Locus 5326

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 13,957,495 – 13,957,652
Length 157
Max. P 0.992379
window8681 window8682 window8683

overview

Window 1

Location 13,957,495 – 13,957,612
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 70.59
Mean single sequence MFE -48.44
Consensus MFE -25.62
Energy contribution -28.80
Covariance contribution 3.18
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.625666
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13957495 117 + 27905053
CCCGAUAUGCAGCCCAGCUCGAAUGGCACCGGCUAUUCCGGCGGAUCUGGUGGCAGUUCGGCGGCAGCUGCUGCCGCCGCUGCUGCAGCAGCAGCAGCAGUGCAACUGGCCGAGUAC
.........(((.((.(((.(((((((....))))))).)))))..))).(((((((((((((((((...))))))))((((((((....))))))))...).)))).))))..... ( -57.10)
>DroSec_CAF1 228383 114 + 1
CCCGACAUGCAGCCCAGCUCGAAUGGCACGGGCUAUUCCGGCGGAUCUGGUGGCAGUUCGGCGGCAGCUGCUGCCGCCGCUGCUGCAGCA---GCAGCAGUGCAACUGGCCGAGUAC
....((...(((.((.(((.(((((((....))))))).)))))..))).(((((((((((((((((...))))))))((((((((....---))))))))).)))).)))).)).. ( -54.80)
>DroSim_CAF1 236829 114 + 1
CCCGACAUGCAGCCCAGCUCGAAUGGCACGGGCUAUUCCGGCGGAUCCGGUGGGAGUUCGGCGGCAGCUGCUGCCGCCGCUGCUGCAGCA---GCAGCAGUGCAACUGGCCGAGUAC
.......(((...((.(((.(((((((....))))))).)))))...((((.((.....((((((((...))))))))((((((((....---))))))))....)).)))).))). ( -55.00)
>DroWil_CAF1 202388 96 + 1
CCAG------AGCCCAGUUCAAAUGGCACCGGUUACUCAGUGACAUCUGGCGC--------CGGGAGCAGUGG----CAAUGCUAAU---GCUACAGCAGUGCAACUAGCUGAAUAU
.(((------.((((.((((...((((.((.(((((...)))))....)).))--------)).)))).).))----)..(((...(---((....)))..))).....)))..... ( -30.70)
>DroMoj_CAF1 314596 96 + 1
ACGGACAUGCAGCCCAGCUCGAACGGCACAGGCUACUCCAGCGCCUC---------------GGCUGCUGCGG---CUGC---CGCAGCCGCUGCUGCCGUCCAGCUGGCCGAGUAC
.(((......((((..(((.....)))...))))...(((((....(---------------(((.((.((((---(((.---..))))))).)).))))....))))))))..... ( -44.60)
>consensus
CCCGACAUGCAGCCCAGCUCGAAUGGCACCGGCUAUUCCGGCGGAUCUGGUGG_AGUUCGGCGGCAGCUGCUGCCGCCGCUGCUGCAGCAGC_GCAGCAGUGCAACUGGCCGAGUAC
................(((((((((((....))))))).(((................(((((((....))))))).(((((((((.......)))))))))......))))))).. (-25.62 = -28.80 +   3.18)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 13,957,495 – 13,957,612
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.59
Mean single sequence MFE -52.36
Consensus MFE -23.90
Energy contribution -26.82
Covariance contribution 2.92
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.34
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 2.32
SVM RNA-class probability 0.992379
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13957495 117 - 27905053
GUACUCGGCCAGUUGCACUGCUGCUGCUGCUGCAGCAGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCCGAACUGCCACCAGAUCCGCCGGAAUAGCCGGUGCCAUUCGAGCUGGGCUGCAUAUCGGG
.....((((.((((((..((((((((((((....))))))))))))))))))))))((((..(((..((((.((((((((.....))))))......)).))))...)))..)))). ( -62.10)
>DroSec_CAF1 228383 114 - 1
GUACUCGGCCAGUUGCACUGCUGC---UGCUGCAGCAGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCCGAACUGCCACCAGAUCCGCCGGAAUAGCCCGUGCCAUUCGAGCUGGGCUGCAUGUCGGG
......(((.((((...(((((((---....)))))))(((((((((...)))))))))))))))).......(((.((...(((((((.(((....).)))))))))..)).))). ( -55.80)
>DroSim_CAF1 236829 114 - 1
