Locus 5514

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,512,887 – 14,512,977
Length 90
Max. P 0.818566
window8996 window8997

overview

Window 6

Location 14,512,887 – 14,512,977
Length 90
Sequences 6
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.68
Mean single sequence MFE -29.98
Consensus MFE -6.10
Energy contribution -7.02
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -3.16
Structure conservation index 0.20
SVM decision value 0.67
SVM RNA-class probability 0.818566
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14512887 90 + 27905053
--C------CAUCUGAGAUCUCAACUGCUUGCAAUUAGCAUGCUAACGAUGCA--GUUGCAGUUGCAUCUGCAGUUGGCUCUGUUGCAUCUGCAGUGGCA
--(------((.(((((((..(((((((.(((((((.((((((.......)))--..))))))))))...)))))))((......)))))).)))))).. ( -33.90)
>DroSec_CAF1 9849 90 + 1
--C------CAUCUGCGAUCUCAAGUGCUUGCAAUUAGCAUGCUAACGAUGCA--GUUGCAGUUGCAAUUGCAGUUGGCUCUGUUCCAUCUGCAGUGGCA
--(------((.(((((((.....(((((.......)))))((((((..((((--(((((....)))))))))))))))........))).))))))).. ( -33.30)
>DroSim_CAF1 9817 90 + 1
--C------CAUCUGCGAUCUCAACUGCUUGCAAUUAGCAUGCUAACGAGGCA--GUUGCAGUUGCAAUUGCAGUUGGCUCUGUUGCAUCUGCAGUGGCA
--(------((.(((((((..((((((((.......)))).((((((...(((--(((((....)))))))).))))))...)))).))).))))))).. ( -35.80)
>DroEre_CAF1 9247 86 + 1
AACCAUAGAGAUCUGCGAUCUCAACUGGUUUCAAUUAGCAUGCUAAUGAUGCA--GUUGCAGCUGU------------AUCUGUUGCAUCUGCUGUGGCA
(((((..((((((...))))))...)))))..........(((((.....(((--(.((((((...------------....)))))).))))..))))) ( -29.00)
>DroYak_CAF1 9032 87 + 1
--C------CAUCUGCGAUCUCAACUGGUUUCAAUUAGCAUGCUAAUGAUGCA--GUUGCUGUUGAAUCU---GUUGGAUCUGUUGCAUCUGCUGUGGCA
--.------.......((((.((((.((.((((((.(((((((.......)))--..)))))))))).))---)))))))).((..((.....))..)). ( -26.00)
>DroAna_CAF1 8839 80 + 1
A-C------AAUCUGCCAUCUCAAGUAGUCUCAAUUAGCAUGCUAAUGAAGCUUGCUUGAAGCUACUAUUGC----------UUUGCAGUUGCU---GCA
.-(------((.((((.......(((((..(((...((((.(((.....))).)))))))..))))).....----------...)))))))..---... ( -21.86)
>consensus
__C______CAUCUGCGAUCUCAACUGCUUGCAAUUAGCAUGCUAACGAUGCA__GUUGCAGUUGCAAUUGC_GUUGGCUCUGUUGCAUCUGCAGUGGCA
.....................................((..((....((((((.....((((..................)))))))))).))....)). ( -6.10 =  -7.02 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 14,512,887 – 14,512,977
Length 90
Sequences 6
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.68
Mean single sequence MFE -26.24
Consensus MFE -7.11
Energy contribution -8.13
Covariance contribution 1.03
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.48
Structure conservation index 0.27
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.551752
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14512887 90 - 27905053
UGCCACUGCAGAUGCAACAGAGCCAACUGCAGAUGCAACUGCAAC--UGCAUCGUUAGCAUGCUAAUUGCAAGCAGUUGAGAUCUCAGAUG------G--
..((((((.((((((......))(((((((.((((((........--))))))....(((.......)))..)))))))..))))))).))------)-- ( -30.70)
>DroSec_CAF1 9849 90 - 1
UGCCACUGCAGAUGGAACAGAGCCAACUGCAAUUGCAACUGCAAC--UGCAUCGUUAGCAUGCUAAUUGCAAGCACUUGAGAUCGCAGAUG------G--
..(((.(((((.(((.......))).))))).((((....))))(--((((((....((.(((.....))).))......))).)))).))------)-- ( -26.40)
>DroSim_CAF1 9817 90 - 1
UGCCACUGCAGAUGCAACAGAGCCAACUGCAAUUGCAACUGCAAC--UGCCUCGUUAGCAUGCUAAUUGCAAGCAGUUGAGAUCGCAGAUG------G--
..(((((((.(((((......))(((((((..((((((..(((..--(((.......))))))...)))))))))))))..))))))).))------)-- ( -30.30)
>DroEre_CAF1 9247 86 - 1
UGCCACAGCAGAUGCAACAGAU------------ACAGCUGCAAC--UGCAUCAUUAGCAUGCUAAUUGAAACCAGUUGAGAUCGCAGAUCUCUAUGGUU
.......((((.((((.(....------------...).)))).)--))).(((((((....)))).)))(((((...((((((...))))))..))))) ( -25.80)
>DroYak_CAF1 9032 87 - 1
UGCCACAGCAGAUGCAACAGAUCCAAC---AGAUUCAACAGCAAC--UGCAUCAUUAGCAUGCUAAUUGAAACCAGUUGAGAUCGCAGAUG------G--
(((....((....))....((((((((---.(.(((((.((((..--(((.......)))))))..))))).)..)))).)))))))....------.-- ( -20.50)
>DroAna_CAF1 8839 80 - 1
UGC---AGCAACUGCAAA----------GCAAUAGUAGCUUCAAGCAAGCUUCAUUAGCAUGCUAAUUGAGACUACUUGAGAUGGCAGAUU------G-U
...---.((((((((...----------.....(((((..(((((((.(((.....))).))))...)))..))))).......)))).))------)-) ( -23.76)
>consensus
UGCCACAGCAGAUGCAACAGAGCCAAC_GCAAUUGCAACUGCAAC__UGCAUCAUUAGCAUGCUAAUUGAAACCAGUUGAGAUCGCAGAUG______G__
(((....)))............................((((......(((((....).))))((((((....)))))).....))))............ ( -7.11 =  -8.13 +   1.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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