Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,367,527 – 14,367,629 |
Length | 102 |
Max. P | 0.952425 |
Location | 14,367,527 – 14,367,629 |
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Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.48 |
Mean single sequence MFE | -25.17 |
Consensus MFE | -18.23 |
Energy contribution | -18.14 |
Covariance contribution | -0.09 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -2.10 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 1.42 |
SVM RNA-class probability | 0.952425 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14367527 102 - 27905053 UAUAUUUUCACGCGAU---------UACGUG--------UGUUUUUGGCCGUGUUUACAUGUGUUCAUAUGUGCAUAUGUGGCUUGGCUAAAUCGGAAAUAGUCAUAAUAUAGUAUUAU ..((((((((((((..---------..))))--------)...((((((((.(((.((((((((........))))))))))).))))))))..))))))).................. ( -29.50) >DroSec_CAF1 146235 102 - 1 UAUAUUUUCACGCGAU---------UACGUG--------UGCUUUUGGCCGUGUUUACAUGUGUUCAUAUGUGCAUAUGUGGCUUGGCUAAAUCGGAAAUAGUCAUAAUAUAGUAUUAU ..((((((((((((..---------..))))--------)...((((((((.(((.((((((((........))))))))))).))))))))..))))))).................. ( -29.50) >DroSim_CAF1 140595 102 - 1 UAUAUUUUCACGCGAU---------UACGUG--------UGUUUUUGGCCGUGUUUACAUGUGUUCAUAUGUGCAUAUGUGGCUUGGCUAAAUCGGAAAUAGUCAUAAUAUAGUAUUAU ..((((((((((((..---------..))))--------)...((((((((.(((.((((((((........))))))))))).))))))))..))))))).................. ( -29.50) >DroEre_CAF1 153713 108 - 1 -AUAUUUUCACGCGAUUCGCACGAUUACGUG--------UGUUUUUGGUUGUGCUUACAUGUGUUCAUAC--GCAAUUGUGGCCUGGCUAAAUUGGAAAUAUUCAUAAUAUGGCAUUAU -(((((((((.......((((((....))))--------))..((((((((.(((.((((((((....))--)))..)))))).)))))))).)))))))))................. ( -25.60) >DroYak_CAF1 155191 107 - 1 -AAAUUUUCACGCGAU---------UACGUGUGUUUUUGUGUUUUUGGGUGUGUUUACAUGUGUUCAUAU--GCAUAUGUGGCUUGGCUAAAUUGGAAAUUUUCAUAAAAUAGUAUUAU -.......((((((..---------..)))))).(((((((.((((.(((..((((((((((((......--)))))))))....)))...))).))))....)))))))......... ( -23.10) >DroAna_CAF1 134943 86 - 1 UCUGUUUUUCGGCGAU---------UACGCG--------UGUUUGUGGGUAUGUUUACU----------------AAUGUGGUUUAGUUAAAACGGAAAUAGUCAUAAUAUGGAAUUAU ((((((((..(((...---------..((((--------(....(((((....))))).----------------.))))).....)))))))))))...................... ( -13.80) >consensus UAUAUUUUCACGCGAU_________UACGUG________UGUUUUUGGCCGUGUUUACAUGUGUUCAUAU__GCAUAUGUGGCUUGGCUAAAUCGGAAAUAGUCAUAAUAUAGUAUUAU ..(((((((.((((.............))))............((((((((.(((.((((((((........))))))))))).))))))))..))))))).................. (-18.23 = -18.14 + -0.09)
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