Locus 5331

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,973,859 – 13,973,981
Length 122
Max. P 0.914995
window8690 window8691

overview

Window 0

Location 13,973,859 – 13,973,952
Length 93
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.23
Mean single sequence MFE -23.38
Consensus MFE -15.33
Energy contribution -15.08
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.60
SVM RNA-class probability 0.795764
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13973859 93 - 27905053
GAUCUGAGAUAGUAAACUUUAUCGACGGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAAUUAUUCAGUCG-AGAAAGAUG-----AGA------AUC-
((((..((((((......)))))(((.((((......)))).((((....))))))).)..))))....((((.(((.-.....))).-----.))------)).- ( -19.30)
>DroVir_CAF1 294814 87 - 1
GAUCAGCGAUAGUAAAUUUUAUCGCUAGAUUGUAA-AAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAAUUAUUCAA-AG------AACG-----GGG------AUCA
((((((((((((......)))))))).(((((...-...((((..((((...))))..))))..)))))......-..------....-----..)------))). ( -21.70)
>DroPse_CAF1 338674 97 - 1
GAUCAACGAUGGUAAAUUUUAUCGUUCGAUUGUAAAAAAUCAACGGCCUGCUGUGUUAUUGGAUCAAUUAUUCC-CAG-AGGCAGACGCCUAGAGA------AUG-
((((((((((((......)))))))).((((......)))).((((....)))).......))))...(((((.-...-((((....))))...))------)))- ( -23.30)
>DroMoj_CAF1 333525 90 - 1
GAUCAGCGAUAGUAAACUUUAUCGCCAGAUUGUAA-AAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAAUUAUUCAA-AG---CGAGACG-----GCG------AUCA
((((.(((((((......)))))))..((((....-.))))........(((((.((.((((((.....))))))-..---.)).)))-----)))------))). ( -24.60)
>DroAna_CAF1 236703 100 - 1
GAUCAGUGAUAGUAAACUUUAUCGCCGGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAAUUAUUCAGGCCGGAGCCGAAG-----GGACGGGCUAUG-
((((.(((((((......)))))))...............(((..((((...))))..)))))))........((.(((...((....-----)).))).))...- ( -28.20)
>DroPer_CAF1 330518 97 - 1
GAUCAACGAUAGUAAAUUUUAUCGUUCGAUUGUAAAAAAUCAACGGCCUGCUGUGUUAUUGGAUCAAUUAUUCC-CAG-AGACAGACGCCUAGAGA------AUG-
((((((((((((......)))))))).)))).............(((...((((.((...(((........)))-..)-).))))..)))......------...- ( -23.20)
>consensus
GAUCAGCGAUAGUAAACUUUAUCGCCAGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAAUUAUUCA__AG_AGACAGACG_____AGA______AUC_
((((.(((((((......)))))))..((((......)))).((((....)))).......))))......................................... (-15.33 = -15.08 +  -0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 13,973,886 – 13,973,981
Length 95
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.80
Mean single sequence MFE -23.45
Consensus MFE -19.99
Energy contribution -20.27
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.914995
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13973886 95 - 27905053
----------ACAAUUAAUAACUAUUUGGCGAU-AAUAUCGAUCUGAGAUAGUAAACU--UUAUCGACGGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCA
----------....((((((((........(((-.....(((((((.(((((......--)))))..)))))))......))).((((....)))))))))))).... ( -20.10)
>DroVir_CAF1 294836 104 - 1
UUUCUCGACAACAAUUAAUAACAAUUUUGCGAU-AAUAUCGAUCAGCGAUAGUAAAUU--UUAUCGCUAGAUUGUAA-AAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCA
..............((((((((........(((-.....(((((((((((((......--)))))))).)))))...-..))).((((....)))))))))))).... ( -25.10)
>DroPse_CAF1 338705 96 - 1
----------UCGAUUAAUAACUAAUAUGCGAUCAAUAUCGAUCAACGAUGGUAAAUU--UUAUCGUUCGAUUGUAAAAAAUCAACGGCCUGCUGUGUUAUUGGAUCA
----------..((((((((((........(((......(((((((((((((......--)))))))).)))))......))).((((....)))))))))).)))). ( -23.50)
>DroGri_CAF1 291971 96 - 1
----------UCAAUUAAUAACAAUUUUGCGAU-AAUAUCGAUCGGCGAUAGUCAAUUUUUUAUCGCUAGAUUAUAA-AAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCA
----------....(((((((((((((.(((((-((....(((.(((....))).)))..))))))).)))))....-......((((....)))))))))))).... ( -21.60)
>DroMoj_CAF1 333550 104 - 1
GGCGUCGUCGACAAUUAAUAACAAUUUUGCGAU-AAUAUCGAUCAGCGAUAGUAAACU--UUAUCGCCAGAUUGUAA-AAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCA
(((((.((((..........(((((((.(((((-(((((((.....))))).......--))))))).)))))))..-.......))))))))).............. ( -26.52)
>DroPer_CAF1 330549 96 - 1
----------UCGAUUAAUAACUAAUUUGCGAUCAAUAUCGAUCAACGAUAGUAAAUU--UUAUCGUUCGAUUGUAAAAAAUCAACGGCCUGCUGUGUUAUUGGAUCA
----------..((((((((((........(((......(((((((((((((......--)))))))).)))))......))).((((....)))))))))).)))). ( -23.90)
>consensus
__________ACAAUUAAUAACAAUUUUGCGAU_AAUAUCGAUCAGCGAUAGUAAAUU__UUAUCGCUAGAUUGUAA_AAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCA
..............((((((((........(((......(((((((((((((........)))))))).)))))......))).((((....)))))))))))).... (-19.99 = -20.27 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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