Locus 5409

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,227,518 – 14,227,638
Length 120
Max. P 0.647076
window8805

overview

Window 5

Location 14,227,518 – 14,227,638
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.00
Mean single sequence MFE -47.80
Consensus MFE -34.25
Energy contribution -34.70
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.647076
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14227518 120 - 27905053
GGCGCCCACAGUGGUCAGCACGGUGGUCCGAGAAUUCGGCGGCCACAAGGAUGGCAUCUGGCAGGUUGCCGCCAAGGCGGGACAACCCAUCAUUGGCACCGCCUCCGCCGAUCAUACGGC
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>DroVir_CAF1 167 120 - 1
GGCGCAGACGGUGGUCAGUUCAGUGGUGCGCGAAUUUGGUGGCCACAAGGAUGGCAUAUGGCAGGUAGCCGCCAAAGUGGGUCAGCCCAUUAUUGGCACAGCGUCAGCCGAUCACACCGC
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>DroGri_CAF1 164 120 - 1
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>DroWil_CAF1 502 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 164 120 - 1
GGCUCAGACGGUUGUCAGCUCGGUGGUGCGCGAGUUUGGCGGCCACAAGGAUGGCAUUUGGCAGGUGGCUGCCAAGGUGGGUCAGCCCAUCAUUGGCACAGCGUCAGCUGAUCACACCGC
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>DroAna_CAF1 164 120 - 1
AGCUCCAACGGUGGUCAGCACGGUGGUGCGAGAAUUCGCCGGCCAUAAGGACGGAAUCUGGCAGGUGGCCGCCAAGGCAGGUCAACCUAUAAUAGGCACAGCCUCUGCUGAUCAUACAGC
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>consensus
GGCCCAGACGGUGGUCAGCACGGUGGUGCGAGAAUUUGGCGGCCACAAGGAUGGCAUCUGGCAGGUGGCCGCCAAGGCGGGUCAACCCAUUAUUGGCACAGCAUCAGCUGAUCACACCGC
..........((((((.(((..((.((((.....((((((((((((.....((.(....).)).))))))))))))..(((....))).......)))).))...))).))))))..... (-34.25 = -34.70 +   0.45)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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