Locus 5346

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,022,012 – 14,022,132
Length 120
Max. P 0.581772
window8713

overview

Window 3

Location 14,022,012 – 14,022,132
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.11
Mean single sequence MFE -47.32
Consensus MFE -41.52
Energy contribution -40.55
Covariance contribution -0.97
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.581772
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14022012 120 - 27905053
AGGCGGCACAGACAUUCCUCUCGGAGAUCCGAUGGGAGAAGAACAUAACGCUGGGCGAGCCGCCGGGAUUCCUGCACACCUGGUGGUGCGUCUUCUGGGACCUGUACUGUGCGGCGCCAG
.((((((((((((((((((.((((....)))).)))))..........((..(((((.(((((((((...........))))))))).)))))..)).....))).))))))..)))).. ( -53.80)
>DroVir_CAF1 8162 120 - 1
AGGCGGCACAGACAUUCCUCUCCGAGAUCCGAUGGGAGAAGAACAUAACGCUUGGUGAACCGCCGGGAUUUCUGCAUACCUGGUGGUGCGUCUUCUGGGAUCUGUACUGUGCGGCGCCGG
.(((((((((((((.((((((((.(.......).)))))((((....((((.......(((((((((...........))))))))))))).)))).)))..))).))))))..)))).. ( -47.01)
>DroGri_CAF1 9231 120 - 1
AGGCGGCACAGACAUUCCUCUCGGAGAUACGAUGGGAGAAGAAUAUAACAUUGGGUGAACCGCCGGGAUUUCUGCACACUUGGUGGUGCGUCUUCUGGGAUCUGUAUUGUGCGGCGCCGG
.(((((((((((((.((((...((((((.(((((..(........)..)))))...(.(((((((((...........))))))))).))))))).))))..))).))))))..)))).. ( -42.10)
>DroWil_CAF1 8272 120 - 1
AGGCCGCCCAGACAUUUCUCUCCGAGAUCAGAUGGGAGAAGAAUAUUACCUUGGGCGAGCCACCGGGAUUCCUUCACACUUGGUGGUGCGUCUUCUGGGAUUUGUAUUGUGCCGCGCCAG
.(((((((((((.(((..(((((.(.......).)))))..)))........(((((.(((((((((...........))))))))).)))))))))))....((.....)))).))).. ( -43.10)
>DroMoj_CAF1 9529 120 - 1
AAGCGGCACAGACAUUUCUCUCGGAGAUCCGAUGGGAGAAGAACAUAACACUGGGUGAACCACCGGGAUUUCUGCACACCUGGUGGUGUGUUUUCUGGGAUCUGUACUGUGCGGCGCCGG
..((.((((((((.((((((((((....)))).))))))(((.(.........((....)).((((((.....(((((((....))))))).))))))).))))).)))))).))..... ( -49.90)
>DroAna_CAF1 6944 120 - 1
AGGCGGCACAGACAUUCCUCUCGGAGAUCCGGUGGGAGAAGAACAUAACGCUCGGCGAACCACCAGGAUUCCUGCAUACUUGGUGGUGCGUCUUCUGGGACCUGUACUGUGCGGCGCCCG
.((((((((((((((((((..(((....)))..)))))...............((((.(((((((((...........))))))))).))))..........))).))))))..)))).. ( -48.00)
>consensus
AGGCGGCACAGACAUUCCUCUCGGAGAUCCGAUGGGAGAAGAACAUAACGCUGGGCGAACCACCGGGAUUCCUGCACACCUGGUGGUGCGUCUUCUGGGAUCUGUACUGUGCGGCGCCGG
.(((((((((((((.((((.((((....)))).))))(((((......(((...))).(((((((((...........)))))))))...))))).......))).))))))..)))).. (-41.52 = -40.55 +  -0.97)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:52:30 2006