Locus 5525

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,573,213 – 14,573,333
Length 120
Max. P 0.511823
window9014

overview

Window 4

Location 14,573,213 – 14,573,333
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.11
Mean single sequence MFE -45.89
Consensus MFE -33.01
Energy contribution -32.32
Covariance contribution -0.69
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.72
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.511823
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14573213 120 + 27905053
GAGUACAUGGUGGGCGGGGAUCUCAAGUCACUGCUGGCCAUGUUUGGGUAUUUUGACGAGCCCACGGCCCGGUUCUACGUGGCCGAGAUGGUGAUGGCGCUGCAGUAUCUGCAUCAGCAC
....(((((((.(((((.(((.....))).))))).))))))).(((((..........)))))(((((((......)).)))))...........((..(((((...)))))...)).. ( -46.00)
>DroVir_CAF1 7350 120 + 1
GAGUACAUGGUGGGCGGUGAUCUGAAGUCGCUGCUGGCCAUGUAUGGUUACUUUGACGAGGCGACGGCUCGCUUUUACGUGGCCGAGAUGGUCAUGGCCUUGCAAUACCUGCACCAGCAU
..(((((((((.(((((((((.....))))))))).)))))))))(((....(((.((((((((....)).......(((((((.....)))))))))))))))).)))(((....))). ( -52.90)
>DroGri_CAF1 6260 120 + 1
GAGUAUAUGGUGGGUGGUGAUCUCAAAUCCCUGCUGGCCAUGUAUGGCUACUUUGACGAGGCAACCGCUCGCUUCUACGUGGCCGAGAUGGUCAUGGCCUUGCAGUAUCUGCAUCAGCAC
..(((((((((.((..(.(((.....))).)..)).)))))))))(((.........(((((........)))))..(((((((.....)))))))))).(((((...)))))....... ( -43.30)
>DroWil_CAF1 8353 120 + 1
GAGUAUAUGGUGGGCGGUGAUCUCAAAUCCUUACUCGCCAUGUACGGCUAUUUCGAUGAGAUGACGGCCCGUUUCUAUGUGGCCGAAAUGGUAAUGGCCUUGCAGUAUCUACAUCAGCAU
..((((((((((((..(.(((.....))).)..)))))))))))).(((.....(((((((((.((((((((....))).)))))....(((....)))......))))).))))))).. ( -42.60)
>DroMoj_CAF1 7042 120 + 1
GAGUAUAUGGUCGGUGGUGAUCUGAAAUCACUGUUGGCCAUGUAUGGCUACUUUGACGAGCCGACAGCGCGCUUUUACGUGGCCGAAAUGGUCAUGGCAUUGCAGUACCUGCACCAGCAC
..((((((((((((..(((((.....)))))..))))))))))))((((.(......)))))........(((....(((((((.....)))))))....(((((...)))))..))).. ( -45.10)
>DroAna_CAF1 6616 120 + 1
GAGUACAUGGUCGGGGGCGAUCUCAAGUCCCUGCUGGCCAUGUACGGAUAUUUCGACGAGGCCACUGCCCGCUUCUAUGUGGCCGAAAUGGUAAUGGCGCUGCAGUACCUCCACCAGCAC
..((((((((((((((((........))))))...))))))))))(((...........((((((.............)))))).....((((...((...))..)))))))........ ( -45.42)
>consensus
GAGUACAUGGUGGGCGGUGAUCUCAAAUCCCUGCUGGCCAUGUAUGGCUACUUUGACGAGGCGACGGCCCGCUUCUACGUGGCCGAAAUGGUCAUGGCCUUGCAGUACCUGCACCAGCAC
..(((((((((.(((((.(((.....))).))))).)))))))))((((((......(((((........)))))...))))))............((..(((((...)))))...)).. (-33.01 = -32.32 +  -0.69)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:57:18 2006