| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,655,436 – 14,655,537 |
| Length | 101 |
| Max. P | 0.579956 |
| Location | 14,655,436 – 14,655,537 |
|---|---|
| Length | 101 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 83.16 |
| Mean single sequence MFE | -32.06 |
| Consensus MFE | -21.04 |
| Energy contribution | -20.99 |
| Covariance contribution | -0.05 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -2.04 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| SVM decision value | 0.09 |
| SVM RNA-class probability | 0.579956 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14655436 101 + 27905053 UGUCUGUUUCACUUUUAUGACGGCGUUUAUGAGCGAUAUAUGCGGUUAUGACAGCGGCAACAGCAGGAGAAAGCCUUGUUUAUCUG--------UGUUGUGGCUGCUGU------- ..............(((((((.((((.(((.....))).)))).)))))))(((((((.(((((((((..((((...)))).))).--------)))))).))))))).------- ( -32.80) >DroPse_CAF1 67465 95 + 1 UGUUUGAGUCACUUUUAUGGCGGCGUUUAUGAGCGAUAUAUGCGGUUAUGACAGCAGCAGCAAC---AGA--CGCUUGUUUAUCUA--------UGUUGUGGCUGCCA-------- ..............(((((((.((((.(((.....))).)))).)))))))..(((((.(((((---(..--..............--------)))))).)))))..-------- ( -25.99) >DroEre_CAF1 69593 101 + 1 UGUCUGUGUCACUUUUAUGACGGCGCUUAUGAGCGAUAUAUGCGGUUAUGACAGCGGCAACAGCCACAGAAAUGCUUGUUUAUCUG--------UGUUGUGGCUGCUGU------- ...((((((((......))))..((((....))))......)))).....((((((((.(((((.(((((.(........).))))--------)))))).))))))))------- ( -33.50) >DroYak_CAF1 68784 109 + 1 UGUCUGAGUCACUUUUAUGACGGCGGUUAUGAGCGAUAUAUGCGGUUAUGACAGCGACAACAGCAACAGAAACGCUUGUUUAUCUGUGUUUCUGUGUUGUGGCUGCUGC------- .......((((......))))(((.(((((((.((.......)).)))))))(((.(((((....((((((((((..........))))))))))))))).))))))..------- ( -37.30) >DroAna_CAF1 66731 105 + 1 UGUCUGUGUCACUUUUAUGACGGCGUUUAUGAGCGAUAUAUGCGGUUAUGACAGCACCAACAGCACCAGA---GCUUGUUUAUCUA--------UGUUGUGGCUGCUACACAGCUA .(.((((((.....(((((((.((((.(((.....))).)))).))))))).(((((((.(((((..(((---.........))).--------)))))))).))))))))))).. ( -32.00) >DroPer_CAF1 70485 95 + 1 UGUUUGAGUCACUUUUAUGGCUGCGUUUAUGAGCGAUAUAUGCGGUUAUGACAGCAGCAGCAAC---AGA--CGAUUGUUUAUCUA--------UGUUGUGGCUGCCA-------- ..............((((((((((((.(((.....))).))))))))))))..(((((.(((((---(..--.(((.....)))..--------)))))).)))))..-------- ( -30.80) >consensus UGUCUGAGUCACUUUUAUGACGGCGUUUAUGAGCGAUAUAUGCGGUUAUGACAGCAGCAACAGCA_CAGA__CGCUUGUUUAUCUA________UGUUGUGGCUGCUA________ ..............(((((((.((((.(((.....))).)))).)))))))((((.((((((.....(((............))).........)))))).))))........... (-21.04 = -20.99 + -0.05)
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