| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,798,687 – 14,798,802 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.647712 |
| Location | 14,798,687 – 14,798,802 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.48 |
| Mean single sequence MFE | -46.07 |
| Consensus MFE | -30.67 |
| Energy contribution | -33.20 |
| Covariance contribution | 2.53 |
| Combinations/Pair | 1.21 |
| Mean z-score | -1.51 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| SVM decision value | 0.24 |
| SVM RNA-class probability | 0.647712 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14798687 115 + 27905053 AUCUUGCAUC---CA--ACAGGGCUUCCGCAUUGUGUGGACCGAGAUACAGGACUCCGGUCCGGGUCCGCCGUCCGUGGGUCUGCACUGCGAAUCGACGUACCAUUUCCAGUGCGGAGCC ..........---..--....((((.((((((((.((((((((.....).((((....)))).))))))).((.(((.(((.(((...))).))).))).))......)))))))))))) ( -43.60) >DroVir_CAF1 1456 114 + 1 ACUUU-AUUU---AU--UCAGGGCUUCCGCAUUGUAUGGACGGAGAUACAGGACUCCGGCCCGGGACCACCAUCCAUUGGGCUGCUCUGCGAGUCCACCUACCACUUCCAGUGUGCGGCG .....-....---..--.........((((((....((((.(..(.....((((((((((((.(((......)))...))))))......)))))).....)..).))))..)))))).. ( -35.70) >DroPse_CAF1 1355 108 + 1 UCUCU------------CUAGGGCUUCCGCAUUGUGUGGACUGAGAUACAGGACUCGGGCCCGGGCCCGCCAUCCGUGGGCCUGCACUGCGAGUCCACCUACCACUUCCAGUGCGGCGCU .....------------....(((..((((((((.((((..((.....))(((((((((..(((((((((.....)))))))))..)).))))))).....))))...)))))))).))) ( -50.60) >DroMoj_CAF1 1421 114 + 1 AUUAU-AUUU---GU--GCAGGGCUUCCGCAUAGUAUGGACUGAGAUACAGGACUCUGGCCCGGGACCACCGUCGAUUGGGCUGCUCUGCGAGUCCACGUACCACUUCCAGUGCGCUGCG .....-....---..--((((((((..((((.(((..(..(((.....)))..)...((((((((((....)))..)))))))))).))))))))).(((((........))))).))). ( -36.50) >DroAna_CAF1 1471 117 + 1 AUUUUGCCAC---CAUUGUAGGGCUUCCGCAUUGUGUGGACCGAGAUUCAAGACUCCGGUCCGGGCCCGCCGUCCGUGGGCCUGCACUGCGAGUCCACGUACCACUUCCAGUGCGGAGCC ..........---........((((.((((((((.((((((.(.....)..(((((((((.(((((((((.....))))))))).)))).)))))...)).))))...)))))))))))) ( -54.30) >DroPer_CAF1 1358 118 + 1 UCUCUGUGUCUCGCU--GUAGGGCUUCCGCAUUGUGUGGACUGAGAUACAGGACUCGGGCCCGGGCCCGCCAUCCGUGGGCCUGCACUGCGAGUCCACCUACCACUUCCAGUGCGGCGCU ..(((((((((((((--....))).(((((.....)))))..))))))))))....(.(((.((((((((.....))))))))((((((.((((.........)))).))))))))).). ( -55.70) >consensus ACUUU_AUUC___CU__GCAGGGCUUCCGCAUUGUGUGGACUGAGAUACAGGACUCCGGCCCGGGCCCGCCAUCCGUGGGCCUGCACUGCGAGUCCACCUACCACUUCCAGUGCGGAGCC .....................(((..((((((((.((((...(.....).(((((((((..(((((((((.....)))))))))..))).)))))).....))))...)))))))).))) (-30.67 = -33.20 + 2.53)
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