Locus 5477

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,453,083 – 14,453,239
Length 156
Max. P 0.972028
window8926 window8927 window8928

overview

Window 6

Location 14,453,083 – 14,453,199
Length 116
Sequences 5
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.81
Mean single sequence MFE -32.98
Consensus MFE -27.88
Energy contribution -27.82
Covariance contribution -0.06
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 1.69
SVM RNA-class probability 0.972028
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14453083 116 + 27905053
UG---GCUGUCUCUGGAUUUGGUAAUAAUUCGCUGCGACGGCCAUGUAAGGCCAUUACAAAAUAUGAUGGCUCUAUUCUUUAAGCCAAAUCAUAUUUAUAGCUGGCAGAUGGCUUUGUG
((---((((((.(((((((.......))))))..).))))))))..((((((((((...(((((((((((((..(....)..)))))..))))))))...(....).)))))))))).. ( -36.90)
>DroSec_CAF1 10274 119 + 1
UGGUGGCUGUCUCCGGAUUUGGUAAUAAUUCGCUACGACGGCCAUGUAAGGUUAUUACAAAAUAUGAUGGCUCUAUUCUUUAAGCCAAGUCAUAUUUAUAGCUGGCAGAUGGCUUUGUG
..(((((((((..((((((.......))))))....))))))))).((((((((((...(((((((((((((..(....)..)))))..))))))))...(....).)))))))))).. ( -35.30)
>DroSim_CAF1 10851 119 + 1
UGGUGGCUGUCUCCGGAUUUGGUAAUAAUUCGCUGCGACGGCCAUGUAAGGUUAUUACAAAAUAUGAUGGCUCUAUUCUUUAAGCCAAAUCAUAUUUAUAGCUGGCAGAUGGCUUUGUG
..(((((((((.(((((((.......))))))..).))))))))).((((((((((...(((((((((((((..(....)..)))))..))))))))...(....).)))))))))).. ( -35.50)
>DroEre_CAF1 10018 114 + 1
UG---GCUGUCUCUGGAUUUGGUAAUAAUUCGAUGCGACGGCCUUAUGAGGCCAUUAUAAAAUAUGAUGGCUCUAUUCUUUAAGCCAAAUCAUUUUU--AGCUUGCAGAUAGCUUUGGG
.(---((((((..((((((.......)))))).(((((((((((....)))))....(((((.(((((((((..(....)..)))))..))))))))--)).))))))))))))..... ( -32.40)
>DroYak_CAF1 11405 106 + 1
UA---GCUGUCUCUGGAUUUGGUAAUAAUUCGCUGCGACGG----------CUAUUACAAAAUAUAAUGGCUUUAUUCUUUAAGCCAAAUCAUAUUUAAAGCAGGCAGAUGGCUUUGUG
.(---((((((((((......((((((....((((...)))----------))))))).((((((..((((((........))))))....))))))....)))..))))))))..... ( -24.80)
>consensus
UG___GCUGUCUCUGGAUUUGGUAAUAAUUCGCUGCGACGGCCAUGUAAGGCUAUUACAAAAUAUGAUGGCUCUAUUCUUUAAGCCAAAUCAUAUUUAUAGCUGGCAGAUGGCUUUGUG
.....(((((((((((.....(((((...(((...))).((((......))))))))).(((((((((((((.((.....)))))))..))))))))....)))).)))))))...... (-27.88 = -27.82 +  -0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 14,453,083 – 14,453,199
Length 116
Sequences 5
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.81
Mean single sequence MFE -25.78
Consensus MFE -19.10
Energy contribution -19.20
Covariance contribution 0.10
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.815177
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14453083 116 - 27905053
CACAAAGCCAUCUGCCAGCUAUAAAUAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUGUAAUGGCCUUACAUGGCCGUCGCAGCGAAUUAUUACCAAAUCCAGAGACAGC---CA
......((..((((........((((((((..((((((........))))))))))))))((..((((((......))))))..))..................))))....))---.. ( -30.90)
>DroSec_CAF1 10274 119 - 1
CACAAAGCCAUCUGCCAGCUAUAAAUAUGACUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUGUAAUAACCUUACAUGGCCGUCGUAGCGAAUUAUUACCAAAUCCGGAGACAGCCACCA
......((..(((.((.(((((((((((((..((((((........)))))))))))))).((((.....)))))))))(((....)))................)))))..))..... ( -25.60)
>DroSim_CAF1 10851 119 - 1
CACAAAGCCAUCUGCCAGCUAUAAAUAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUGUAAUAACCUUACAUGGCCGUCGCAGCGAAUUAUUACCAAAUCCGGAGACAGCCACCA
