| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,486,638 – 14,486,754 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.833178 |
| Location | 14,486,638 – 14,486,754 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.54 |
| Mean single sequence MFE | -43.27 |
| Consensus MFE | -22.20 |
| Energy contribution | -21.79 |
| Covariance contribution | -0.41 |
| Combinations/Pair | 1.40 |
| Mean z-score | -2.12 |
| Structure conservation index | 0.51 |
| SVM decision value | 0.72 |
| SVM RNA-class probability | 0.833178 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14486638 116 - 27905053 -UAGUUUCAGCGCUGGGUAC---UCUUCGCAAUCUGCUCUUUGAGCAUGACAAUACUGACCCGUUGCUCGGAGGGCAGCUGCGCAAUCUGUUCGUCGGACAGCUGCAGUACCUGCAUGAU -.....(((..((.((((((---(....(((..((((((((((((((.................)))))))))))))).)))(((..(((((.....))))).)))))))))))).))). ( -46.23) >DroVir_CAF1 1274 120 - 1 AUUUAUUUAGCGUGCAGUUCUGGUCUUUGCUAUCUGCUCCUUGAGCACCAGAAUGCUGGCACGUUGCUCAGGUGGCAGCUGGGCAAUUUGAUCGUCAGAUAAUUGCAGCACCUGCAUAAU .........((.(((((((((((((.(((((..((((..((((((((((((....)))).....))))))))..))))...)))))...)))...))))..))))))))........... ( -43.40) >DroPse_CAF1 1209 115 - 1 -GCGA-UUAACGCUGAGUGC---UCUUGGCAAUCUGUUCCUUGAGCAUCAGGAUGCUGGCCCGCUGCUCCGACGGCAGCUGGGCAAUCUGCUCGUCGGACAGCUGCAGCACUUGCAUGAU -....-.....((.((((((---(....(((..((((((..((((((.(((....)))((((((((((.....)))))).))))....))))))..)))))).))))))))))))..... ( -49.00) >DroGri_CAF1 1245 119 - 1 -UUUAUUUAGCGUGCCGUUCGAGUCUUUGCUAUCUGCUCCUUGAGCACCAGGAUGCUGGCACGCUGUUCCGGUGGCAGCUGGGCAAUCUGAUCGUCGGACAAUUGCAGCACCUGCAUGAU -......((((((((((((((((.....((.....))..)))))))...((....)))))))))))........((((.((.((((((((.....))))...))))..)).))))..... ( -38.90) >DroWil_CAF1 1158 116 - 1 -AAAUUCUAGCGUUGAGUGC---UCUUGGCAAUCUGCUCCUUGAGGACCAAUAUGCUAGCGCGUUGCUCGGGUGGCAGCUGUCCGAUUUGUUCAUCGGACAACUGCAGCACCUGCAUAAU -.....(((((((((.((.(---((..(((.....)))....))).))))..)))))))...((((..((((((((((.((((((((......)))))))).))))..))))))..)))) ( -43.20) >DroAna_CAF1 1201 115 - 1 -UAA-AUUAUCGCUGAGUGC---UCUUGGCAAUCUGCUCCUUAAGCAUGAGGAUGCUGGCACGCUGCUCAGAGGGCAGUUGGGCGAUCUGCUCAUCGGAUAGCUGCAGCACCUGCAUGAU -...-......((..((...---.))..))...............(((((((.(((((.((.((((.((.((((((((((....)).)))))).)).)))))))))))))))).)))).. ( -38.90) >consensus _UAAAUUUAGCGCUGAGUGC___UCUUGGCAAUCUGCUCCUUGAGCACCAGGAUGCUGGCACGCUGCUCAGAUGGCAGCUGGGCAAUCUGAUCGUCGGACAACUGCAGCACCUGCAUGAU ...........((((.............((...(((((.((((((((.......((......)))))))))).)))))....))..((((.....))))))))(((((...))))).... (-22.20 = -21.79 + -0.41)
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