Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,753,797 – 14,753,908 |
Length | 111 |
Max. P | 0.552271 |
Location | 14,753,797 – 14,753,908 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.57 |
Mean single sequence MFE | -29.58 |
Consensus MFE | -24.29 |
Energy contribution | -25.23 |
Covariance contribution | 0.95 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -1.45 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.552271 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14753797 111 + 27905053 CGAGAGCAGCCACCGGAAUACCCCAGUUGGCCACCGGGCCCCAGAAGUGGGUACUGUGGAUAUAAAAAGCAAUAUUUACAAUAAGUCAUAU---AAGGCCAAUUGAUAACCAAC ..............((.....))(((((((((...((..((((....))))..))((((((((........))))))))............---..)))))))))......... ( -27.90) >DroSec_CAF1 12822 111 + 1 CGAGAGCAGCCACCGGAAUGCCCCAGUUGGCCACCGGGCCCCAGAAGUGGGUACUGUGGAUAUAAAAAGCAAUAUUUACAAUAAGUCAUAU---AUGGUCAACUGAUAACCAAU .....(((..(....)..)))..((((((((((...(((((((....))))...(((((((((........)))))))))....)))....---.))))))))))......... ( -29.50) >DroSim_CAF1 13981 111 + 1 CGAGAGCAGCCACCGGAAUGCCCCAGUUGGCCACAGGGCCCCAGAAGUGGGUACUGUGGAUAUAAAAAGUAAUAUUUACAAUAAGUCAUAU---AUGGCCAACUGAUAACCAAU .....(((..(....)..)))..((((((((((.(.(((((((....))))...(((((((((........)))))))))....)))...)---.))))))))))......... ( -32.20) >DroEre_CAF1 12948 111 + 1 CGAGAGCAGCCACCGGGAUGCCCCAGUUCGCCACAGGGCCCCAAAAGUGGGUACUGCGGAUAUAAAAAGGAAUAUUUACAAUAUGCCAUAU---AUGGUCAACUGAUAACCACC .....(((.((....)).)))..(((((.((((.(.(((((((....))))...((..(((((........)))))..))....)))...)---.)))).)))))......... ( -26.80) >DroWil_CAF1 14696 113 + 1 CGAGAGCGGCCACCGGGAUGCCCCAAUUGGCUACUGGACCCCAGAAAUGGGUGCUGUAAAUAUGCAAAUAUUGAUUAAUACUAAUCCAAAUUGCAUUGCCAAUUGACUGCGAG- .....((((.....(((...)))(((((((((((.((..((((....))))..)))))...((((((.....(((((....)))))....)))))).)))))))).))))...- ( -35.20) >DroYak_CAF1 12457 111 + 1 CGAGAGCAGCCACAGGAAUACCCCAGUUGGCCACAGGGCCCCAAAAGUGGGUACUGUGGAUAAGAAAAAGAAUAUUAACAAUAUGUCAUAU---AUGGUCAACUGAUUACCACC ..............(((((....(((((((((((((..((((....).)))..))))............((((((.....)))).))....---..)))))))))))).))... ( -25.90) >consensus CGAGAGCAGCCACCGGAAUGCCCCAGUUGGCCACAGGGCCCCAGAAGUGGGUACUGUGGAUAUAAAAAGCAAUAUUUACAAUAAGUCAUAU___AUGGCCAACUGAUAACCAAC ..............((.....))((((((((((..((..((((....))))..))((((((((........))))))))................))))))))))......... (-24.29 = -25.23 + 0.95)
Location | 14,753,797 – 14,753,908 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.57 |
Mean single sequence MFE | -33.34 |
Consensus MFE | -24.16 |
Energy contribution | -25.13 |
Covariance contribution | 0.98 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -1.64 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | -0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.530131 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14753797 111 - 27905053 GUUGGUUAUCAAUUGGCCUU---AUAUGACUUAUUGUAAAUAUUGCUUUUUAUAUCCACAGUACCCACUUCUGGGGCCCGGUGGCCAACUGGGGUAUUCCGGUGGCUGCUCUCG ((((((((((....((((((---(.......((((((..((((........))))..))))))........))))))).)))))))))).((((((..(....)..)))))).. ( -30.16) >DroSec_CAF1 12822 111 - 1 AUUGGUUAUCAGUUGACCAU---AUAUGACUUAUUGUAAAUAUUGCUUUUUAUAUCCACAGUACCCACUUCUGGGGCCCGGUGGCCAACUGGGGCAUUCCGGUGGCUGCUCUCG ..((((((.....)))))).---........((((((..((((........))))..))))))((((....))))....((..((((.(((((....)))))))))..)).... ( -31.30) >DroSim_CAF1 13981 111 - 1 AUUGGUUAUCAGUUGGCCAU---AUAUGACUUAUUGUAAAUAUUACUUUUUAUAUCCACAGUACCCACUUCUGGGGCCCUGUGGCCAACUGGGGCAUUCCGGUGGCUGCUCUCG .........(((((((((((---(.......((((((..((((........))))..))))))((((....))))....))))))))))))(((((..(....)..)))))... ( -35.60) >DroEre_CAF1 12948 111 - 1 GGUGGUUAUCAGUUGACCAU---AUAUGGCAUAUUGUAAAUAUUCCUUUUUAUAUCCGCAGUACCCACUUUUGGGGCCCUGUGGCGAACUGGGGCAUCCCGGUGGCUGCUCUCG .(((((((.....)))))))---....(((.((((((..((((........))))..))))))((((....)))))))..(..((..((((((....)))))).))..)..... ( -37.00) >DroWil_CAF1 14696 113 - 1 -CUCGCAGUCAAUUGGCAAUGCAAUUUGGAUUAGUAUUAAUCAAUAUUUGCAUAUUUACAGCACCCAUUUCUGGGGUCCAGUAGCCAAUUGGGGCAUCCCGGUGGCCGCUCUCG -...((...((((((((.((((((....(((((....))))).....))))))...(((.(.((((.......)))).).)))))))))))((.(((....))).))))..... ( -35.80) >DroYak_CAF1 12457 111 - 1 GGUGGUAAUCAGUUGACCAU---AUAUGACAUAUUGUUAAUAUUCUUUUUCUUAUCCACAGUACCCACUUUUGGGGCCCUGUGGCCAACUGGGGUAUUCCUGUGGCUGCUCUCG ((..((...((((((.....---...((((.....))))................((((((..(((.(....))))..)))))).))))))(((....)))...))..)).... ( -30.20) >consensus GUUGGUUAUCAGUUGACCAU___AUAUGACUUAUUGUAAAUAUUCCUUUUUAUAUCCACAGUACCCACUUCUGGGGCCCUGUGGCCAACUGGGGCAUUCCGGUGGCUGCUCUCG ..((((((.....))))))............((((((..((((........))))..))))))((((....)))).....(..((((.(((((....)))))))))..)..... (-24.16 = -25.13 + 0.98)
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