......((..(((.((.(((((((((((((..((((((........)))))))))))))).((((.....)))))))))(((....)))................)))))..))..... ( -25.60)
>DroEre_CAF1 10018 114 - 1
CCCAAAGCUAUCUGCAAGCU--AAAAAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUAUAAUGGCCUCAUAAGGCCGUCGCAUCGAAUUAUUACCAAAUCCAGAGACAGC---CA
......(((.((((.....(--((((((((..((((((........)))))))))).)))))..(((((((....)))))))......................))))...)))---.. ( -25.80)
>DroYak_CAF1 11405 106 - 1
CACAAAGCCAUCUGCCUGCUUUAAAUAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAAAGCCAUUAUAUUUUGUAAUAG----------CCGUCGCAGCGAAUUAUUACCAAAUCCAGAGACAGC---UA
.....(((..((((........((((((((..((((((........)))))))))))))).(((((((----------.(((....)))..)))))))......))))....))---). ( -21.00)
>consensus
CACAAAGCCAUCUGCCAGCUAUAAAUAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUGUAAUAGCCUUACAUGGCCGUCGCAGCGAAUUAUUACCAAAUCCAGAGACAGC___CA
......((..((((........((((((((..((((((........)))))))))))))).(((((((((......)))((......))...))))))......))))....))..... (-19.10 = -19.20 +   0.10)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 14,453,120 – 14,453,239
Length 119
Sequences 5
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.84
Mean single sequence MFE -28.62
Consensus MFE -20.80
Energy contribution -22.28
Covariance contribution 1.48
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.736668
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14453120 119 - 27905053
CGGAUCAUUUCCAGUUUAUAUUUUUGUGGGUAAAAGCAGGCACAAAGCCAUCUGCCAGCUAUAAAUAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUGUAAUGGCCUUACAUGGC
.(((.....)))..........((((((.((....))...))))))(((((..((((.....((((((((..((((((........)))))))))))))).....)))).....))))) ( -33.20)
>DroSec_CAF1 10314 117 - 1
CGGAUCAUUUCCAGUUUAUA--UUUGUGGGUAAAAGCCGGCACAAAGCCAUCUGCCAGCUAUAAAUAUGACUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUGUAAUAACCUUACAUGGC
.(((.....)))........--..(((((((...(((.((((..........)))).)))..((((((((..((((((........)))))))))))))).......))).)))).... ( -29.50)
>DroSim_CAF1 10891 117 - 1
CGGAUCAUUUCCAGUUUAUU--UUUGUGGGUAAAAGCAGGCACAAAGCCAUCUGCCAGCUAUAAAUAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUGUAAUAACCUUACAUGGC
.(((.....)))........--..(((((((...(((.((((..........)))).)))..((((((((..((((((........)))))))))))))).......))).)))).... ( -28.80)
>DroEre_CAF1 10055 115 - 1
CGGAUCAUUUCCAGUUUAUU--UUUGUGGGGAAAAGCAGUCCCAAAGCUAUCUGCAAGCU--AAAAAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUAUAAUGGCCUCAUAAGGC
.(((.....))).......(--(((((((((....((((............))))....(--((((((((..((((((........)))))))))).)))))......)))))))))). ( -28.00)
>DroYak_CAF1 11442 107 - 1
CGGAUCAUUUCCAGUUUAUU--UUUGUGGUGGAAAGUGUGCACAAAGCCAUCUGCCUGCUUUAAAUAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAAAGCCAUUAUAUUUUGUAAUAG----------C
.(((.....)))........--.....((..((...((.((.....))))))..))(((...((((((((..((((((........)))))))))))))).)))....----------. ( -23.60)
>consensus
CGGAUCAUUUCCAGUUUAUU__UUUGUGGGUAAAAGCAGGCACAAAGCCAUCUGCCAGCUAUAAAUAUGAUUUGGCUUAAAGAAUAGAGCCAUCAUAUUUUGUAAUAGCCUUACAUGGC
.(((.....)))............((((((....(((.((((..........)))).)))..((((((((..((((((........)))))))))))))).........)))))).... (-20.80 = -22.28 +   1.48)

alignment

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