Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,257,608 – 14,257,727 |
Length | 119 |
Max. P | 0.765828 |
Location | 14,257,608 – 14,257,727 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.83 |
Mean single sequence MFE | -48.58 |
Consensus MFE | -23.35 |
Energy contribution | -22.82 |
Covariance contribution | -0.52 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -2.31 |
Structure conservation index | 0.48 |
SVM decision value | 0.51 |
SVM RNA-class probability | 0.765828 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14257608 119 + 27905053 CCAGCAAUCUGUGCAUGGCAGAAUCCAAGCCCUCGUUCUGAUAAUGCAGCUGAAAGCUCUUCAACUGAGCCUCCACUGCCUGGUGGAGGAGCAUUUGAUGCAUGGACUUGUUGCCAGUG .((((((((((((((..(((..(((..(((....)))..)))..)))(((.....)))..((((.((..((((((((....))))))))..)).)))))))))))).))))))...... ( -42.30) >DroPse_CAF1 42295 110 + 1 GCAGCAGGCGCUGCACGGUGGAGUCGAGGCUCUCCUGCUGGUAGUGCUGCUGCAGGCUCUUCAGCUGCGCCUCCACGGCCUGGUGGAGGAGCAUCUGGUGCACGGACUUG--------- (((((((.((((((.((((((((........)))).)))))))))))))))))..((...((((.(((.(((((((......))))))).))).)))).)).........--------- ( -57.70) >DroEre_CAF1 39344 119 + 1 CCAGCAACCGCUGCAUGGCGGAAUCCAAACCCUCGUUCUGGUAAUGCAGCUGGAAGCUCUUCAACUGAGCCUCCACUGCGUGGUGCAGGAGCAUUUGGUGCAUGGACUUGUUGCCACUG .(((((((((((....)))))..((((.(((...(((((.(((((((((.((((.((((.......)))).))))))))))..))).)))))....)))...)))).))))))...... ( -45.90) >DroYak_CAF1 33091 119 + 1 CCAGCAAUCGCUGCAUGGCGGAAUCCAAACCCUCGUUCUGGUAAUGCAGCUGGAAGCUCUUCAACUGAGCCUCCACUGCCUGGUGCAGGAGCAUUUGGUGCAUGGACUUGUUGCCAAUG .((((....))))..((((((..((((.(((...(((((.(((..((((.((((.((((.......)))).))))))))....))).)))))....)))...))))....))))))... ( -43.90) >DroAna_CAF1 29366 119 + 1 GAAGCAAUCUUUGCAUUGCAGUGUCCAAGCUCUCAUUCUGAUAGUGGAGCUGCAAGCUUUUCAGCUGGGCUUCCAUCGCCUGGUGCAAUAGCAGUUGGUGCAUGGACUUGUUCCCAGCA ((((((.....))).(((((((.((((...((.......))...)))))))))))....))).((((((..(((((((((.(.(((....))).).)))).)))))......)))))). ( -44.00) >DroPer_CAF1 42098 110 + 1 GCAGCAGGCGCUGCACGGUGGAGUCGAGGCUCUCCUGCUGGUAGUGCUGCUGCAGGCUCUUCAGCUGCGCCUCCACGGCCUGGUGGAGGAGCAUCUGGUGCACGGACUUG--------- (((((((.((((((.((((((((........)))).)))))))))))))))))..((...((((.(((.(((((((......))))))).))).)))).)).........--------- ( -57.70) >consensus CCAGCAAUCGCUGCAUGGCGGAAUCCAAGCCCUCGUUCUGGUAAUGCAGCUGCAAGCUCUUCAACUGAGCCUCCACUGCCUGGUGCAGGAGCAUUUGGUGCAUGGACUUGUUGCCA_UG ...(((.(((((((((..(((................)))...))))))).))..((((((..(((..((.......))..)))..))))))......))).................. (-23.35 = -22.82 + -0.52)
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