| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,063,754 – 14,063,868 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.794895 |
| Location | 14,063,754 – 14,063,868 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.85 |
| Mean single sequence MFE | -51.17 |
| Consensus MFE | -34.45 |
| Energy contribution | -33.82 |
| Covariance contribution | -0.63 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.70 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| SVM decision value | 0.60 |
| SVM RNA-class probability | 0.794895 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 14063754 114 - 27905053 UGGUAGCUGGUCCAGCUGUCCAUGCUGCCCGGCGGCGUGACCGUCGUCGUCUGCGGGUAGCUAGUGAAUGGUGGGGCUAGGGUUCCGGGAUUCAGUGUCGCCGUCGGCGGAGUG------ (((((((((...)))))).))).((((((((((((((....)))))))(....))))))))..((..(((((((.(((.(((((....)))))))).)))))))..))......------ ( -50.50) >DroVir_CAF1 12350 111 - 1 UGAUAGCUGGUCCAGCUGUCCAUGCUGCCCGGCGGCGUAACCGUUGUCGUCUGCGGGAAACUGGCAAACGGCGGCGCCAAUGUGCUA---UUCAGUGCCGCCGUCGGCGGCGUG------ .((((((((...))))))))(((((((((.(((((((....(((((((((.(((((....)).))).))))))))).....(..((.---...))..)))))))))))))))))------ ( -60.70) >DroGri_CAF1 15311 111 - 1 UGGUAGCUUGUCCAGCUGUCCAUGCUGCCCGGCGGCGUCACUGUUGUCGUCUGCGGGAAACUGGCGAAUGGUGGCGCCAGUGUGCUG---UUCAUUGCCGCCGUCGGCGGCGUA------ .(((((((.....))))).))(((((((((((((((((((((((..(((((...((....)))))))))))))))..(((....)))---......)))))))..)))))))).------ ( -54.60) >DroWil_CAF1 14124 117 - 1 UGAUAGCUAGUCCAACUAUCCAUGCUGCCCGGCGGUGUCACAGUCGUUGUCUGUGGAAAGGUGGCGAACGGUGGAGCCAAAGAACUG---UUCAAUGUUGCCGUCGGCGGAGUGCUGCUG ...(((((((.....)))..(((.((((((((((((..(((..((((..(((......)))..))))...)))..)))....(((..---......)))))))..))))).)))..)))) ( -40.20) >DroMoj_CAF1 11779 111 - 1 UGAUAGCUCGUCCAGCUGUCCAUGCUGCCCGGCGGCGUGACCGUUGUCGUCUGCGGGAAACUGGCGAAAGGCGGAGCCAAUGAGCUA---UUCAGCGCAGCCGUCGGCGGUGUG------ .(((((((.....)))))))((((((((...))))))))(((((((.((.(((((.(((.(((.(....).)))(((......))).---)))..))))).)).)))))))...------ ( -51.20) >DroAna_CAF1 12737 114 - 1 UGGUAGCUGGUCCAGCUAUCCAUACUGCCCGGCGGCGUCACCGUCGUCGUCUGUGGAUAGCUGGUAAACGGAGGGGCAAGAGUUCCAGGAUUCAGACUCGCCGUCGGCGGAGUG------ .....((((..(((((((((((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))...((((.(((....(((((....)))))...))).))))))))......------ ( -49.80) >consensus UGAUAGCUGGUCCAGCUGUCCAUGCUGCCCGGCGGCGUCACCGUCGUCGUCUGCGGGAAACUGGCGAACGGUGGAGCCAAUGUGCUA___UUCAGUGCCGCCGUCGGCGGAGUG______ .(((((((.....)))))))(((.(((((.(((((((........(((((.(((((....)).))).)))))(((((....)))))............)))))))))))).)))...... (-34.45 = -33.82 + -0.63)
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