GUACUCGGCCAGUUGCACUGCUGC---UGCUGCAGCAGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCCGAACUCCCACCGGAUCCGCCGGAAUAGCCCGUGCCAUUCGAGCUGGGCUGCAUGUCGGG
....((((((((((((.(((((((---(((....))))))))))..)))))))..)))))...(((.((((.....))))..(((((((.(((....).)))))))))......))) ( -59.60)
>DroWil_CAF1 202388 96 - 1
AUAUUCAGCUAGUUGCACUGCUGUAGC---AUUAGCAUUG----CCACUGCUCCCG--------GCGCCAGAUGUCACUGAGUAACCGGUGCCAUUUGAACUGGGCU------CUGG
......(((.(((.(((.(((((....---..))))).))----).))))))((((--------(...((((((.(((((......))))).))))))..)))))..------.... ( -34.00)
>DroMoj_CAF1 314596 96 - 1
GUACUCGGCCAGCUGGACGGCAGCAGCGGCUGCG---GCAG---CCGCAGCAGCC---------------GAGGCGCUGGAGUAGCCUGUGCCGUUCGAGCUGGGCUGCAUGUCCGU
(.((.(((((((((((((((((((..(((((((.---((..---..)).))))))---------------)..))((((...))))...)))))))).)))).)))))...)).).. ( -50.30)
>consensus
GUACUCGGCCAGUUGCACUGCUGC_GCUGCUGCAGCAGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCCGAACU_CCACCAGAUCCGCCGGAAUAGCCCGUGCCAUUCGAGCUGGGCUGCAUGUCGGG
(((((((((((((.((((((((((.......))))))((((((((....))))))))...............................)))).))).).)))))).)))........ (-23.90 = -26.82 +   2.92)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 13,957,535 – 13,957,652
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.36
Mean single sequence MFE -47.40
Consensus MFE -29.38
Energy contribution -32.84
Covariance contribution 3.46
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.770736
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13957535 117 - 27905053
CCUGCGACAGGAUCUCGUGUCCCUUGCUGGUGGAUGGACUGUACUCGGCCAGUUGCACUGCUGCUGCUGCUGCAGCAGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCCGAACUGCCACCAGAUCCGC
...((((((.(....).)))).....(((((((.......((..((((((((((((..((((((((((((....)))))))))))))))))))..)))))))..)))))))....)) ( -59.00)
>DroSec_CAF1 228423 114 - 1
CCUGCGACAGGAUCUCGUGUCCCUUGCUGGUGGAUGGACUGUACUCGGCCAGUUGCACUGCUGC---UGCUGCAGCAGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCCGAACUGCCACCAGAUCCGC
.........((((((.(((......((((((.((.(.......))).)))))).((((((((((---....)))))))(((((((((...)))))))))...)))))).)))))).. ( -55.50)
>DroSim_CAF1 236869 114 - 1
CCUGCGACAGGAUCUCGUGUCCCUUGCUGGUGGAUGGACUGUACUCGGCCAGUUGCACUGCUGC---UGCUGCAGCAGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCCGAACUCCCACCGGAUCCGC
...((((((.(....).)))).....(((((((.(((.(((....))))))((.((((((((((---((((((....))))))))))))).))).)).......)))))))....)) ( -54.80)
>DroWil_CAF1 202422 102 - 1
CUUGUGACAAUAUCUCAUGACCCUUGCUAGUAGAAGGACUAUAUUCAGCUAGUUGCACUGCUGUAGC---AUUAGCAUUG----CCACUGCUCCCG--------GCGCCAGAUGUCA
....(((((...(((..((.((...((((((.(((........))).)))))).(((.(((((....---..))))).))----)..........)--------)))..)))))))) ( -24.00)
>DroMoj_CAF1 314636 96 - 1
CCUGCGACAGUAUCUCGUGGCCCUUGCUGGUGGACGGACUGUACUCGGCCAGCUGGACGGCAGCAGCGGCUGCG---GCAG---CCGCAGCAGCC---------------GAGGCGC
...((((.......)))).(((((.((((((.((.(.......))).)))))).)).((((.((.(((((((..---.)))---)))).)).)))---------------).))).. ( -43.70)
>consensus
CCUGCGACAGGAUCUCGUGUCCCUUGCUGGUGGAUGGACUGUACUCGGCCAGUUGCACUGCUGC_GCUGCUGCAGCAGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCCGAACU_CCACCAGAUCCGC
.........((((((.(((......((((((.((.(.......))).))))))....(((((((.......)))))))(((((((((...)))))))))......))).)))))).. (-29.38 = -32.84 +   3.46)

alignment

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