Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,420,983 – 14,421,091 |
Length | 108 |
Max. P | 0.576367 |
Location | 14,420,983 – 14,421,091 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.93 |
Mean single sequence MFE | -41.70 |
Consensus MFE | -31.22 |
Energy contribution | -32.25 |
Covariance contribution | 1.03 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -2.35 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.576367 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14420983 108 - 27905053 UGCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCAUAUCCCGCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAGCAGUCGCACUCCCAGUCGCAAUU ..............(((.((((((((((((((((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......))))))))))).)))..)))...... ( -42.80) >DroPse_CAF1 223839 108 - 1 CGCGCUGUAUGUGCGUCCGGAUGCGGCCGCUGGUCAACAGGUGCUGCACAUUCCACUGCGCGCCCUCUUGGCCCAUGUAAACGAGCAGUCGCUGUCGGAGUCCCAGUC (((((.....)))))(((((..(((((.(((((((((.(((.((((((........)))).))))).))))))..((....))))).)))))..)))))......... ( -41.70) >DroSec_CAF1 199399 108 - 1 UGCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCACAUCCCUCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAACAGUCGCAUUCCCAGUCGCAAUU ..............(((.(((((((((((..(((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......)..)))))))))))...)))...... ( -37.90) >DroEre_CAF1 208043 108 - 1 CUCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCACAUCCCGCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAGCAGUCGCACUCCCAGUCACAAUU ..............(((.((((((((((((((((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......))))))))))).)))..)))...... ( -42.70) >DroYak_CAF1 207140 108 - 1 UGCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCACAUCCCGCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAGCAGUCGCACUCCCAGUCACAAUU ..............(((.((((((((((((((((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......))))))))))).)))..)))...... ( -42.70) >DroPer_CAF1 233283 108 - 1 CGCGCUGUAUGUGCGUCCGGAUGCGGCCGCUGGUCAACAGGUGCUGCACAUUCCACUGCACGCCCUCUUGGCCCAUGUAAACGAGCAGUCGCUGUCGGAGUCCCAAUC (((((.....)))))(((((..(((((.(((((((((.(((.((((((........)))).))))).))))))..((....))))).)))))..)))))......... ( -42.40) >consensus CGCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCACAUCCCGCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAGCAGUCGCACUCCCAGUCACAAUU ..............(((.((((((((((((((((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......))))))))))).)))..)))...... (-31.22 = -32.25 + 1.03)
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