Locus 5541

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,631,748 – 14,631,868
Length 120
Max. P 0.806907
window9036

overview

Window 6

Location 14,631,748 – 14,631,868
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.50
Mean single sequence MFE -46.63
Consensus MFE -38.62
Energy contribution -38.77
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.64
SVM RNA-class probability 0.806907
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14631748 120 - 27905053
UGGCCUAUGUGUGCUGUUACAGGUGCGUUUACGCCAGCAUCGAGAAGGCAACCGAACGUGCCAUGGGCAGCACACCAAUGGGCUAUGGUCAUGGCAUGUAUCAGCACUACAGGCGUUAGA
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>DroVir_CAF1 54825 120 - 1
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>DroGri_CAF1 43744 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 55526 120 - 1
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>DroAna_CAF1 43605 120 - 1
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>DroPer_CAF1 47115 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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