Locus 5435

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>3R_DroMel_CAF1 14339613 93 + 27905053
UA-AUUUCUGCAUUUUACAUGGGUGCAUAUC---UCGCCGUGGUGCUCG-GUUUAUGCCUA-GGACUUAGGGCUAC-UAGUAGUGUUUAGGCAUAAACU--------A------
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>DroVir_CAF1 143373 94 + 1
AA-AAUUUUGCAUUUUACAAU-GUGCU--------CAUU-AGGUGCGCGUGUCUAUGCCUA-GGACUUAGGAUUGACUAGUAGUUGUUAGGCAUAAACU--------UGAAUCG
..-................((-((((.--------(...-..).))))))((.((((((((-((((((((......)))..)))).))))))))).)).--------....... ( -22.50)
>DroPse_CAF1 126530 91 + 1
UAAAUUUUUGCAUUUUACAUG-GUGCA--UC---UCGCC-UGGUGCUCG-GUCUAUGCCUAUGGGCUUAGGACUAC-UAAUAGUGAUUAGGCAUAAACU--------A------
........((((((......)-)))))--..---..(((-(((((((.(-((((..(((....)))...)))))..-....))).))))))).......--------.------ ( -24.00)
>DroYak_CAF1 127057 101 + 1
UA-AUUUCUGCAUUUUACAAGGGUGCAUAUC---UCGCCAUGGUGCUCG-GUCUAUGCCUA-GGACUUAGAGCUGC-UAGUAGUGGUUAGGCAUAAACUAUUUAACUA------
..-.....(((((((.....)))))))..((---(.(((((((((((((-((((.......-)))))..)))).))-)....))))).))).................------ ( -22.30)
>DroAna_CAF1 111515 96 + 1
UA-AUUUUUGCAUUUUACAUGGGUGCAUAUCCUAUCGCCGUGGUGCUCG-GUUUAUGCCUA-GGACUUAGGGCUAC-UAAUAGUGGUUAGGCAUAAACU--------U------
..-......(((((....(((((.......)))))......)))))..(-(((((((((((-.........(((((-.....)))))))))))))))))--------.------ ( -26.20)
>DroPer_CAF1 129188 91 + 1
UAAAUUUUUGCAUUUUACAUG-GUGCA--UC---UCGCC-UGGUGCUCG-GUCUAUGCCUAUGGGCUUAGGACUAC-UAAUAGUGAUUAGGCGUAAACU--------A------
........((((((......)-)))))--..---.((((-(((((((.(-((((..(((....)))...)))))..-....))).))))))))......--------.------ ( -25.10)
>consensus
UA_AUUUUUGCAUUUUACAUG_GUGCA__UC___UCGCC_UGGUGCUCG_GUCUAUGCCUA_GGACUUAGGACUAC_UAAUAGUGGUUAGGCAUAAACU________A______
.........((((.........)))).........(((....))).....((.((((((((...(((..............)))...)))))))).))................ (-16.16 = -15.52 +  -0.64) 

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Window 3

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>3R_DroMel_CAF1 14339613 93 - 27905053
------U--------AGUUUAUGCCUAAACACUACUA-GUAGCCCUAAGUCC-UAGGCAUAAAC-CGAGCACCACGGCGA---GAUAUGCACCCAUGUAAAAUGCAGAAAU-UA
------.--------.(((((((((((...(((..((-(.....))))))..-)))))))))))-...........(((.---.(((((....)))))....)))......-.. ( -19.10)
>DroVir_CAF1 143373 94 - 1
CGAUUCA--------AGUUUAUGCCUAACAACUACUAGUCAAUCCUAAGUCC-UAGGCAUAGACACGCGCACCU-AAUG--------AGCAC-AUUGUAAAAUGCAAAAUU-UU
.......--------.(((((((((((...(((..(((......))))))..-)))))))))))..(((....(-((((--------....)-)))).....)))......-.. ( -19.50)
>DroPse_CAF1 126530 91 - 1
------U--------AGUUUAUGCCUAAUCACUAUUA-GUAGUCCUAAGCCCAUAGGCAUAGAC-CGAGCACCA-GGCGA---GA--UGCAC-CAUGUAAAAUGCAAAAAUUUA
------.--------.(((((((((((.......(((-(.....)))).....)))))))))))-...(((...-.(((.---(.--.....-).)))....)))......... ( -19.10)
>DroYak_CAF1 127057 101 - 1
------UAGUUAAAUAGUUUAUGCCUAACCACUACUA-GCAGCUCUAAGUCC-UAGGCAUAGAC-CGAGCACCAUGGCGA---GAUAUGCACCCUUGUAAAAUGCAGAAAU-UA
------..........(((((((((((...(((..((-(.....))))))..-)))))))))))-...(((.....((((---(.........)))))....)))......-.. ( -21.40)
>DroAna_CAF1 111515 96 - 1
------A--------AGUUUAUGCCUAACCACUAUUA-GUAGCCCUAAGUCC-UAGGCAUAAAC-CGAGCACCACGGCGAUAGGAUAUGCACCCAUGUAAAAUGCAAAAAU-UA
------.--------.(((((((((((...(((..((-(.....))))))..-)))))))))))-...(((((.........))(((((....)))))....)))......-.. ( -19.60)
>DroPer_CAF1 129188 91 - 1
------U--------AGUUUACGCCUAAUCACUAUUA-GUAGUCCUAAGCCCAUAGGCAUAGAC-CGAGCACCA-GGCGA---GA--UGCAC-CAUGUAAAAUGCAAAAAUUUA
------.--------......(((((....((((...-.)))).(((.(((....))).)))..-........)-)))).---..--((((.-.........))))........ ( -16.80)
>consensus
______U________AGUUUAUGCCUAACCACUACUA_GUAGCCCUAAGUCC_UAGGCAUAGAC_CGAGCACCA_GGCGA___GA__UGCAC_CAUGUAAAAUGCAAAAAU_UA
................(((((((((((...(((..............)))...)))))))))))....((......)).........((((...........))))........ (-13.68 = -14.16 +   0.47) 

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