Locus 56

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 328,199 – 328,319
Length 120
Max. P 0.699286
window93

overview

Window 3

Location 328,199 – 328,319
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.94
Mean single sequence MFE -46.04
Consensus MFE -27.22
Energy contribution -28.70
Covariance contribution 1.48
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.699286
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 328199 120 - 27905053
CAUCUCCCACUCCAUACACCCUGGAUACGACGAGUGGUUGCUGGUCAGCAGUGUCCUCCUGUGGCAAUGUGGUGCCAUCUGCUGGACCAUCGCGGCGAUCUGUGUUUGCCUGUUGGUCAU
((.(..((((((......(....).......))))))..).))..((((((.........((((((......))))))))))))(((((.((.(((((.......))))))).))))).. ( -38.42)
>DroVir_CAF1 12666 120 - 1
CAUAACGCACUCCAUUCAGCCCGGAUACGAUGAAUGGCUGUUGGUCAGCAGCGUUCAAAUGUGGCAUUGUGGCGCCAUCUGUUGGACAAUCGCAGCAAUAUGCAUGGGCUUACUGGUCAU
...........(((.(.((((((.....(((.....((((((....))))))((((((..(((((........)))))...)))))).)))(((......))).)))))).).))).... ( -38.30)
>DroPse_CAF1 6524 120 - 1
CAUUACCCAUUCCGUGCAGCCGGGCUACGAUGAAUGGCUGCUGGUGAGCAGCGUCCAAUUGUGGCAUUGCGGUGCCAUCUGUUGGACCAUCGUUGCCAUCUGUGUGGGCCUCCUGAUGAU
(((((.....((((..(((...(((.((((((....((((((....))))))(((((((.(((((((....)))))))..))))))))))))).)))..)))..)))).....))))).. ( -57.20)
>DroGri_CAF1 14930 120 - 1
UAUAACGCACUCCAUUCAGCCCGGUUACGAUGAAUGGCUGCUGGUGAGCACCGUUCAAAUGUGGCAUUGUGGCGCCAUCUGCUGGACAAUUGCAGCCAUUUGCAUUGGCCUCCUGCUCAU
......(((..(((((((...((....)).))))))).)))..(((((((..(((((.(.(((((........))))).)..))))).......((((.......))))....))))))) ( -38.10)
>DroAna_CAF1 12883 120 - 1
CAUCACCCACUCCGUGCAGCCGGGCUAUGACGAGUGGCUCCUCGUCAGCAGCGUCCAGUUGUGGCAUUGUGGAGCCAUCUGCUGGACCAUAGUGGCGAUCUGCGUGGGGGUGCUAGUGAU
.(((((.(((((((((((((((.(((.(((((((......)))))))..)))(((((((.(((((........)))))..))))))).....))))....))))).))))))...))))) ( -52.50)
>DroPer_CAF1 6520 120 - 1
CAUUACCCAUUCCGUGCAACCGGGCUACGAUGAAUGGCUGCUGGUGAGCAGUGUCCAAUUGUGGCAUUGCGGUGCCAUCUGUUGGACCAUCGUUGCCAUCUGUGUGGGCCUCCUGAUGAU
(((((.....((((..((....(((.((((((....((((((....))))))(((((((.(((((((....)))))))..))))))))))))).)))...))..)))).....))))).. ( -51.70)
>consensus
CAUAACCCACUCCAUGCAGCCGGGCUACGAUGAAUGGCUGCUGGUCAGCAGCGUCCAAUUGUGGCAUUGUGGUGCCAUCUGCUGGACCAUCGCAGCCAUCUGCGUGGGCCUCCUGGUCAU
..........((((((((.....(((.(((((....((((((....))))))(((((((.(((((........)))))..)))))))))))).)))....))))))))............ (-27.22 = -28.70 +   1.48) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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