Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 14,077,442 – 14,077,562 |
Length | 120 |
Max. P | 0.847849 |
Location | 14,077,442 – 14,077,562 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.06 |
Mean single sequence MFE | -46.00 |
Consensus MFE | -26.96 |
Energy contribution | -26.13 |
Covariance contribution | -0.83 |
Combinations/Pair | 1.63 |
Mean z-score | -1.93 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.78 |
SVM RNA-class probability | 0.847849 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14077442 120 + 27905053 CUUUGUAGACGGUGUUAUGCGGACCAGGCACCAUCAGCUCCUCGGGCAGAUGGGGCAGCUGGUGGGCCAAAACCUCGCUGUAUUUCAUGUACGUUAACUUGUGCUUGGUGACCGCCGUUU ......((((((((((((((((....(((.((((((((((((((......))))).))))))))))))......)))).......((.(((((......))))).)))))).)))))))) ( -47.60) >DroVir_CAF1 159 120 + 1 CCUUGUAGACUGUGUUGUGAAUGGUGGGCGCCAUCAGCUCUUCGGGCAGAUGGGGCAGCUGGUGGGCCAGCACUUCACUGUACUUCAUAAAGGCCAGCUUGUGCUUGCCCACGGCUGUCU ....((..(((((.......)))))..)).(((((.((.(....))).)))))((((((((.(((((.(((((....(((..(((....)))..)))...))))).))))))))))))). ( -51.50) >DroPse_CAF1 3493 120 + 1 CCUUAAAGACGCUGUUGUGGGGGCUGGGCACCAUCAGUUCCUCCGGAAGGUAGGGCAGCUGAUGUGCCAGAACCUCGCUGUACUUCAUGUAGGUUAGUUUGUGCUUCGACACCGCCGCUU .....(((.((.((.(((.(((((..(((((.((((((((((((....)).))))..)))))))))))..(((((.((((.....)).))))))).......))))).))).)).))))) ( -44.30) >DroGri_CAF1 159 120 + 1 CCUUGUAGACGGUGUUGUGCAUGGUAGGCGCCAUCAGUUCCUCGGGCAGAUGGGGCAGCUGGUGGGCCAGCACUUCACUGUAUUUCAUAUAGGCCAAUUUGUGUUUGCCAACUGCUGUCU ......(((((((((((.(((.....(((.((((((((((((((......))))).))))))))))))(((((....((((((...))))))........)))))))))))).))))))) ( -47.10) >DroMoj_CAF1 159 120 + 1 CUUUGUAGACUGUGUUGUGCAUGGUAGGCGCCAUCAGCUCCUCAGGCAGAUGCGGCAGUUGAUGGGCCAGCACUUCGCUGUAUUUCAUAAAGGCUAGUUUGUAUUUGCUAACAGCCGUCU ......((((((((..((((......(((.(((((((((((.((......)).)).))))))))))))(((.....)))))))..))))..((((.(((.((....)).))))))))))) ( -44.20) >DroAna_CAF1 162 120 + 1 CCUUGUAUACUGUAUUAUGCGGGCUUGGGACCAUCAGCUCCUCUGGAAGGUGGGGCAGUUGAUGUGCGAGCACCUCGCUGUACUUCAUAUAAGUGAGCUUGUGACUGGUCACCGCUGUUU .(((((((...((((..((.(((((((.(..((((((((((((........)))).))))))))).))))).)).))..))))...)))))))..(((..((((....)))).))).... ( -41.30) >consensus CCUUGUAGACGGUGUUGUGCAGGCUAGGCACCAUCAGCUCCUCGGGCAGAUGGGGCAGCUGAUGGGCCAGCACCUCGCUGUACUUCAUAUAGGCUAGCUUGUGCUUGCUCACCGCCGUCU .....................(((((((((((((((((((((((......))))).))))))))((((.......................)))).....)))))))))).......... (-26.96 = -26.13 + -0.83)
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