Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 328,199 – 328,319 |
Length | 120 |
Max. P | 0.699286 |
Location | 328,199 – 328,319 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.94 |
Mean single sequence MFE | -46.04 |
Consensus MFE | -27.22 |
Energy contribution | -28.70 |
Covariance contribution | 1.48 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.86 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.35 |
SVM RNA-class probability | 0.699286 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 328199 120 - 27905053 CAUCUCCCACUCCAUACACCCUGGAUACGACGAGUGGUUGCUGGUCAGCAGUGUCCUCCUGUGGCAAUGUGGUGCCAUCUGCUGGACCAUCGCGGCGAUCUGUGUUUGCCUGUUGGUCAU ((.(..((((((......(....).......))))))..).))..((((((.........((((((......))))))))))))(((((.((.(((((.......))))))).))))).. ( -38.42) >DroVir_CAF1 12666 120 - 1 CAUAACGCACUCCAUUCAGCCCGGAUACGAUGAAUGGCUGUUGGUCAGCAGCGUUCAAAUGUGGCAUUGUGGCGCCAUCUGUUGGACAAUCGCAGCAAUAUGCAUGGGCUUACUGGUCAU ...........(((.(.((((((.....(((.....((((((....))))))((((((..(((((........)))))...)))))).)))(((......))).)))))).).))).... ( -38.30) >DroPse_CAF1 6524 120 - 1 CAUUACCCAUUCCGUGCAGCCGGGCUACGAUGAAUGGCUGCUGGUGAGCAGCGUCCAAUUGUGGCAUUGCGGUGCCAUCUGUUGGACCAUCGUUGCCAUCUGUGUGGGCCUCCUGAUGAU (((((.....((((..(((...(((.((((((....((((((....))))))(((((((.(((((((....)))))))..))))))))))))).)))..)))..)))).....))))).. ( -57.20) >DroGri_CAF1 14930 120 - 1 UAUAACGCACUCCAUUCAGCCCGGUUACGAUGAAUGGCUGCUGGUGAGCACCGUUCAAAUGUGGCAUUGUGGCGCCAUCUGCUGGACAAUUGCAGCCAUUUGCAUUGGCCUCCUGCUCAU ......(((..(((((((...((....)).))))))).)))..(((((((..(((((.(.(((((........))))).)..))))).......((((.......))))....))))))) ( -38.10) >DroAna_CAF1 12883 120 - 1 CAUCACCCACUCCGUGCAGCCGGGCUAUGACGAGUGGCUCCUCGUCAGCAGCGUCCAGUUGUGGCAUUGUGGAGCCAUCUGCUGGACCAUAGUGGCGAUCUGCGUGGGGGUGCUAGUGAU .(((((.(((((((((((((((.(((.(((((((......)))))))..)))(((((((.(((((........)))))..))))))).....))))....))))).))))))...))))) ( -52.50) >DroPer_CAF1 6520 120 - 1 CAUUACCCAUUCCGUGCAACCGGGCUACGAUGAAUGGCUGCUGGUGAGCAGUGUCCAAUUGUGGCAUUGCGGUGCCAUCUGUUGGACCAUCGUUGCCAUCUGUGUGGGCCUCCUGAUGAU (((((.....((((..((....(((.((((((....((((((....))))))(((((((.(((((((....)))))))..))))))))))))).)))...))..)))).....))))).. ( -51.70) >consensus CAUAACCCACUCCAUGCAGCCGGGCUACGAUGAAUGGCUGCUGGUCAGCAGCGUCCAAUUGUGGCAUUGUGGUGCCAUCUGCUGGACCAUCGCAGCCAUCUGCGUGGGCCUCCUGGUCAU ..........((((((((.....(((.(((((....((((((....))))))(((((((.(((((........)))))..)))))))))))).)))....))))))))............ (-27.22 = -28.70 + 1.48)
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