Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,795,878 – 14,795,998 |
Length | 120 |
Max. P | 0.999281 |
Location | 14,795,878 – 14,795,998 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.00 |
Mean single sequence MFE | -31.28 |
Consensus MFE | -31.68 |
Energy contribution | -31.10 |
Covariance contribution | -0.58 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.60 |
Structure conservation index | 1.01 |
SVM decision value | 3.48 |
SVM RNA-class probability | 0.999281 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14795878 120 + 27905053 UGCGCUCAUAUCGCCAACCUAUCCAGGUGCCUAUCCGAAGGAUAUGUCAUGCACAUAUCAGUUUCUUGGUGAAUCGAAUCAGAGGGUUAGAUUAGAGUUUCGGGAUUUUGAUCUAUUUUU ...((((...((((((((((....))))........(((.(((((((.....)))))))...))).)))))).((......))))))((((((((((((....))))))))))))..... ( -31.00) >DroPse_CAF1 1260 120 + 1 CACGCUCAUAUCGCCAACCUAUCCAGGUGCCUAUCCGAAGGAUAUGUCGUGCACAUAUCAGUUUCUUGGUGAAUCGAAUCAGAGAGUUAGAUUAGAGUUUCGUGAUUUUGAUCUAUUUUU ...((((...((((((((((....))))........(((.(((((((.....)))))))...))).)))))).((......))))))((((((((((((....))))))))))))..... ( -32.10) >DroGri_CAF1 47042 120 + 1 CGCACUCAUAUCGCCAACCUAUCCAGGUGCCUAUCCGAAGGAUAUGUCAUGCACAUAUCAAUUUCUUGGUGAAUCGAAUCAGAGAGUUAGAUUAGAGUUUCGUGAUUUUGAUCUGUUUUU ...((((...((((((((((....))))........(((.(((((((.....)))))))...))).)))))).((......))))))((((((((((((....))))))))))))..... ( -31.50) >DroWil_CAF1 27461 120 + 1 CGCGCUCAUAUCGCCAACCUAUCCAGGUGCCUAUCCGAAGGAUAUGUCAUGCACAUAUCAAUUUCUUGGCGAAUCGAAUCAAAGAGUUAGAUUAGAGUUUCGUGAUUUUGAUCUGUUUUU ...((((...((((((((((....))))........(((.(((((((.....)))))))...))).))))))...(...)...))))((((((((((((....))))))))))))..... ( -30.20) >DroMoj_CAF1 49794 120 + 1 CGCACUCAUAUCGCCAACCUAUCCAGGUGCCUAUCCGAAGGAUAUGUCAUGCACAUAUCAAUUUCUUGGUGAAUCAAAUCAGAGAGUUAGAUUAGAGUUUCGUGAUUUUGAUCUGUUUUU ...((((...((((((((((....))))........(((.(((((((.....)))))))...))).)))))).((......))))))((((((((((((....))))))))))))..... ( -30.80) >DroPer_CAF1 1268 120 + 1 CACGCUCAUAUCGCCAACCUAUCCAGGUGCCUAUCCGAAGGAUAUGUCGUGCACAUAUCAGUUUCUUGGUGAAUCGAAUCAGAGAGUUAGAUUAGAGUUUCGUGAUUUUGAUCUAUUUUU ...((((...((((((((((....))))........(((.(((((((.....)))))))...))).)))))).((......))))))((((((((((((....))))))))))))..... ( -32.10) >consensus CGCGCUCAUAUCGCCAACCUAUCCAGGUGCCUAUCCGAAGGAUAUGUCAUGCACAUAUCAAUUUCUUGGUGAAUCGAAUCAGAGAGUUAGAUUAGAGUUUCGUGAUUUUGAUCUAUUUUU ...((((...((((((((((....))))........(((.(((((((.....)))))))...))).)))))).((......))))))((((((((((((....))))))))))))..... (-31.68 = -31.10 + -0.58)
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