Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,562,492 – 14,562,597 |
Length | 105 |
Max. P | 0.539998 |
Location | 14,562,492 – 14,562,597 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.94 |
Mean single sequence MFE | -32.38 |
Consensus MFE | -19.11 |
Energy contribution | -19.45 |
Covariance contribution | 0.34 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.539998 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14562492 105 - 27905053 ACAAAUCACAGAGCUUUGUAGGGCGCAUCAAGUCCAUGUGCUUAUGGUAUAACAUUACCAAGCAGAACAAGUUGAAGCUCAGUAUUUUAGGAAAAAUUCUGGCAA--------------- ..........(((((((...((((.......)))).(.((((..(((((......))))))))).).......)))))))......((((((....))))))...--------------- ( -26.10) >DroVir_CAF1 67341 115 - 1 ACAAAUCCCAGAGCUUUGUCGGCCGCAUCAAGGCCAUGUGCCUUUGGUACAACAUAACCAAGCAGAACAAGCUCAAACUGAGUAUUCUGGGCAGGAUUUUGGCGCGGUAAGACUU----- .................(((.(((((..(((((((...((((((((((........))))))(((((...((((.....)))).))))))))))).)))))..)))))..)))..----- ( -35.50) >DroGri_CAF1 65747 120 - 1 ACAAAUCCCAGAAAUUUGUGGGUCGCAUCAAGGCCAUGUGCCUGUGGUACAACAUUACCAAGCAGAACAAGCUCAAGCUUAGUAUUCUGGGCCAAAUUCUAGCAAGGUUUGUAGUUACCU (((((((((((((.(((((.((((.......)))).((((((...))))))..........)))))((((((....)))).)).))))))((.........))..)))))))........ ( -31.50) >DroWil_CAF1 122944 105 - 1 ACAAGUCGCAGAGCUUUGUGGGGCGCAUCAAGUCCAUGUGCCUGUGGUACAACAUUACCAAGCAGAACAAACUGAAGUUAAGCAUUUUGGGUAAGAUUCUUGCCA--------------- .((((..((..((((((...((((((((.......)))))))).(((((......))))).............))))))..))..))))((((((...)))))).--------------- ( -30.40) >DroMoj_CAF1 69927 113 - 1 ACAAGUCGCAGAGCUUUGUGGGUCGCAUCAAGGCCAUGUGCCUGUGGUACAACAUUACCAAGCAGAACAAGCUCAAGCUGAGCAUUCUCGGCCGGAUUCUGGCACGGUGAGGA------- .....(((((((((((.(((((((.......)))).((((((...))))))....))).)))).......((((.....))))..)))(((((((...))))).))))))...------- ( -35.60) >DroAna_CAF1 57139 105 - 1 ACAAGUCGCAGAGCUUCGUGGGACGCAUUAAGUCCAUGUGCCUCUGGUACAACAUUACGAAGCAGAACAAGCUCAAGCUCAGUAUUUUGGGCAAGAUUCUGGCCC--------------- ........((((((((((((((((.......)))).((((((...))))))....)))))))).............((((((....)))))).....))))....--------------- ( -35.20) >consensus ACAAAUCGCAGAGCUUUGUGGGGCGCAUCAAGGCCAUGUGCCUGUGGUACAACAUUACCAAGCAGAACAAGCUCAAGCUCAGUAUUCUGGGCAAGAUUCUGGCAA_______________ ..........((((((.((.((((.......)))).(.(((...(((((......))))).))).)))))))))..((.(((.(((((....))))).)))))................. (-19.11 = -19.45 + 0.34)
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