Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,706,836 – 14,706,943 |
Length | 107 |
Max. P | 0.650453 |
Location | 14,706,836 – 14,706,943 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 5 |
Columns | 113 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.87 |
Mean single sequence MFE | -28.58 |
Consensus MFE | -16.16 |
Energy contribution | -18.00 |
Covariance contribution | 1.84 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -1.85 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.24 |
SVM RNA-class probability | 0.650453 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14706836 107 + 27905053 CUAAGCGUGUGUGAGU------AUAUCCUGACUGGCUGUGCGUGUGAGUUAGUGUCAAGUCAGGGACAUUUAGUAAUUCCGCAGGCAUAUCAAGGACAACGUACUCAUAAAUA .........(((((((------((.((((...(((.(((((.((((((((((((((........)))))....))))).)))).))))))))))))....))))))))).... ( -31.50) >DroPse_CAF1 116260 89 + 1 ---------UUUGCAUGU-------------CU--GUGUGCGUGUGAGUUAGUGUCAAGUGAGAGACAUUUAGUAAUUCCGCAGGCAUAUCAAGGACAACGUACUCAUAAAUA ---------..(((.(((-------------((--((((((.((((((((((((((........)))))....))))).)))).))))))...)))))..))).......... ( -23.80) >DroYak_CAF1 126754 111 + 1 --GAGUGUGUGUGGGUGUGUGAGCAUCCUGACUGGCUGUGCGUGUGAGUUAGUGUCAAGUCAGGGACAUUUAGUAAUUCCGCAGGCAUAUCAAGGACAACGUACUCAUAAAUA --((((((((((((((((....))))))...((.(.(((((.((((((((((((((........)))))....))))).)))).))))).).)).)).))))))))....... ( -34.10) >DroMoj_CAF1 135583 97 + 1 ------GUGUAUGAGU------GUCGUC----CGUAUGAUCGUGUGAGUUAGUGUCAACUCAGGGACAUUUAGUAAUUCCGCACGCAUAUCAAGGACAACGUACUCAUAAAUA ------...(((((((------((.(((----(...((((((((((((((((((((........)))))....))))).))))))...)))).)))).))..))))))).... ( -29.70) >DroPer_CAF1 118723 89 + 1 ---------UUUGCAUGU-------------CU--GUGUGCGUGUGAGUUAGUGUCAAGUGAGAGACAUUUAGUAAUUCCGCAGGCAUAUCAAGGACAACGUACUCAUAAAUA ---------..(((.(((-------------((--((((((.((((((((((((((........)))))....))))).)))).))))))...)))))..))).......... ( -23.80) >consensus ______GUGUGUGAGUGU_________C___CUG_CUGUGCGUGUGAGUUAGUGUCAAGUCAGGGACAUUUAGUAAUUCCGCAGGCAUAUCAAGGACAACGUACUCAUAAAUA .........((((((((...................(((((.((((((((((((((........)))))....))))).)))).)))))....(.....).)))))))).... (-16.16 = -18.00 + 1.84)
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