CUG------------GCAUAGUAUUAGUGGAAGUGGUACCCACUCCGCCCCCUUAGAACUCGUUUUGUGCAAAUUAUGCUACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCUAGAU
(((------------((((((.(((.(((((.((((...)))))))))........(((.(((((((((((.....))).)))))))).))))))))))).(((((...))))))))).. ( -32.90)
>DroSec_CAF1 9647 120 + 1
CUGCUGGUGCACGAAGCAUAGUAUUAGUGGAAGUGGUACCCACUCCGCCCUCUUAGAACUCGUUUUGUGCAAAUUAUGCUACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCCAGAU
((((.((((((.....(((((.(((.(((((.((((...)))))))))........(((.(((((((((((.....))).)))))))).)))))))))))......)))))).).))).. ( -37.20)
>DroSim_CAF1 9810 120 + 1
CUGCUGGUGCACGAAGCAUAGUAUUAGUGGAAGUGGUACCCACUCCGCCCUCUUAGAACUCGUUUUGUGCAAAUUAUGCUACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCCAGAU
((((.((((((.....(((((.(((.(((((.((((...)))))))))........(((.(((((((((((.....))).)))))))).)))))))))))......)))))).).))).. ( -37.20)
>consensus
CUGCUGGUGCACGAAGCAUAGUAUUAGUGGAAGUGGUACCCACUCCGCCCUCUUAGAACUCGUUUUGUGCAAAUUAUGCUACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCCAGAU
(((.............(((((.(((.(((((.((((...)))))))))........(((.(((((((((((.....))).)))))))).))))))))))).(((((...))))).))).. (-31.49 = -31.27 +  -0.22)

alignment

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secondary structure

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Window 4

Location 14,831,503 – 14,831,623
Length 120
Sequences 3
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.78
Mean single sequence MFE -29.37
Consensus MFE -28.73
Energy contribution -29.07
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 1.00
SVM RNA-class probability 0.897789
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14831503 120 + 27905053
CACUCCGCCCCCUUAGAACUCGUUUUGUGCAAAUUAUGCUACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCUAGAUACAGCAUACAUAUAUGUAUGCACCAUAUAUAGCCAUUCGU
................(((.(((((((((((.....))).)))))))).))).(.(((((......((((((.....))))))(((((((....)))))))......))))).)...... ( -30.60)
>DroSec_CAF1 9687 120 + 1
CACUCCGCCCUCUUAGAACUCGUUUUGUGCAAAUUAUGCUACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCCAGAUACAGCAUACAUAUAUGUAUGCACCAUAUAUAGCUAUUCGU
................(((.(((((((((((.....))).)))))))).)))((.(((((......((((((.....))))))(((((((....)))))))......)))))))...... ( -31.20)
>DroSim_CAF1 9850 120 + 1
CACUCCGCCCUCUUAGAACUCGUUUUGUGCAAAUUAUGCUACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCCAGAUACAGCAUACAUAUAUGUAAGCACCAUAUAUAGCCAUUCGU
................(((.(((((((((((.....))).)))))))).))).(.(((((......((((((.....))))))((.((((....)))).))......))))).)...... ( -26.30)
>consensus
CACUCCGCCCUCUUAGAACUCGUUUUGUGCAAAUUAUGCUACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCCAGAUACAGCAUACAUAUAUGUAUGCACCAUAUAUAGCCAUUCGU
......((........(((.(((((((((((.....))).)))))))).)))....((((......((((((.....))))))(((((((....)))))))..))))....))....... (-28.73 = -29.07 +   0.33)

