Locus 5347

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,022,920 – 14,023,064
Length 144
Max. P 0.921048
window8714 window8715

overview

Window 4

Location 14,022,920 – 14,023,031
Length 111
Sequences 5
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.89
Mean single sequence MFE -37.30
Consensus MFE -34.70
Energy contribution -34.94
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.14
SVM RNA-class probability 0.921048
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14022920 111 + 27905053
UGUGUGUUGCAAAUUUUCGUGAGCCUGUGUGAAGUGCGGUGUGU-CGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUC
........((((((...((...((((((.......)))).))..-))...))))))..(((((((((((.((...((((((....))))))...))...))))))))))).. ( -37.40)
>DroSec_CAF1 8015 110 + 1
--UGUGUUGCAAAUUUUCGUGAGUCUGUGUGAAGUGCGGUGUGUUCGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUC
--......((((((...((.....((((.......))))......))...))))))..(((((((((((.((...((((((....))))))...))...))))))))))).. ( -34.90)
>DroSim_CAF1 8028 112 + 1
UGUGUGUUGCAAAUUUUCAUGAGCCUGUGUGAAGUGCGGUGUGUUCGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUC
........((((((...(((((((((((.......))))...))))))).))))))..(((((((((((.((...((((((....))))))...))...))))))))))).. ( -40.70)
>DroEre_CAF1 8006 112 + 1
UGUGUGUUGCAAAUUUUCGUGAGCCUGUGUGAAGUGCGGUCUGUUCGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUC
.(((((((.(...(((((((...........((((((((((....((..((((......))))..)).))))))))))((....)))))))))..).)))))))........ ( -37.30)
>DroYak_CAF1 7954 112 + 1
UGUGUGUUGCAAAUUUUUGUGAGCCUGUGUGAAGUAAGGUCUAUUCGGGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUC
........((((((.((((..(((((..........))).))...)))).))))))..(((((((((((.((...((((((....))))))...))...))))))))))).. ( -36.20)
>consensus
UGUGUGUUGCAAAUUUUCGUGAGCCUGUGUGAAGUGCGGUGUGUUCGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUC
........((((((...((((((((((((.....)))))...))))))).))))))..(((((((((((.((...((((((....))))))...))...))))))))))).. (-34.70 = -34.94 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 14,022,953 – 14,023,064
Length 111
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.75
Mean single sequence MFE -45.69
Consensus MFE -32.86
Energy contribution -35.86
Covariance contribution 3.00
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.76
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.709240
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14022953 111 + 27905053
GUGCGGUGUGU-CGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUCGACAAAACGGCACAAGUGCCACACUAACCGUCA
..(((((((((-.(.(((((((((((.((((((((..((...((((((....))))))...))..)))))))).(((....)))...))))))))))))))))..))))).. ( -50.80)
>DroVir_CAF1 9082 84 + 1
GUGCGG---------CUGCG-GCUUGAGCG------------------CGUGUGAGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUCGACAAAACGGCACAAGUGCUACACUGUUAGCCA
....((---------(((((-(((((.(((------------------(((((............))))))))..(((((......))))))))).......))).))))). ( -29.91)
>DroSec_CAF1 8046 112 + 1
GUGCGGUGUGUUCGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUCGACAAAACGGCACAAGUGCCACACUAACCGUCA
..(((((((((..(.(((((((((((.((((((((..((...((((((....))))))...))..)))))))).(((....)))...))))))))))))))))..))))).. ( -49.20)
>DroSim_CAF1 8061 112 + 1
GUGCGGUGUGUUCGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUCGACAAAACGGCACAAGUGCCACACUACCCGUCA
..((((.((((..(.(((((((((((.((((((((..((...((((((....))))))...))..)))))))).(((....)))...))))))))))))))))...)))).. ( -48.30)
>DroEre_CAF1 8039 112 + 1
GUGCGGUCUGUUCGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUCGACAAAACGGCACAAGUGCCACACUAACCGUCA
..(((((..((..(((((((((((((.((((((((..((...((((((....))))))...))..)))))))).(((....)))...)))))))))).)))))..))))).. ( -48.50)
>DroYak_CAF1 7987 112 + 1
GUAAGGUCUAUUCGGGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUCGACAAAACGGCACAAGUGCCACACUAACCGUCA
....(((.......((((((((((((.((((((((..((...((((((....))))))...))..)))))))).(((....)))...))))))))))))......))).... ( -47.42)
>consensus
GUGCGGUGUGUUCGUGUAUUUGUGUCAGUGUGUGCGACCGUACUUGCGUGAGUGCGAGAGAGGGAGCGCGCGCAUUGUCGACAAAACGGCACAAGUGCCACACUAACCGUCA
..(((((........(((((((((((.((((((((..((...((((((....))))))...))..)))))))).(((....)))...))))))))))).......))))).. (-32.86 = -35.86 +   3.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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