Locus 5504

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,478,590 – 14,478,683
Length 93
Max. P 0.578277
window8986

overview

Window 6

Location 14,478,590 – 14,478,683
Length 93
Sequences 6
Columns 93
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.38
Mean single sequence MFE -38.58
Consensus MFE -24.93
Energy contribution -24.10
Covariance contribution -0.83
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.578277
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14478590 93 + 27905053
GCCUCCGCUGCCGCCUCAGCAGCAGCCCGUGAUGUCGAAGCUAUUGGUGGACCCGCCAGCAUAGCUGAUGACGUACAUGCGGAGGAGGUGGCC
(((((((((((.((....)).)))))((((.((((((.(((((((((((....)))))..))))))..))))))....)))).)))))).... ( -46.70)
>DroVir_CAF1 28074 88 + 1
GCGACGGCCUCCGCUUCGGCAGCAGCACGUGACGUCGAGGCUAUUGGUGGACCAGCCAGCAAAGCCGAUGACG---ACGAGGAAGCAGUGG--
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>DroGri_CAF1 22866 88 + 1
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....((((((((((....)))).)).))))..(((((.((((.(((.(((.....))).)))))))..)))))---...............-- ( -34.50)
>DroEre_CAF1 24466 93 + 1
GCCUCCGCUGCCGCCUCAGCAGCAGCCCGUGAUGUCGAAGCUAUGGGUGGACCCGCCAGCAUAGCCGAUGACGUACAUGCAGAAGAGGUGGCC
(((.(((((((.((....)).))))).((((((((((..((((((((((....))))..))))))...)))))).)))).......)).))). ( -40.60)
>DroYak_CAF1 8362 93 + 1
GCCUCCGCUGCCGCCUCAGCAGCAGCCCGUGAUGUCGAAGCUAUUGGUGGACCUGCCAGCAUAGCCGUUGACGUACAUGCAGAGGAGGUGGCC
(((((((((((.((....)).))))).(((((((((((.(((((.(.(((.....))).))))))..))))))).))))....)))))).... ( -41.80)
>DroMoj_CAF1 27079 88 + 1
GCUACAGCCUCCGCUUCAGCAGCUGCACGCGAUGUCGAGGCUAUUGGUGGACCAGCCAACAAUGCCGACGACG---ACGAGGAAGUGGUGG--
.......((.(((((((.((....)).(.((.(((((.(((.((((.(((.....))).)))))))..)))))---.)).)))))))).))-- ( -34.50)
>consensus
GCCACCGCCGCCGCCUCAGCAGCAGCCCGUGAUGUCGAAGCUAUUGGUGGACCAGCCAGCAAAGCCGAUGACG___ACGAGGAAGAGGUGG__
(((((..(((((((....((....))..))).(((((.((((.(((((......)))))...))))..))))).....))))..))))).... (-24.93 = -24.10 +  -0.83)

alignment

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secondary structure

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