alignment

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Window 5

Location 14,831,543 – 14,831,663
Length 120
Sequences 3
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.33
Mean single sequence MFE -38.73
Consensus MFE -38.00
Energy contribution -38.33
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 1.21
SVM RNA-class probability 0.931556
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14831543 120 + 27905053
ACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCUAGAUACAGCAUACAUAUAUGUAUGCACCAUAUAUAGCCAUUCGUGGAUGCCGACGUGCCGGCGGAGCUUUUAUGCUGCACGUAC
.(((..((((((.((((((((.....((((((.....))))))(((((((....)))))))...............))))))))...)))))))))(((((((......))).).))).. ( -39.40)
>DroSec_CAF1 9727 120 + 1
ACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCCAGAUACAGCAUACAUAUAUGUAUGCACCAUAUAUAGCUAUUCGUGGAUGCCGACGUGCCGGCGGAGCUUUUAUGCUGCACGUAC
.(((..((((.(((.(((((......((((((.....))))))(((((((....)))))))......))))))))..))))....)))((((((.((((.........)))))))))).. ( -41.70)
>DroSim_CAF1 9890 120 + 1
ACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCCAGAUACAGCAUACAUAUAUGUAAGCACCAUAUAUAGCCAUUCGUGGAUGCCGACGUGCCGGCGGAGCUUUUAUGCUGCACGUAC
.(((..((((((.((((((((.....((((((.....))))))((.((((....)))).))...............))))))))...)))))))))(((((((......))).).))).. ( -35.10)
>consensus
ACGGAACGCGUUAGUCUAUGACAGAUUGUAUCUGCCAGAUACAGCAUACAUAUAUGUAUGCACCAUAUAUAGCCAUUCGUGGAUGCCGACGUGCCGGCGGAGCUUUUAUGCUGCACGUAC
.(((..((((((.((((((((.....((((((.....))))))(((((((....)))))))...............))))))))...)))))))))(((((((......))).).))).. (-38.00 = -38.33 +   0.33)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 14,831,543 – 14,831,663
Length 120
Sequences 3
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 98.33
Mean single sequence MFE -35.30
Consensus MFE -34.24
Energy contribution -33.80
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 0.21
SVM RNA-class probability 0.634442
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14831543 120 - 27905053
GUACGUGCAGCAUAAAAGCUCCGCCGGCACGUCGGCAUCCACGAAUGGCUAUAUAUGGUGCAUACAUAUAUGUAUGCUGUAUCUAGCAGAUACAAUCUGUCAUAGACUAACGCGUUCCGU
..((((((((((((........(((((....))))).............((((((((.......)))))))))))))))).((((((((((...))))))..)))).....))))..... ( -34.20)
>DroSec_CAF1 9727 120 - 1
GUACGUGCAGCAUAAAAGCUCCGCCGGCACGUCGGCAUCCACGAAUAGCUAUAUAUGGUGCAUACAUAUAUGUAUGCUGUAUCUGGCAGAUACAAUCUGUCAUAGACUAACGCGUUCCGU
..((((((((((((........(((((....))))).............((((((((.......))))))))))))))))...((((((((...)))))))).........))))..... ( -35.70)
>DroSim_CAF1 9890 120 - 1
GUACGUGCAGCAUAAAAGCUCCGCCGGCACGUCGGCAUCCACGAAUGGCUAUAUAUGGUGCUUACAUAUAUGUAUGCUGUAUCUGGCAGAUACAAUCUGUCAUAGACUAACGCGUUCCGU
..(((((((((((..((((.(((((((....)))))..(((....)))........)).))))(((....))))))))))...((((((((...)))))))).........))))..... ( -36.00)
>consensus
GUACGUGCAGCAUAAAAGCUCCGCCGGCACGUCGGCAUCCACGAAUGGCUAUAUAUGGUGCAUACAUAUAUGUAUGCUGUAUCUGGCAGAUACAAUCUGUCAUAGACUAACGCGUUCCGU
..((((((((((((..((((..(((((....))))).((...))..))))(((((((.......))))))).)))))))).((((((((((...))))))..)))).....))))..... (-34.24 = -33.80 +  -0.44)

