Locus 5344

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	14,021,402 – 14,021,556
Length	154
Max. P	0.664088

overview

Window 0

Location	14,021,402 – 14,021,516
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.31
Mean single sequence MFE	-55.83
Consensus MFE	-33.69
Energy contribution	-34.30
Covariance contribution	0.62
Combinations/Pair	1.51
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.28
SVM RNA-class probability	0.664088
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14021402 114 + 27905053
AGUGGCGCCGAGGCGUUUGGCUGCCAUUGCGGCGGUCUUCCGCCCGCUCCGCCCAUGCCCAUG---GGCGGCAUUCCGCCGGGUCC---CGGUGCUGGGCCGCGCAUUCCUCCUGGUCCA
...(((((((.((.(..((((((((...(((((((....))).))))...((((((....)))---)))))))....))))..)))---)))))))((((((...........)))))). ( -56.90)
>DroVir_CAF1 7546 117 + 1
AUAGGCGCCGAUGCAUUUGGCUGCCAUUGGGGCGGUCGACCACCUCCACCGCCCAUGCCCAUU---GGGGGCAUGCCGCCGGGUCCGCCAGGCGCGGGUCCGCGCAUGCCGCCCGGACCG
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>DroGri_CAF1 8615 117 + 1
AUUGGCGCUGAUGCAUUUGGCUGCCAUUGCGGUGGUCGCCCACCACCGCCGCCCAUGCCCAUU---GGUGGCAUGCCACCUGGUCCGCCGGGCGCUGGACCACGCAUGCCACCAGGUCCA
..((((((..(.....)..)).))))..((((((((.....)))))))).......(((...(---((((((((((....((((((((.....)).)))))).))))))))))))))... ( -57.90)
>DroWil_CAF1 7641 117 + 1
AUUGGUCCCGAAGCAUUCGGCUGCCACUGCGGAGGACGACCACCUGCUCCACCCAUUCCCAUGCCAGGAGGCAUGCCACCUGGGCC---UGGAGCCGGUCCUCGCAUGCCUCCAGGUCCA
...(((.((((.....))))..)))(((..(((((.(((..(((.((((((((((....((((((....)))))).....))))..---)))))).)))..)))....))))).)))... ( -49.40)
>DroMoj_CAF1 8913 117 + 1
AUGGGUGCUGACGCAUUGGGCUGCCAUUGAGGCGGUCGUCCGCCGCCGCCGCCCAUUCCCAUU---GGUGGCAUGCCGCCGGGUCCGCCUGGCGCCGGGCCUCGCAUACCGCCCGGUCCA
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>DroAna_CAF1 6334 114 + 1
AGAGGCGCCGAUGCAUUCGGUUGCCAUUGUGGUGGUCUGCCGCCCGCUCCUCCCAUUCCCAUU---GGGGGCAUUCCGCCGGGUCC---UGGUGCCGGACCUCGCAUUCCGCCCGGUCCG
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>consensus
AUUGGCGCCGAUGCAUUUGGCUGCCAUUGCGGCGGUCGACCACCCCCUCCGCCCAUGCCCAUU___GGGGGCAUGCCGCCGGGUCC___UGGCGCCGGACCUCGCAUGCCGCCCGGUCCA
...(((((((..((...((((((((..((.((((((.((.....)).)))))))).(((.......))))))).))))....)).....)))))))(((((.............))))). (-33.69 = -34.30 +   0.62)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	14,021,442 – 14,021,556
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.53
Mean single sequence MFE	-60.90
Consensus MFE	-38.89
Energy contribution	-39.45
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14021442 114 - 27905053
CGCCACGCGGUCCUGGUGGCAUGGGACCGAUGGGCUAUGGUGGACCAGGAGGAAUGCGCGGCCCAGCACCG---GGACCCGGCGGAAUGCCGCC---CAUGGGCAUGGGCGGAGCGGGCG
((((.(((((((((((((.(.((((.(((.....((.(((....)))...))......)))))))))))))---)))))..........(((((---(((....)))))))).))))))) ( -62.70)
>DroGri_CAF1 8655 114 - 1
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>DroEre_CAF1 6547 114 - 1
CGCCACGCGGUCCUGGCGGCAUGGGACCGAUGGGCUACGGCGGACCAGGAGGAAUGCGCGGUCCAGCACCG---GGACCAGGCGGAAUGCCGCC---CAUGGGCAUGGGCGGAGCGGGCG
((((.(((((((((((..((...((((((.((.((....))...((....))....)))))))).)).)))---)))))..........(((((---(((....)))))))).))))))) ( -62.90)
>DroWil_CAF1 7681 117 - 1
CUCCUCGUGGUCCCGGCGGAAUGGGACCAAUGGGCUACGGUGGACCUGGAGGCAUGCGAGGACCGGCUCCA---GGCCCAGGUGGCAUGCCUCCUGGCAUGGGAAUGGGUGGAGCAGGUG
..(((((((((((((......))))))).....(((.(((.....)))..)))..))))))(((.(((((.---.(((((.....((((((....))))))....)))))))))).))). ( -57.80)
>DroYak_CAF1 6504 114 - 1
CGCCACGCGGUCCUGGCGGCAUGGGACCGAUGGGCUACGGCGGACCAGGAGGUAUGCGCGGCCCAGCACCG---GGACCAGGCGGAAUGCCGCC---CAUGGGUAUGGGCGGAGCGGGCG
((((.(((((((((((..((.((((.(((.((.((....))..(((....)))...))))))))))).)))---)))))..........(((((---(((....)))))))).))))))) ( -63.40)
>DroAna_CAF1 6374 114 - 1
CGCCUCGAGGUCCCGGCGGCAUGGGACCGAUGGGCUAUGGCGGACCGGGCGGAAUGCGAGGUCCGGCACCA---GGACCCGGCGGAAUGCCCCC---AAUGGGAAUGGGAGGAGCGGGCG
((((.((...(((((..(((((....(((.((((((.((.((((((..((.....))..)))))).))...---)).)))).))).)))))(((---...)))..)))))....)))))) ( -52.40)
>consensus
CGCCACGCGGUCCCGGCGGCAUGGGACCGAUGGGCUACGGCGGACCAGGAGGAAUGCGCGGUCCAGCACCG___GGACCAGGCGGAAUGCCGCC___CAUGGGCAUGGGCGGAGCGGGCG
((((.((((((((((......)))))))..((((((...(((..((....))..)))..))))))((.(((......((((((((....))))).....)))...)))))...))))))) (-38.89 = -39.45 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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