alignment

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Window 7

Location 14,831,583 – 14,831,703
Length 120
Sequences 3
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.89
Mean single sequence MFE -43.27
Consensus MFE -43.10
Energy contribution -43.43
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 1.87
SVM RNA-class probability 0.980837
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14831583 120 + 27905053
ACAGCAUACAUAUAUGUAUGCACCAUAUAUAGCCAUUCGUGGAUGCCGACGUGCCGGCGGAGCUUUUAUGCUGCACGUACCGGCGUCUCUCUGGGCGUCAAUUUAUGGCCAGGGUAAAAA
...(((((((....)))))))..........(((......((((((((((((((.((((.........))))))))))..))))))))..((((.(((......))).)))))))..... ( -44.80)
>DroSec_CAF1 9767 120 + 1
ACAGCAUACAUAUAUGUAUGCACCAUAUAUAGCUAUUCGUGGAUGCCGACGUGCCGGCGGAGCUUUUAUGCUGCACGUACCGGCGUCUCUCUGGGCGUCAAUUUAUGGCCAGGGUAAAAA
...(((((((....)))))))(((................((((((((((((((.((((.........))))))))))..))))))))..((((.(((......))).)))))))..... ( -44.50)
>DroSim_CAF1 9930 120 + 1
ACAGCAUACAUAUAUGUAAGCACCAUAUAUAGCCAUUCGUGGAUGCCGACGUGCCGGCGGAGCUUUUAUGCUGCACGUACCGGCGUCUCUCUGGGCGUCAAUUUAUGGCCAGGGUAAAAA
...((.((((....)))).))..........(((......((((((((((((((.((((.........))))))))))..))))))))..((((.(((......))).)))))))..... ( -40.50)
>consensus
ACAGCAUACAUAUAUGUAUGCACCAUAUAUAGCCAUUCGUGGAUGCCGACGUGCCGGCGGAGCUUUUAUGCUGCACGUACCGGCGUCUCUCUGGGCGUCAAUUUAUGGCCAGGGUAAAAA
...(((((((....)))))))(((................((((((((((((((.((((.........))))))))))..))))))))..((((.(((......))).)))))))..... (-43.10 = -43.43 +   0.33)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 14,831,623 – 14,831,743
Length 120
Sequences 3
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 98.89
Mean single sequence MFE -40.67
Consensus MFE -40.75
Energy contribution -40.53
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.30
Structure conservation index 1.00
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14831623 120 - 27905053
CUGCUCCUAAGUGCGGCGGUGCUGGUUCUUUUUAGCACAAUUUUUACCCUGGCCAUAAAUUGACGCCCAGAGAGACGCCGGUACGUGCAGCAUAAAAGCUCCGCCGGCACGUCGGCAUCC
.((((.....(((((((((((((((((((((((.((.((((((...(....)....))))))..))..))))))).))))))))....(((......))).)))).))))...))))... ( -39.80)
>DroSec_CAF1 9807 120 - 1
CUGCUCCUAAGUGCAGCGGUGCUGGCUCUUUUUAGCACAAUUUUUACCCUGGCCAUAAAUUGACGCCCAGAGAGACGCCGGUACGUGCAGCAUAAAAGCUCCGCCGGCACGUCGGCAUCC
..(((.....((((.((((((((((((((((((.((.((((((...(....)....))))))..))..))))))).)))))))).))).))))...)))...(((((....))))).... ( -41.10)
>DroSim_CAF1 9970 120 - 1
CUGCUCCUAAGUGCAGCGGUGCUGGCUCUUUUUAGCACAAUUUUUACCCUGGCCAUAAAUUGACGCCCAGAGAGACGCCGGUACGUGCAGCAUAAAAGCUCCGCCGGCACGUCGGCAUCC
..(((.....((((.((((((((((((((((((.((.((((((...(....)....))))))..))..))))))).)))))))).))).))))...)))...(((((....))))).... ( -41.10)
>consensus
CUGCUCCUAAGUGCAGCGGUGCUGGCUCUUUUUAGCACAAUUUUUACCCUGGCCAUAAAUUGACGCCCAGAGAGACGCCGGUACGUGCAGCAUAAAAGCUCCGCCGGCACGUCGGCAUCC
..(((.....((((.((((((((((((((((((.((.((((((...(....)....))))))..))..))))))).)))))))).))).))))...)))...(((((....))))).... (-40.75 = -40.53 +  -0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 14,831,703 – 14,831,823
Length 120
Sequences 3
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.44
Mean single sequence MFE -40.33
Consensus MFE -36.79
Energy contribution -36.80
Covariance contribution 0.01
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.763143
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14831703 120 - 27905053
UAAAGCCGCAAGUAAAUGAGAUUUACACAAGAUGUUGGCCAACUAGAGAGAACGGUACAGAGUACCCAGCGGGCCAGCUGCUGCUCCUAAGUGCGGCGGUGCUGGUUCUUUUUAGCACAA
....((((((.((((((...)))))).......(((((((..((.(......)(((((...))))).))..))))))).............)))))).(((((((......))))))).. ( -40.30)
>DroSec_CAF1 9887 120 - 1
UAAAGCCGCAAGUAAAUGAGAUUUGCACAAGAUGUUGGCCAACUAGAGAGAACGGAAUGGAGUACCCAGCAGGCCAGCUGCUGCUCCUAAGUGCAGCGGUGCUGGCUCUUUUUAGCACAA
....(((((((((.......))))))((.....)).)))...(((((((((......(((.....)))....((((((((((((........))))))..)))))))))))))))..... ( -39.50)
>DroSim_CAF1 10050 120 - 1
UGAAGCCGCAAGUAAAUGAGAUUUGCACAAGAUGUUGGCCAACUAGAGAGAACGGUGUGGAGUACCCAGCAAGCCAGCUGCUGCUCCUAAGUGCAGCGGUGCUGGCUCUUUUUAGCACAA
....(((((((((.......))))))((.....)).)))...(((((((((..(.((.((....)))).)..((((((((((((........))))))..)))))))))))))))..... ( -41.20)
>consensus
UAAAGCCGCAAGUAAAUGAGAUUUGCACAAGAUGUUGGCCAACUAGAGAGAACGGUAUGGAGUACCCAGCAGGCCAGCUGCUGCUCCUAAGUGCAGCGGUGCUGGCUCUUUUUAGCACAA
....(((((((((.......))))))((.....)).)))...(((((((((..((((.....))))......((((((((((((........))))))..)))))))))))))))..... (-36.79 = -36.80 +   0.01)

alignment

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